LXL04_030308 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030308

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 113960523-113961122 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

600 bp · LXL04_030308|LXL04_030308|OH1004|cDNA

ATGAAGAGATCAATATCTAAATCCGAAGATCCTATCAACGGCACCGTTGATGTTAACAATAGCAAGACGAAGAAGATCAAATTATCGGAAGATCAGGCTCCGGTGACCGACTCAGTTCCGGAGGAGACGTCTGCGTCTGTTCTTTCGGACGAAAACTTGCTCTACGAGGTTCTGAAGCACGTCGATGCGCGGACGTTAGGTGCGGCGGGTTGCGTGAGCAAGCAGTGGCATCGGACTTCTCAGGATGAGCGGCTATGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

600 bp · LXL04_030308|LXL04_030308|OH1004|CDS

ATGAAGAGATCAATATCTAAATCCGAAGATCCTATCAACGGCACCGTTGATGTTAACAATAGCAAGACGAAGAAGATCAAATTATCGGAAGATCAGGCTCCGGTGACCGACTCAGTTCCGGAGGAGACGTCTGCGTCTGTTCTTTCGGACGAAAACTTGCTCTACGAGGTTCTGAAGCACGTCGATGCGCGGACGTTAGGTGCGGCGGGTTGCGTGAGCAAGCAGTGGCATCGGACTTCTCAGGATGAGCGGCTATGGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

199 aa · LXL04_030308|LXL04_030308|OH1004|PROTEIN

MKRSISKSEDPINGTVDVNNSKTKKIKLSEDQAPVTDSVPEETSASVLSDENLLYEVLKHVDARTLGAAGCVSKQWHRTSQDERLWELICTKHWTNMGCGNNQLRSVVLALGGFRRLHAHYLWPLSKPPTSTITSSSSSTIAAVTSSSSVWPCLPSPRTIALSKPTSPKTHWGKDEVQLSISLLSIRYYEKMNYKNRTK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030308`
TK1151 ID	TkA07G396250
OH-1004 ID	LXL04_030308
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030308

位置 Chr06:113960523-113961122 (+)

描述 Similar to GID2: F-box protein GID2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g24210`	SCF型E3连接酶复合物SCF(GID2)的必需组分，该复合物正向调节赤霉素信号通路。	暂无已核实直接文献
`At5g48170`	SCF型E3连接酶复合物的重要组成部分，正向调节赤霉素信号通路。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0580300`	某些 SCF 型 E3 连接酶复合物的重要组成部分，正向调节赤霉素信号通路。	Accumulation of phosphorylated repressor for gibberellin signaling in an F-box mutant.2003 · DOI: 10.1126/science.1081077 GID2, an F-box subunit of the SCF E3 complex, specifically interacts with phosphorylated SLR1 protein and regulates the gibberellin-dependent degradation of SLR1 in rice.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2003.01990.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030308 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0009937 regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009939 positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010162 seed dormancy process 生物过程

GO:0010265 SCF complex assembly 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0048831 regulation of shoot system development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G24210

ath:AT5G48170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.913

排名 1 · LXL04_030308 · OH-1004

细胞质0.137

排名 2 · LXL04_030308 · OH-1004

细胞膜0.046

排名 3 · LXL04_030308 · OH-1004

内质网0.038

排名 4 · LXL04_030308 · OH-1004

质体0.019

排名 5 · LXL04_030308 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box52-87 aa

PF12937.13F-box-like53-91 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030308	`PF00646.39`	F-box	52	87	4.8e-06	27.0
LXL04_030308	`PF12937.13`	F-box-like	53	91	4.1e-07	30.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STX3`	拟南芥	F-box protein GID2	50.254%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LUB6`	拟南芥	F-box protein SNE	25.140%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XAK4`	水稻	F-box protein GID2	40.845%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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