LXL04_030643 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030643

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 120188698-120189915 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1218 bp · LXL04_030643|LXL04_030643|OH1004|cDNA

ATGGATGGTGGTGATGATCACTTCCACCACCGCCCTAGCTTCCCTTTTAAATTACTTGAAAAGAAAGAcgatgaagctgccagctgctcctcctcctcctccgtCTCCGCCTCCGCTGCGTACCCGTCTCTCGCCATCTCCGCCGACACTAATCTAAACCCTGGTACTGTTAGATCCAACGCCTCTAATATGCAAATTATAACCACCGCTACGAATTCTTCCGGCGAACCCTCAAAGAAACAACCCCCGAAGAGAACTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1218 bp · LXL04_030643|LXL04_030643|OH1004|CDS

ATGGATGGTGGTGATGATCACTTCCACCACCGCCCTAGCTTCCCTTTTAAATTACTTGAAAAGAAAGACGATGAAGCTGCCAGCTGCTCCTCCTCCTCCTCCGTCTCCGCCTCCGCTGCGTACCCGTCTCTCGCCATCTCCGCCGACACTAATCTAAACCCTGGTACTGTTAGATCCAACGCCTCTAATATGCAAATTATAACCACCGCTACGAATTCTTCCGGCGAACCCTCAAAGAAACAACCCCCGAAGAGAACTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

405 aa · LXL04_030643|LXL04_030643|OH1004|PROTEIN

MDGGDDHFHHRPSFPFKLLEKKDDEAASCSSSSSVSASAAYPSLAISADTNLNPGTVRSNASNMQIITTATNSSGEPSKKQPPKRTSTKDRHTKVDGRGRRIRMPALCAARVFQLTRELGHKSDGETIEWLLQQAEPSVIAATGTGTIPANFTSLNISLRSSGSSMSVPSQLRSSYFKPNFTVPQRRNLFPGIGLSSSENSSSNNLLSFGSTMNLNQMLHAKQEMRETVELSEMEEGMGRNKRRPPAELDLSSQHQQQMG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030643`
TK1151 ID	TkA07G420950
OH-1004 ID	LXL04_030643
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	80.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.701 / OH-1004 45.926 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030643

位置 Chr06:120188698-120189915 (+)

描述 Similar to TCP14: Transcription factor TCP14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47620`	转录因子，参与植物发育的调控。	Transcription factor AtTCP14 regulates embryonic growth potential during seed germination in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03308.x TCP14 and TCP15 affect internode length and leaf shape in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04674.x Arabidopsis thaliana DOF6 negatively affects germination in non-after-ripened seeds and interacts with TCP14.2012 · DOI: 10.1093/jxb/err388 The Arabidopsis O-linked N-acetylglucosamine transferase SPINDLY interacts with class I TCPs to facilitate cytokinin responses in leaves and flowers.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.093518 The Arabidopsis immune adaptor SRFR1 interacts with TCP transcription factors that redundantly contribute to effector-triggered immunity.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12527 The ubiquitin receptors DA1, DAR1, and DAR2 redundantly regulate endoreduplication by modulating the stability of TCP14/15 in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.132274 Pseudomonas syringae Type III Effector HopBB1 Promotes Host Transcriptional Repressor Degradation to Regulate Phytohormone Responses and Virulence.2017 · DOI: 10.1016/j.chom.2017.01.003 ORANGE Represses Chloroplast Biogenesis in Etiolated Arabidopsis Cotyledons via Interaction with TCP14.2019 · DOI: 10.1105/tpc.18.00290
`At1g69690`	转录因子，参与植物发育的调控。	TCP14 and TCP15 affect internode length and leaf shape in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04674.x The Arabidopsis O-linked N-acetylglucosamine transferase SPINDLY interacts with class I TCPs to facilitate cytokinin responses in leaves and flowers.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.093518 The Arabidopsis immune adaptor SRFR1 interacts with TCP transcription factors that redundantly contribute to effector-triggered immunity.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12527 The ubiquitin receptors DA1, DAR1, and DAR2 redundantly regulate endoreduplication by modulating the stability of TCP14/15 in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.132274 TCP15 modulates cytokinin and auxin responses during gynoecium development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12992 Redox-Dependent Modulation of Anthocyanin Biosynthesis by the TCP Transcription Factor TCP15 during Exposure to High Light Intensity Conditions in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01016
`At1g58100`	可以特异性结合 PP438/PNM1 启动子区域的位点 II 元件。	An Arabidopsis dual-localized pentatricopeptide repeat protein interacts with nuclear proteins involved in gene expression regulation.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081638
`At1g35560`	转录因子 TCP23。	暂无已核实直接文献
`At1g72010`	转录因子 TCP22。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030643 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010229 inflorescence development 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0031540 regulation of anthocyanin biosynthetic process 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G35560

ath:AT1G58100

ath:AT1G69690

ath:AT1G72010

ath:AT3G47620

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.981

排名 1 · LXL04_030643 · OH-1004

细胞质0.087

排名 2 · LXL04_030643 · OH-1004

细胞膜0.020

排名 3 · LXL04_030643 · OH-1004

内质网0.012

排名 4 · LXL04_030643 · OH-1004

质体0.008

排名 5 · LXL04_030643 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03634.20TCP86-245 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030643	`PF03634.20`	TCP	86	245	2.9e-34	119.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93Z00`	拟南芥	Transcription factor TCP14	40.167%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9L2`	拟南芥	Transcription factor TCP15	39.286%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C518`	拟南芥	Transcription factor TCP8	70.536%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQF0`	拟南芥	Transcription factor TCP23	85.366%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C7G4`	拟南芥	Transcription factor TCP22	85.185%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情