LXL04_030080 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030080

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 107057022-107059110 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1458 bp · LXL04_030080|LXL04_030080|OH1004|cDNA

ATGAGTAACGGATTCCCCGCAACTCGATTTGGAGTCTGCATCACGCAAATTCTGCAAACCATAGGTTTCAACCACAATCCAAAAACCGACTCTAGTCCAAGCTGCGGCAGGCGTCCTTCCTCTCCATCAGATAATTTCGTCAAGATGTCGGACGGTCAGGAAACCGATAAGAATATCGAGATATGGAAGATTAAGAAGCTTATCAAGGCCTTAGAAGCTGCAAGAGGTAACGGTACCAGTATGATCTCTCTTATCATGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1458 bp · LXL04_030080|LXL04_030080|OH1004|CDS

ATGAGTAACGGATTCCCCGCAACTCGATTTGGAGTCTGCATCACGCAAATTCTGCAAACCATAGGTTTCAACCACAATCCAAAAACCGACTCTAGTCCAAGCTGCGGCAGGCGTCCTTCCTCTCCATCAGATAATTTCGTCAAGATGTCGGACGGTCAGGAAACCGATAAGAATATCGAGATATGGAAGATTAAGAAGCTTATCAAGGCCTTAGAAGCTGCAAGAGGTAACGGTACCAGTATGATCTCTCTTATCATGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

485 aa · LXL04_030080|LXL04_030080|OH1004|PROTEIN

MSNGFPATRFGVCITQILQTIGFNHNPKTDSSPSCGRRPSSPSDNFVKMSDGQETDKNIEIWKIKKLIKALEAARGNGTSMISLIMPPRDQISRVTKMLGDEFGTASNIKSRVNRQSVLGAITSAQQRLKLYNKVPPNGLVLYTGTILTDDGKEKKVTIDFEPFKPINASLYLCDNKFHTEALSELLESDDKFGFIVMDGNGTLFGTLSGNTREVLHKFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLRMEKRHNYVRKTAELATQFY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030080`
TK1151 ID	TkA07G379270
OH-1004 ID	LXL04_030080
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.435 / OH-1004 26.804 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030080

位置 Chr06:107057022-107059110 (-)

描述 Similar to ERF1-3: Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1-3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g26618`	指导在遇到终止密码子UAA、UAG和UGA时终止新生肽链的合成（翻译）。	暂无已核实直接文献
`At1g12920`	指导在遇到终止密码子UAA、UAG和UGA时终止新生肽链的合成（翻译）。	暂无已核实直接文献
`At5g47880`	指导在遇到终止密码子UAA、UAG和UGA时终止新生肽链的合成（翻译）。	Translation termination in Arabidopsis thaliana: characterisation of three versions of release factor 1.2004 · DOI: 10.1016/j.gene.2004.06.053 Cosuppression of eukaryotic release factor 1-1 in Arabidopsis affects cell elongation and radial cell division.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.062695

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030080 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002184 cytoplasmic translational termination 生物过程

GO:0006415 translational termination 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0018444 translation release factor complex 细胞组分

GO:0003747 translation release factor activity 分子功能

GO:0016149 translation release factor activity, codon specific 分子功能

GO:1990825 sequence-specific mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12920

ath:AT3G26618

ath:AT5G47880

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.681

排名 1 · LXL04_030080 · OH-1004

细胞核0.407

排名 2 · LXL04_030080 · OH-1004

内质网0.052

排名 3 · LXL04_030080 · OH-1004

线粒体0.038

排名 4 · LXL04_030080 · OH-1004

细胞膜0.036

排名 5 · LXL04_030080 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03463.22eRF1_160-188 aa

PF03464.21eRF1_2192-325 aa

PF03465.21eRF1_3329-466 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030080	`PF03463.22`	eRF1_1	60	188	1.3e-55	187.6
LXL04_030080	`PF03464.21`	eRF1_2	192	325	6.9e-43	146.9
LXL04_030080	`PF03465.21`	eRF1_3	329	466	6.7e-33	114.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P35614`	拟南芥	Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1-3	90.783%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LPV8`	拟南芥	Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1-2	89.791%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39097`	拟南芥	Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1-1	86.239%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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