RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_030606
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 119497103-119498875 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1773 bp · LXL04_030606|LXL04_030606|OH1004|cDNA

ATGTTAGCTGAAGTGGCCAGTGGTGGTGCATCGGAGGTGGTTCCAAAAGTAACCACCTTGTTGAAGCGCTTTCTCACAGCCAAACAATTGAAGCAACTTCATGGATTAATACTCGTTCACGGCCTTAATCATCTCGAGGGGCTGGTAATCCGCCATCTTATAAGCTTTCCAAGCGATTACTATCAAGGTATTGCCCATTATCTTCGATTGATTCTTCGTCATTCAAAACAACCAGATGTGTTTACAGCAACATCTGTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1773 bp · LXL04_030606|LXL04_030606|OH1004|CDS

ATGTTAGCTGAAGTGGCCAGTGGTGGTGCATCGGAGGTGGTTCCAAAAGTAACCACCTTGTTGAAGCGCTTTCTCACAGCCAAACAATTGAAGCAACTTCATGGATTAATACTCGTTCACGGCCTTAATCATCTCGAGGGGCTGGTAATCCGCCATCTTATAAGCTTTCCAAGCGATTACTATCAAGGTATTGCCCATTATCTTCGATTGATTCTTCGTCATTCAAAACAACCAGATGTGTTTACAGCAACATCTGTTAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

590 aa · LXL04_030606|LXL04_030606|OH1004|PROTEIN

MLAEVASGGASEVVPKVTTLLKRFLTAKQLKQLHGLILVHGLNHLEGLVIRHLISFPSDYYQGIAHYLRLILRHSKQPDVFTATSVIRYFCNHGGFHEAFAQYVDMQRSGLLPSSFTVASALKACARLGNENGGMMIHCQVHSHGFCGDVYVETALLGFYTKVKDMETAQKLFDEMSERNVVSWNSMIDGYVRSGNIPLAEKVFSTMPNKDTVSWNTMVSGHSKTRNMEKALRLFQEMPERNPTSWNVMIRGYIDSDNID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_030606
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_030606
位置Chr06:119497103-119498875 (+)
描述Similar to PCMP-E6: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g22760
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g22760 含五重复肽的蛋白质 At4g22760。 暂无已核实直接文献
At4g16835 含五肽重复的蛋白 At4g16835，线粒体型。 暂无已核实直接文献
At2g45350 在叶绿体 RNA 编辑中发挥重要作用。
A pentatricopeptide repeat protein is a site recognition factor in chloroplast RNA editing.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m608184200
Two interacting proteins are necessary for the editing of the NdhD-1 site in Arabidopsis plastids.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.099507
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At2g29760 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030606 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G45350
ath:AT4G02750
ath:AT4G16835
ath:AT4G22760
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.617
排名 1 · LXL04_030606 · OH-1004
质体0.203
排名 2 · LXL04_030606 · OH-1004
细胞核0.058
排名 3 · LXL04_030606 · OH-1004
细胞质0.036
排名 4 · LXL04_030606 · OH-1004
细胞膜0.006
排名 5 · LXL04_030606 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_278-127 aa
PF13041.13PPR_2179-210 aa
PF12854.14PPR_1179-207 aa
PF01535.27PPR182-209 aa
PF13041.13PPR_2210-242 aa
PF12854.14PPR_1211-238 aa
PF01535.27PPR213-242 aa
PF13041.13PPR_2244-273 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_030606PF13041.13PPR_2781274.3e-82270.8
LXL04_030606PF13041.13PPR_21792104.3e-82270.8
LXL04_030606PF12854.14PPR_11792071.7e-47159.5
LXL04_030606PF01535.27PPR1822095.9e-79255.7
LXL04_030606PF13041.13PPR_22102424.3e-82270.8
LXL04_030606PF12854.14PPR_12112381.7e-47159.5
LXL04_030606PF01535.27PPR2132425.9e-79255.7
LXL04_030606PF13041.13PPR_22442734.3e-82270.8
LXL04_030606PF13041.13PPR_22733044.3e-82270.8
LXL04_030606PF01535.27PPR2773035.9e-79255.7
LXL04_030606PF13041.13PPR_23043534.3e-82270.8
LXL04_030606PF01535.27PPR3073325.9e-79255.7
LXL04_030606PF01535.27PPR3824095.9e-79255.7
LXL04_030606PF13041.13PPR_24074554.3e-82270.8
LXL04_030606PF13812.13PPR_34074532.8e-33114.5
LXL04_030606PF01535.27PPR4104385.9e-79255.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0C8Q5拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2276046.585%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9M4P3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g16835, mitochondrial39.112%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O22137拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g45350, chloroplastic34.031%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SY02拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275039.631%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O82380拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic33.621%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看