LXL04_030521 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030521

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 118068909-118069930 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

951 bp · LXL04_030521|LXL04_030521|OH1004|cDNA

ATGAAGATCCACTGCGACGTCTGTAACGAAAATGAGGCGTCGGTGTATTGCTCCGCCGACGAGGCAGCCCTCTGCGCAGCCTGCGACCATCGGGTGCACCACGCCAataaactcgccggaaaacacccCCGGTTCTCTCTCCTCCACCCGTCCCCGAAAGATTCGCCGCTTTGCGATATTTGTCAGGAGAAAAAAGCTTTCCTTTTTTGTCAACAAGACAGAGCTATACTCTGTAAAGACTGCGATGTTGCGATTCATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

951 bp · LXL04_030521|LXL04_030521|OH1004|CDS

ATGAAGATCCACTGCGACGTCTGTAACGAAAATGAGGCGTCGGTGTATTGCTCCGCCGACGAGGCAGCCCTCTGCGCAGCCTGCGACCATCGGGTGCACCACGCCAATAAACTCGCCGGAAAACACCCCCGGTTCTCTCTCCTCCACCCGTCCCCGAAAGATTCGCCGCTTTGCGATATTTGTCAGGAGAAAAAAGCTTTCCTTTTTTGTCAACAAGACAGAGCTATACTCTGTAAAGACTGCGATGTTGCGATTCATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

316 aa · LXL04_030521|LXL04_030521|OH1004|PROTEIN

MKIHCDVCNENEASVYCSADEAALCAACDHRVHHANKLAGKHPRFSLLHPSPKDSPLCDICQEKKAFLFCQQDRAILCKDCDVAIHKVNQHTQNHNRFLLTGVKLSPTASLYSSSTTTPPVASPVTKNAVVPDQFAELLPSPITNQSSLKTPNCYQESNGLGTGSTTSSISEYLIETLPGWHVEDFLDPPTNFPKVGDNDPSVIWGGDLLDRSLRSPFSTESMGIWVPQAPPPPLPSRYTHAVQQFEPSSMMGFGDQTIN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030521`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030521

位置 Chr06:118068909-118069930 (+)

描述 Similar to BBX21: B-box zinc finger protein 21

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g75540`	转录激活剂，作为幼苗光形态建成的正调节剂。	SALT TOLERANCE HOMOLOG2, a B-box protein in Arabidopsis that activates transcription and positively regulates light-mediated development.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.054791
`At4g39070`	作为幼苗光形态发生的正向调控因子。	暂无已核实直接文献
`At1g78600`	独立地并与 HY5 和 BBX21 协同作用，作为幼苗光形态建成的正调节剂和下胚轴伸长的光调节抑制。	LZF1, a HY5-regulated transcriptional factor, functions in Arabidopsis de-etiolation.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03401.x The common function of a novel subfamily of B-Box zinc finger proteins with reference to circadian-associated events in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1271/bbb.80041 LZF1/SALT TOLERANCE HOMOLOG3, an Arabidopsis B-box protein involved in light-dependent development and gene expression, undergoes COP1-mediated ubiquitination.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.061747 COP1-mediated degradation of BBX22/LZF1 optimizes seedling development in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.175042
`At1g06040`	作为幼苗光形态建成的负调节剂和下胚轴伸长的光调节抑制。	Nuclear localization and interaction with COP1 are required for STO/BBX24 function during photomorphogenesis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.180208 Arabidopsis STO/BBX24 negatively regulates UV-B signaling by interacting with COP1 and repressing HY5 transcriptional activity.2012 · DOI: 10.1038/cr.2012.34 The Arabidopsis B-BOX protein BBX25 interacts with HY5, negatively regulating BBX22 expression to suppress seedling photomorphogenesis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.109751
`At2g31380`	作为幼苗光形态建成的负调节剂。	The Arabidopsis B-BOX protein BBX25 interacts with HY5, negatively regulating BBX22 expression to suppress seedling photomorphogenesis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.109751

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030521 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009641 shade avoidance 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009718 anthocyanin-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0010100 negative regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0010117 photoprotection 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06040

ath:AT1G75540

ath:AT1G78600

ath:AT2G31380

ath:AT4G39070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.959

排名 1 · LXL04_030521 · OH-1004

细胞质0.128

排名 2 · LXL04_030521 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 3 · LXL04_030521 · OH-1004

内质网0.020

排名 4 · LXL04_030521 · OH-1004

质体0.012

排名 5 · LXL04_030521 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00643.30zf-B_box3-44 aa

PF00643.30zf-B_box55-92 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030521	`PF00643.30`	zf-B_box	3	44	8.2e-14	52.2
LXL04_030521	`PF00643.30`	zf-B_box	55	92	8.2e-14	52.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LQZ7`	拟南芥	B-box zinc finger protein 21	42.493%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0IGM7`	拟南芥	B-box zinc finger protein 20	51.961%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SYM2`	拟南芥	B-box zinc finger protein 22	41.748%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q96288`	拟南芥	B-box zinc finger protein 24	56.637%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SID1`	拟南芥	B-box zinc finger protein 25	57.547%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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