LXL04_030535 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030535

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 118204931-118209688 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2796 bp · LXL04_030535|LXL04_030535|OH1004|cDNA

ATGGATGGAGATTTGCAGGACCACAACAAACTTCCTGAGCTGAAATTAGATGCTAAACAAGCTCAAGGGTTTCTCACCTTCTTTAAGAAATTACCTAACGATGAAAAGGCCGTTCGCTTTTTCGATCGACGGGATTATTTCACAGCTCATGGCGAAAATGCTTCTTTCATCGCAAAAACATATTACCACACAACAACCGCCCTAAGACAAATCGGCAATGGATCTGATGCAGTATCCAGTGTATCTGTAAGTAAAAACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2796 bp · LXL04_030535|LXL04_030535|OH1004|CDS

ATGGATGGAGATTTGCAGGACCACAACAAACTTCCTGAGCTGAAATTAGATGCTAAACAAGCTCAAGGGTTTCTCACCTTCTTTAAGAAATTACCTAACGATGAAAAGGCCGTTCGCTTTTTCGATCGACGGGATTATTTCACAGCTCATGGCGAAAATGCTTCTTTCATCGCAAAAACATATTACCACACAACAACCGCCCTAAGACAAATCGGCAATGGATCTGATGCAGTATCCAGTGTATCTGTAAGTAAAAACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

931 aa · LXL04_030535|LXL04_030535|OH1004|PROTEIN

MDGDLQDHNKLPELKLDAKQAQGFLTFFKKLPNDEKAVRFFDRRDYFTAHGENASFIAKTYYHTTTALRQIGNGSDAVSSVSVSKNMFETIVRDLLLERTDHSLELYEGSGSNWRLTKRGTPGNLGSFEDILFANNDMQDSPVIVAILPNFRENGCTIGLGYVDLSKRILGITEFLDDSHFTNVESCLVSLGCKECVLPSETSKSNECKPLYDVMSKCGVMVTERKKTEFKSRDLGQDLGRLVKGSNEPVRDLVSSFEFA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030535`
TK1151 ID	TkA07G410060
OH-1004 ID	LXL04_030535
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030535

位置 Chr06:118204931-118209688 (-)

描述 Similar to MSH2: DNA mismatch repair protein MSH2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18524`	复制后 DNA 错配修复系统的组成部分。	Arabidopsis MutS homologs-AtMSH2, AtMSH3, AtMSH6, and a novel AtMSH7-form three distinct protein heterodimers with different specificities for mismatched DNA.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.6.991 Reduction of stability of arabidopsis genomic and transgenic DNA-repeat sequences (microsatellites) by inactivation of AtMSH2 mismatch-repair function.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.023952 Dissimilar mispair-recognition spectra of Arabidopsis DNA-mismatch-repair proteins MSH2MSH6 (MutSalpha) and MSH2MSH7 (MutSgamma).2003 · DOI: 10.1093/nar/gkg780 The role of AtMSH2 in homologous recombination in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1038/sj.embor.7400577 The impact of sequence divergence and DNA mismatch repair on homeologous recombination in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02657.x Impact of the loss of AtMSH2 on double-strand break-induced recombination between highly diverged homeologous sequences in Arabidopsis thaliana germinal tissues.2007 · DOI: 10.1007/s11103-006-9128-5 Regulation of plant MSH2 and MSH6 genes in the UV-B-induced DNA damage response.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err001

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030535 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006119 oxidative phosphorylation 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006290 pyrimidine dimer repair 生物过程

GO:0006298 mismatch repair 生物过程

GO:0006301 DNA damage tolerance 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006312 mitotic recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007281 germ cell development 生物过程

GO:0008340 determination of adult lifespan 生物过程

GO:0010165 response to X-ray 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G18524

bta:533115

mmu:17685

zma:100279876

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.774

排名 1 · LXL04_030535 · OH-1004

细胞质0.297

排名 2 · LXL04_030535 · OH-1004

线粒体0.058

排名 3 · LXL04_030535 · OH-1004

细胞膜0.033

排名 4 · LXL04_030535 · OH-1004

内质网0.020

排名 5 · LXL04_030535 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01624.26MutS_I23-128 aa

PF05188.24MutS_II143-283 aa

PF05192.24MutS_III299-606 aa

PF05190.24MutS_IV468-565 aa

PF00488.28MutS_V662-852 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030535	`PF01624.26`	MutS_I	23	128	8.6e-17	62.1
LXL04_030535	`PF05188.24`	MutS_II	143	283	7.8e-16	59.4
LXL04_030535	`PF05192.24`	MutS_III	299	606	7.4e-34	118.5
LXL04_030535	`PF05190.24`	MutS_IV	468	565	3.6e-20	72.8
LXL04_030535	`PF00488.28`	MutS_V	662	852	6.9e-81	271.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O24617`	拟南芥	DNA mismatch repair protein MSH2	73.746%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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