LXL04_030285 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030285

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 113551892-113554172 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1500 bp · LXL04_030285|LXL04_030285|OH1004|cDNA

ATGGATCAGTTTGGTGTTCTAGTAGAAAGTATCGGCTTCAAAGCACATGGAAAATCATCAGCCCCATTGGCCGATTTGAAGGGCACCAACAAAAGCAATCATAATTCCAATGGGTTCCCTGGAGATATCGGTCTCAACGCGGATTTCTCGTCGTTTAATCAATCTAAATCGGGTTACAATTCGAATTCTTCACTTAATGTTGATGATCTTGATGGGATATTTAGATCCAATAGTAGTAATGATAGGAAACCCCCGAATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1500 bp · LXL04_030285|LXL04_030285|OH1004|CDS

ATGGATCAGTTTGGTGTTCTAGTAGAAAGTATCGGCTTCAAAGCACATGGAAAATCATCAGCCCCATTGGCCGATTTGAAGGGCACCAACAAAAGCAATCATAATTCCAATGGGTTCCCTGGAGATATCGGTCTCAACGCGGATTTCTCGTCGTTTAATCAATCTAAATCGGGTTACAATTCGAATTCTTCACTTAATGTTGATGATCTTGATGGGATATTTAGATCCAATAGTAGTAATGATAGGAAACCCCCGAATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

499 aa · LXL04_030285|LXL04_030285|OH1004|PROTEIN

MDQFGVLVESIGFKAHGKSSAPLADLKGTNKSNHNSNGFPGDIGLNADFSSFNQSKSGYNSNSSLNVDDLDGIFRSNSSNDRKPPNSDIDDVFGGFHSGANGIDLDSVFKVSNPNNYDDDDVFGLKKPSSGASSVDHYAFQKNNSIDDLVGNFGGMGVKSNASSNNSGGKQANASKPNDLLGNLNGNGIKLNGPKNNSVKKQQTASESADLLSGFGAKIPSITRLKSETNPTRQSSSARSYSASEDPFGMFERTYESARA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030285`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030285

位置 Chr06:113551892-113554172 (-)

描述 Similar to AUXI1: Auxilin-related protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g12780`	促进网格蛋白衣包被囊泡的脱膜。	暂无已核实直接文献
`At4g12770`	可能促进网格蛋白包被囊泡的脱包衣。	暂无已核实直接文献
`At1g75310`	类Auxilin蛋白1。	暂无已核实直接文献
`At1g75100`	对叶绿体光迁移运动是必需的；在低蓝光条件下进行叶绿体积累，并在黑暗中使叶绿体移动到细胞底部，通过调节叶绿体肌动蛋白 (Cp-actin) 丝状结构的分布、出现和消失实现。	An auxilin-like J-domain protein, JAC1, regulates phototropin-mediated chloroplast movement in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.067371 Overexpression of an auxilin-like gene (F9E10.5) can suppress Al uptake in roots of Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1093/jxb/erl221 Crystallographic and functional analyses of J-domain of JAC1 essential for chloroplast photorelocation movement in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1093/pcp/pcq089 Red light, Phot1 and JAC1 modulate Phot2-dependent reorganization of chloroplast actin filaments and chloroplast avoidance movement.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr087

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030285 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0009903 chloroplast avoidance movement 生物过程

GO:0009904 chloroplast accumulation movement 生物过程

GO:0045806 negative regulation of endocytosis 生物过程

GO:0045926 negative regulation of growth 生物过程

GO:0071483 cellular response to blue light 生物过程

GO:0072318 clathrin coat disassembly 生物过程

GO:0072583 clathrin-dependent endocytosis 生物过程

GO:0080183 response to photooxidative stress 生物过程

GO:1900186 negative regulation of clathrin-dependent endocytosis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75100

ath:AT1G75310

ath:AT4G12770

ath:AT4G12780

spo:2542191

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.580

排名 1 · LXL04_030285 · OH-1004

高尔基体0.310

排名 2 · LXL04_030285 · OH-1004

细胞核0.131

排名 3 · LXL04_030285 · OH-1004

内质网0.114

排名 4 · LXL04_030285 · OH-1004

细胞膜0.093

排名 5 · LXL04_030285 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SU08`	拟南芥	Auxilin-related protein 1	55.508%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0WQ57`	拟南芥	Auxilin-related protein 2	66.867%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FWS1`	拟南芥	Auxilin-like protein 1	59.589%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C9Q4`	拟南芥	J domain-containing protein required for chloroplast accumulation response 1	56.044%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情