LXL04_030433 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030433

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 115965610-115966242 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

633 bp · LXL04_030433|LXL04_030433|OH1004|cDNA

ATGTCCGGTGGGTTTGGGGAAGCGGCGGCAAGCAGGCCAACCCAAAGCTCATCGTTCTCAAATAACAATGGCTCCAACAACGGCGATGGAGGAAACTTCGAGTGCAGCATATGCCTGGATTTAGCTCAAGATCCCGTCGTTACTCTGTGCGGTCATCTCTTCTGCTGGCCTTGCATCTACAAATGGCTTCACATGCCCGCTCGTTCACAGGAATGTCCGATCTGTAAAGCGTCCATCGAAGAAGGGAAACTAGTTCCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

633 bp · LXL04_030433|LXL04_030433|OH1004|CDS

ATGTCCGGTGGGTTTGGGGAAGCGGCGGCAAGCAGGCCAACCCAAAGCTCATCGTTCTCAAATAACAATGGCTCCAACAACGGCGATGGAGGAAACTTCGAGTGCAGCATATGCCTGGATTTAGCTCAAGATCCCGTCGTTACTCTGTGCGGTCATCTCTTCTGCTGGCCTTGCATCTACAAATGGCTTCACATGCCCGCTCGTTCACAGGAATGTCCGATCTGTAAAGCGTCCATCGAAGAAGGGAAACTAGTTCCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

210 aa · LXL04_030433|LXL04_030433|OH1004|PROTEIN

MSGGFGEAAASRPTQSSSFSNNNGSNNGDGGNFECSICLDLAQDPVVTLCGHLFCWPCIYKWLHMPARSQECPICKASIEEGKLVPLYGRGKNPTDARSQSVPNRPAGQRPETSRQANRNAYVQQYGAGLIGGFGPAISATYGNFTFSFGGIIPSIFSVHMHALNGAHMYGNGGRLVHEVRHQRDHPREVSPILVIGLLFLFALLWEPNA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030433`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_030433`
位置	Chr06:115965610-115966242 (-)
描述	Similar to Rnf185: E3 ubiquitin-protein ligase RNF185
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_030433` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006914 autophagy 生物过程 GO:0009617 response to bacterium 生物过程 GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0018996 molting cycle, collagen and cuticulin-based cuticle 生物过程 GO:0030163 protein catabolic process 生物过程 GO:0031648 protein destabilization 生物过程 GO:0036503 ERAD pathway 生物过程 GO:0040039 inductive cell migration 生物过程 GO:0044314 protein K27-linked ubiquitination 生物过程 GO:0045087 innate immune response 生物过程
KEGG 基因交叉引用	cel:CELE_C16C10.7 gga:416965 hsa:6048 mmu:193670 rno:407784 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.338

排名 1 · LXL04_030433 · OH-1004

细胞核0.253

排名 2 · LXL04_030433 · OH-1004

细胞质0.230

排名 3 · LXL04_030433 · OH-1004

高尔基体0.198

排名 4 · LXL04_030433 · OH-1004

细胞膜0.177

排名 5 · LXL04_030433 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13923.13zf-C3HC4_234-75 aa

PF13920.13zf-C3HC4_334-81 aa

PF13639.13zf-RING_234-76 aa

PF14634.13zf-RING_534-76 aa

PF00097.32zf-C3HC435-75 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX35-73 aa

PF15227.13zf-C3HC4_435-75 aa

PF24921.2RING_XB3-XBAT3135-80 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030433	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	34	75	2.8e-10	40.6
LXL04_030433	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	34	81	1.1e-09	38.6
LXL04_030433	`PF13639.13`	zf-RING_2	34	76	3.7e-09	37.4
LXL04_030433	`PF14634.13`	zf-RING_5	34	76	1.4e-07	32.0
LXL04_030433	`PF00097.32`	zf-C3HC4	35	75	3.3e-10	40.4
LXL04_030433	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	35	73	1.4e-09	38.5
LXL04_030433	`PF15227.13`	zf-C3HC4_4	35	75	2.3e-07	31.5
LXL04_030433	`PF24921.2`	RING_XB3-XBAT31	35	80	3.5e-06	27.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情