LXL04_030213 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030213

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 110979308-110980414 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

447 bp · LXL04_030213|LXL04_030213|OH1004|cDNA

ATGGAAAGATCCATCGGAAACTTCAGAATCCCTGCCGGATCCCTCACTGTGTTCTTCGTCCTTGCCATACTGCTAACTTGCGCCATCTACGATTGCTTCATTATCCCTTTATGGATGAAATGGAAAGGACAACCagGTTTCCCTGATCTACAAAGAATAGCGTTAGGTTTGATCCTCTCAACCCTAGGAATGGCGGCGGCTGCGGTGGTCGAAATGAAGCGATTATCGGTAGCGAAATCAGTTGGCGGAACCACCGTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

447 bp · LXL04_030213|LXL04_030213|OH1004|CDS

ATGGAAAGATCCATCGGAAACTTCAGAATCCCTGCCGGATCCCTCACTGTGTTCTTCGTCCTTGCCATACTGCTAACTTGCGCCATCTACGATTGCTTCATTATCCCTTTATGGATGAAATGGAAAGGACAACCAGGTTTCCCTGATCTACAAAGAATAGCGTTAGGTTTGATCCTCTCAACCCTAGGAATGGCGGCGGCTGCGGTGGTCGAAATGAAGCGATTATCGGTAGCGAAATCAGTTGGCGGAACCACCGTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

148 aa · LXL04_030213|LXL04_030213|OH1004|PROTEIN

MERSIGNFRIPAGSLTVFFVLAILLTCAIYDCFIIPLWMKWKGQPGFPDLQRIALGLILSTLGMAAAAVVEMKRLSVAKSVGGTTVEFLDGVARNRRVRENRRSRPVWGRNRIFRVLFLIYPGRGSGRVWVGFRQEIRLNRVKLSQNR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030213`
TK1151 ID	TkA07G387750
OH-1004 ID	LXL04_030213
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	90.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 70.833 / OH-1004 57.432 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030213

位置 Chr06:110979308-110980414 (-)

描述 Similar to NPF6.2: Protein NRT1/ PTR FAMILY 6.2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26690`	低亲和力质子依赖性硝酸盐转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g69850`	低亲和力质子依赖性硝酸盐转运蛋白。	Identification of an abscisic acid transporter by functional screening using the receptor complex as a sensor.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1203567109 Nitrate does not compete with abscisic acid as a substrate of AtNPF4.6/NRT1.2/AIT1 in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.4161/psb.26624
`At1g12110`	双亲和力硝酸盐转运蛋白。	CHL1 is a dual-affinity nitrate transporter of Arabidopsis involved in multiple phases of nitrate uptake.1999 · DOI: 10.1105/tpc.11.5.865 The nitrate transporter AtNRT1.1 (CHL1) functions in stomatal opening and contributes to drought susceptibility in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1105/tpc.006312 Switching between the two action modes of the dual-affinity nitrate transporter CHL1 by phosphorylation.2003 · DOI: 10.1093/emboj/cdg118 Transcript profiling in the chl1-5 mutant of Arabidopsis reveals a role of the nitrate transporter NRT1.1 in the regulation of another nitrate transporter, NRT2.1.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.024380 The Arabidopsis NRT1.1 transporter participates in the signaling pathway triggering root colonization of nitrate-rich patches.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0605275103 A genetic screen for nitrate regulatory mutants captures the nitrate transporter gene NRT1.1.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.140434 Nitrate-regulated auxin transport by NRT1.1 defines a mechanism for nutrient sensing in plants.2010 · DOI: 10.1016/j.devcel.2010.05.008 The herbicide sensitivity gene CHL1 of Arabidopsis encodes a nitrate-inducible nitrate transporter.1993 · DOI: 10.1016/0092-8674(93)90399-b The Arabidopsis CHL1 protein plays a major role in high-affinity nitrate uptake.1998 · DOI: 10.1073/pnas.95.25.15134
`At1g27040`	参与脱落酸的转运。	暂无已核实直接文献
`At2g02040`	肽转运蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030213 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006857 oligopeptide transport 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009635 response to herbicide 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010167 response to nitrate 生物过程

GO:0010540 basipetal auxin transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0015706 nitrate transmembrane transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12110

ath:AT1G27040

ath:AT1G69850

ath:AT2G02040

ath:AT2G26690

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.436

排名 1 · LXL04_030213 · OH-1004

细胞质0.151

排名 2 · LXL04_030213 · OH-1004

细胞膜0.125

排名 3 · LXL04_030213 · OH-1004

线粒体0.113

排名 4 · LXL04_030213 · OH-1004

细胞核0.097

排名 5 · LXL04_030213 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00854.28PTR21-84 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030213	`PF00854.28`	PTR2	1	84	1.4e-16	61.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZY4`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 6.2	69.767%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8H157`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.6	48.193%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q05085`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 6.3	48.235%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8VYE4`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.5	46.988%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P46032`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 8.3	40.964%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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