LXL04_030611 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030611

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 119526131-119542726 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6546 bp · LXL04_030611|LXL04_030611|OH1004|cDNA

ATGGCTAATAGCACGGAAATCATGCTTACGAAAGTTAAGATCCCTCTTCCTGATATGGTGGCTGCAATTTTGGCTATGGATGAAAAGCTTATAGATTCCGATCAAGTAGAAAATTGTCTTAAATTATATCCCACGAAAGAAGAGATTGAGCAACTTAAGAATTTCACAGGTGATTATAATAAACTGCGCAAGCGTGAACAGTATGTCGTGGAGCTAATGAAGGTGCCACGTATGGACACTAAATTAAGGGTTTTTCTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

6546 bp · LXL04_030611|LXL04_030611|OH1004|CDS

ATGGCTAATAGCACGGAAATCATGCTTACGAAAGTTAAGATCCCTCTTCCTGATATGGTGGCTGCAATTTTGGCTATGGATGAAAAGCTTATAGATTCCGATCAAGTAGAAAATTGTCTTAAATTATATCCCACGAAAGAAGAGATTGAGCAACTTAAGAATTTCACAGGTGATTATAATAAACTGCGCAAGCGTGAACAGTATGTCGTGGAGCTAATGAAGGTGCCACGTATGGACACTAAATTAAGGGTTTTTCTGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2181 aa · LXL04_030611|LXL04_030611|OH1004|PROTEIN

MANSTEIMLTKVKIPLPDMVAAILAMDEKLIDSDQVENCLKLYPTKEEIEQLKNFTGDYNKLRKREQYVVELMKVPRMDTKLRVFLFKMQFNPQVSQYKKNLNTVNSTCDEVRRSVKLKEIMKRILYLGNTLNQGTDRGAAVGFKLDSLLKLTDTRASNSKMTLMHYLCKVLASKSPTLLDFHKDLVSLEAATEIQMKVLAEEMQTILAGMEKANQELAASANDGPISEGFHKILKEFVGQAEAEMISVTNFYSVVCRNA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030611`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030611

位置 Chr06:119526131-119542726 (+)

描述 Similar to FH20: Formin-like protein 20

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q9FLQ7`	Formin样蛋白20。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0596300`	类formin蛋白5。	暂无已核实直接文献
`Os08g0280200`	Formin 样蛋白 6。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q7XWS7`	类formin蛋白12。	暂无已核实直接文献
`Os10g0119300`	类formin蛋白3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030611 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0004721 phosphoprotein phosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G07740

dosa:Os07g0596300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.623

排名 1 · LXL04_030611 · OH-1004

细胞膜0.326

排名 2 · LXL04_030611 · OH-1004

细胞核0.178

排名 3 · LXL04_030611 · OH-1004

高尔基体0.058

排名 4 · LXL04_030611 · OH-1004

内质网0.045

排名 5 · LXL04_030611 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02181.29FH22-290 aa

PF02181.29FH2500-859 aa

PF10409.16PTEN_C21077-1211 aa

PF02181.29FH21775-2142 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030611	`PF02181.29`	FH2	2	290	3.3e-293	971.7
LXL04_030611	`PF02181.29`	FH2	500	859	3.3e-293	971.7
LXL04_030611	`PF10409.16`	PTEN_C2	1077	1211	2.7e-31	108.8
LXL04_030611	`PF02181.29`	FH2	1775	2142	3.3e-293	971.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLQ7`	拟南芥	Formin-like protein 20	70.362%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q84ZL0`	水稻	Formin-like protein 5	67.453%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6ZCX3`	水稻	Formin-like protein 6	62.791%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XWS7`	水稻	Formin-like protein 12	64.250%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7G6K7`	水稻	Formin-like protein 3	59.016%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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