LXL04_030332 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030332

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 114388955-114390882 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

984 bp · LXL04_030332|LXL04_030332|OH1004|cDNA

ATGAGGCCGATATTGATGAAAGGGCACGAGAGGCCACTCACGTTTCTCAAGTATAACAGGGATGGTGACCTTCTCTTCTCTTGCGCCAAAGATCACACTCCTACTGTCTGGTTCGCTGACAACGGCGAGCGACTGGGCACATATCGTGGCCACAATGGTGCCGTATGGTGCTGCGACGTTTCAAGAGATTCAACACGATTGATTACCGGGAGTGCCGATCAGTCAGCCAAGCTATGGGATGTTCAGAGCGGAGCACAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

984 bp · LXL04_030332|LXL04_030332|OH1004|CDS

ATGAGGCCGATATTGATGAAAGGGCACGAGAGGCCACTCACGTTTCTCAAGTATAACAGGGATGGTGACCTTCTCTTCTCTTGCGCCAAAGATCACACTCCTACTGTCTGGTTCGCTGACAACGGCGAGCGACTGGGCACATATCGTGGCCACAATGGTGCCGTATGGTGCTGCGACGTTTCAAGAGATTCAACACGATTGATTACCGGGAGTGCCGATCAGTCAGCCAAGCTATGGGATGTTCAGAGCGGAGCACAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

327 aa · LXL04_030332|LXL04_030332|OH1004|PROTEIN

MRPILMKGHERPLTFLKYNRDGDLLFSCAKDHTPTVWFADNGERLGTYRGHNGAVWCCDVSRDSTRLITGSADQSAKLWDVQSGAQLFTFSFDSPARAVDFSVGDKLAVITTDPFMGLTSAIHVKRIASDPDDQVGESVLVLKGPQGRINRAVWGPLNKTIISAGEDAVVRIWDTETGKLLQENDKEIGHKKTITSLAKSTDCSHFLTGSLDKSAKLWDIRSLTLIKTYVTERPVNAVAMSPLLNHVVLGGGQDASAVTT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030332`
TK1151 ID	TkA07G397700
OH-1004 ID	LXL04_030332
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030332

位置 Chr06:114388955-114390882 (+)

描述 Similar to TIF3I1: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g46280`	真核翻译起始因子3（eIF-3）复合体的组成部分，参与特定mRNA的蛋白质合成，并与其他起始因子一起促进mRNA和起始甲硫氨酸-tRNA与40S核糖体的结合。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030332 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001732 formation of cytoplasmic translation initiation complex 生物过程

GO:0002183 cytoplasmic translational initiation 生物过程

GO:0006413 translational initiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005852 eukaryotic translation initiation factor 3 complex 细胞组分

GO:0016282 eukaryotic 43S preinitiation complex 细胞组分

GO:0033290 eukaryotic 48S preinitiation complex 细胞组分

GO:0071541 eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003743 translation initiation factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

aag:5577291

ath:AT2G46280

cqu:CpipJ_CPIJ018275

cqu:CpipJ_CPIJ018457

xtr:548498

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.530

排名 1 · LXL04_030332 · OH-1004

细胞核0.418

排名 2 · LXL04_030332 · OH-1004

细胞膜0.103

排名 3 · LXL04_030332 · OH-1004

溶酶体／液泡0.084

排名 4 · LXL04_030332 · OH-1004

高尔基体0.047

排名 5 · LXL04_030332 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24805.2EIF3I1-323 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st5-90 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR56-107 aa

PF24814.2WD40_Prp196-91 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz6-173 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd7-80 aa

PF24796.2WDR557-90 aa

PF25391.2WD40_Gbeta9-101 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030332	`PF24805.2`	EIF3I	1	323	5.5e-128	427.4
LXL04_030332	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	5	90	5.2e-35	121.5
LXL04_030332	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	6	107	6e-38	131.5
LXL04_030332	`PF24814.2`	WD40_Prp19	6	91	1.6e-26	93.7
LXL04_030332	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	6	173	8.4e-24	85.1
LXL04_030332	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	7	80	8.4e-22	78.4
LXL04_030332	`PF24796.2`	WDR55	7	90	1e-14	55.0
LXL04_030332	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	9	101	1.3e-26	94.1
LXL04_030332	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	11	109	2.7e-23	83.5
LXL04_030332	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	12	91	3.8e-18	66.4
LXL04_030332	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	13	121	1.8e-40	139.4
LXL04_030332	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	16	108	6.5e-41	141.2
LXL04_030332	`PF00400.39`	WD40	42	80	7.4e-43	143.9
LXL04_030332	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	47	91	5.9e-18	65.7
LXL04_030332	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	47	88	1.1e-16	61.5
LXL04_030332	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	55	112	5e-23	82.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38884`	拟南芥	Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I	82.209%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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