LXL04_030598 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030598

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 119417617-119419514 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1560 bp · LXL04_030598|LXL04_030598|OH1004|cDNA

ATGGAAGAAATTGATCGAGAATCGATGAAACATGTGTGTAAATTCTGCAACAAGAGCTTCCCTTGTGGAAGATCGTTGGGGGGTCATATGAGGTCTCACGTGATCAACTCTACTGATCATCATCATCAAGCCGGGAACAGAAGCTGTTCGAGTGTTCTCGATAAACTCTGTAAAGAATGCGGAAAAGGGTTTCAATCATGGAAGGCTTTGTTTGGTCATATGAAATGTCACTCGATCAAACTCTTAAACAACAAGAACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1560 bp · LXL04_030598|LXL04_030598|OH1004|CDS

ATGGAAGAAATTGATCGAGAATCGATGAAACATGTGTGTAAATTCTGCAACAAGAGCTTCCCTTGTGGAAGATCGTTGGGGGGTCATATGAGGTCTCACGTGATCAACTCTACTGATCATCATCATCAAGCCGGGAACAGAAGCTGTTCGAGTGTTCTCGATAAACTCTGTAAAGAATGCGGAAAAGGGTTTCAATCATGGAAGGCTTTGTTTGGTCATATGAAATGTCACTCGATCAAACTCTTAAACAACAAGAACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

519 aa · LXL04_030598|LXL04_030598|OH1004|PROTEIN

MEEIDRESMKHVCKFCNKSFPCGRSLGGHMRSHVINSTDHHHQAGNRSCSSVLDKLCKECGKGFQSWKALFGHMKCHSIKLLNNKNKNTAGLNQDTWNNNHSDNENSDAKIRQIKRSRSRSRNRPDKRFIVDSNATVITTVSSSISLNANSNQISSNNASTSMVSEIEQEQEADVAISLMMLSRDLGKLGNEFESRDHYNSSVLVNMSKIEGNDLIGNGSKVQKFANTQVGFDFLGRSESGLIKNDEFDSGFGELNDLSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030598`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030598

位置 Chr06:119417617-119419514 (+)

描述 Similar to ZAT9: Zinc finger protein ZAT9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g60580`	可能参与应激反应的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g45120`	可能参与应激反应的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g02030`	可能参与应激反应的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g35280`	介导DUO1对男性生殖细胞分裂的调控。	An EAR-Dependent Regulatory Module Promotes Male Germ Cell Division and Sperm Fertility in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.124743
`At2g28200`	可能参与应激反应的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030598 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0048235 pollen sperm cell differentiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02030

ath:AT2G28200

ath:AT2G45120

ath:AT3G60580

ath:AT4G35280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.981

排名 1 · LXL04_030598 · OH-1004

细胞质0.066

排名 2 · LXL04_030598 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 3 · LXL04_030598 · OH-1004

内质网0.012

排名 4 · LXL04_030598 · OH-1004

质体0.010

排名 5 · LXL04_030598 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13912.13zf-C2H2_611-33 aa

PF13912.13zf-C2H2_657-78 aa

PF13912.13zf-C2H2_6263-287 aa

PF13912.13zf-C2H2_6346-369 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030598	`PF13912.13`	zf-C2H2_6	11	33	2.4e-37	126.8
LXL04_030598	`PF13912.13`	zf-C2H2_6	57	78	2.4e-37	126.8
LXL04_030598	`PF13912.13`	zf-C2H2_6	263	287	2.4e-37	126.8
LXL04_030598	`PF13912.13`	zf-C2H2_6	346	369	2.4e-37	126.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M202`	拟南芥	Zinc finger protein ZAT9	34.783%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SHD0`	拟南芥	Zinc finger protein ZAT4	35.897%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q39092`	拟南芥	Zinc finger protein ZAT1	40.559%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O65499`	拟南芥	Zinc finger protein ZAT3	34.014%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q681X4`	拟南芥	Zinc finger protein ZAT5	32.727%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情