LXL04_029650 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029650

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 96209827-96214354 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1722 bp · LXL04_029650|LXL04_029650|OH1004|cDNA

ATGTCCGGGATACTTAATTCAGGTGTGAATGGCTCAACATCAACATTTCCAGATGCCACTGGAAGAGCTTATACAGCAGCATTTTCTGCTCAGTTAGGTTCCTCTGCTGCTGATATGAACCACACTGATGCAATAGGGTTACGAAGCATAAATGGGAATTACAACATTCCCAGCATGCCTGGAGCTTACACATCAAGAAATTCAGGATTAAATGGTCCTTTGAATGGTGTACAAACACCTACAGGAAGCTTATCTAATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1722 bp · LXL04_029650|LXL04_029650|OH1004|CDS

ATGTCCGGGATACTTAATTCAGGTGTGAATGGCTCAACATCAACATTTCCAGATGCCACTGGAAGAGCTTATACAGCAGCATTTTCTGCTCAGTTAGGTTCCTCTGCTGCTGATATGAACCACACTGATGCAATAGGGTTACGAAGCATAAATGGGAATTACAACATTCCCAGCATGCCTGGAGCTTACACATCAAGAAATTCAGGATTAAATGGTCCTTTGAATGGTGTACAAACACCTACAGGAAGCTTATCTAATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

573 aa · LXL04_029650|LXL04_029650|OH1004|PROTEIN

MSGILNSGVNGSTSTFPDATGRAYTAAFSAQLGSSAADMNHTDAIGLRSINGNYNIPSMPGAYTSRNSGLNGPLNGVQTPTGSLSNGRYAVNNLPVALSQQSAASSLGLSGITNNGGSGIGQGLGNREQIIGSMGMGNLVNGGNIGRSLSSGGLNMPGVASRLNLTAPQMVSLLGNSYSGGGGPLSQNQFQGGNSHLSSMALLSELNRDHSFDMNDFPQLSGHLASAGGSQRQLGGLARRQNVGFMQQNQEFSIQNEDFP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029650`
TK1151 ID	TkA07G333070
OH-1004 ID	LXL04_029650
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.597 / OH-1004 46.597 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029650

位置 Chr06:96209827-96214354 (+)

描述 Similar to VIP2: Probable NOT transcription complex subunit VIP2 (Fragment)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g59710`	农杆菌介导的通过 T-DNA 整合到宿主基因组中的稳定遗传转化所需的转录调节因子，但不是 T-DNA 瞬时表达所需的转录调节因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029650 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0010606 positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0033147 negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway 生物过程

GO:2000036 regulation of stem cell population maintenance 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G59710

hsa:4848

mmu:72068

spo:2538778

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.697

排名 1 · LXL04_029650 · OH-1004

细胞核0.289

排名 2 · LXL04_029650 · OH-1004

溶酶体／液泡0.057

排名 3 · LXL04_029650 · OH-1004

细胞膜0.053

排名 4 · LXL04_029650 · OH-1004

高尔基体0.044

排名 5 · LXL04_029650 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04153.25NOT2_3_5_C441-563 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029650	`PF04153.25`	NOT2_3_5_C	441	563	3.1e-38	131.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FPW4`	拟南芥	Probable NOT transcription complex subunit VIP2	48.892%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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