LXL04_029751 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029751

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 99088006-99092738 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3867 bp · LXL04_029751|LXL04_029751|OH1004|cDNA

ATGGACGACACTGATGAAGATTTCTTTGATAAATTGGTCGATGACGTTGATGATCAATTCAAGGTCACTTCATCATCGTCTGCCAAACCAACCGTGGATGATCCCACCGAGGCTAAAGCTGATTCAAGCATCAACAATGGCAAAAACGCACTCAAAGAATTAGAGAAAGTAGGTACAGAAGATATCAAAGCTCCTTCCACGATTAGTTCAGGTCTCGTAGATAAATCAACCACCAATCGAGTGGACCCTAATCAGTCATT...

CDS

下载 CDS FASTA

3867 bp · LXL04_029751|LXL04_029751|OH1004|CDS

ATGGACGACACTGATGAAGATTTCTTTGATAAATTGGTCGATGACGTTGATGATCAATTCAAGGTCACTTCATCATCGTCTGCCAAACCAACCGTGGATGATCCCACCGAGGCTAAAGCTGATTCAAGCATCAACAATGGCAAAAACGCACTCAAAGAATTAGAGAAAGTAGGTACAGAAGATATCAAAGCTCCTTCCACGATTAGTTCAGGTCTCGTAGATAAATCAACCACCAATCGAGTGGACCCTAATCAGTCATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1288 aa · LXL04_029751|LXL04_029751|OH1004|PROTEIN

MDDTDEDFFDKLVDDVDDQFKVTSSSSAKPTVDDPTEAKADSSINNGKNALKELEKVGTEDIKAPSTISSGLVDKSTTNRVDPNQSLVSSSSFASHTVNEEPNHEKQMEETWYHESGGASGAKEVQWSSFTTDPLHNTGNSFGSYSDFFTEFGDNSVHQSKTENYLSNQVNSNNDNSNQYQEGQSYTNTTSGRQSSEGQDLNSSQYWENLYPGWKYDNNTGQWYQVDESYDPTTTTNTQAADTLSSASDWTATSVNTEVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029751`
TK1151 ID	TkA07G343460
OH-1004 ID	LXL04_029751
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029751

位置 Chr06:99088006-99092738 (-)

描述 Similar to SEC16B: Protein transport protein SEC16B homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47490`	必需用于蛋白质从内质网运输到高尔基体。	暂无已核实直接文献
`At5g47480`	通过调节内质网的 COPII 外壳动力学，有效地将蛋白质从内质网输出到高尔基体。	MAIGO5 functions in protein export from Golgi-associated endoplasmic reticulum exit sites in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.118158

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029751 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003400 regulation of COPII vesicle coating 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程

GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0007031 peroxisome organization 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016559 peroxisome fission 生物过程

GO:0032527 protein exit from endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G47480

ath:AT5G47490

hsa:89866

mmu:227648

ocu:100008637

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.508

排名 1 · LXL04_029751 · OH-1004

高尔基体0.298

排名 2 · LXL04_029751 · OH-1004

细胞核0.196

排名 3 · LXL04_029751 · OH-1004

内质网0.145

排名 4 · LXL04_029751 · OH-1004

溶酶体／液泡0.082

排名 5 · LXL04_029751 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12932.13Sec16447-558 aa

PF12931.14TPR_Sec16617-886 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029751	`PF12932.13`	Sec16	447	558	9.9e-15	55.8
LXL04_029751	`PF12931.14`	TPR_Sec16	617	886	4.1e-53	181.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGK8`	拟南芥	Protein transport protein SEC16B homolog	44.806%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FGK9`	拟南芥	Protein transport protein SEC16A homolog	42.981%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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