基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_029218
当前版本: OH-1004
染色体: Chr06
坐标: 83953172-83957290
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2478 bp · LXL04_029218|LXL04_029218|OH1004|cDNA
ATGGCAAGTCTTGAGGATATTGGGGTTTCTGCACTCATAAACATTATCGGCGCTTTCGCATTTCTGTTAGCTTTTGCTTTTCTCAGACTTCAACCCGTTAATGACAGAGTTTACTTCCCCAAATGGTACATTAATGGAGCTCGGAGTAGTCCGAGACACCGTGGGAACTTTGTCGGCAAATTTGTCAATCTCAATTTCGCTACTTACCTTACTTTCCTCAATTGGATGCCTCAAGCTATGCGGATGAAAGAGTCTGAGAT...
CDS
下载 CDS FASTA2478 bp · LXL04_029218|LXL04_029218|OH1004|CDS
ATGGCAAGTCTTGAGGATATTGGGGTTTCTGCACTCATAAACATTATCGGCGCTTTCGCATTTCTGTTAGCTTTTGCTTTTCTCAGACTTCAACCCGTTAATGACAGAGTTTACTTCCCCAAATGGTACATTAATGGAGCTCGGAGTAGTCCGAGACACCGTGGGAACTTTGTCGGCAAATTTGTCAATCTCAATTTCGCTACTTACCTTACTTTCCTCAATTGGATGCCTCAAGCTATGCGGATGAAAGAGTCTGAGAT...
825 aa · LXL04_029218|LXL04_029218|OH1004|PROTEIN
MASLEDIGVSALINIIGAFAFLLAFAFLRLQPVNDRVYFPKWYINGARSSPRHRGNFVGKFVNLNFATYLTFLNWMPQAMRMKESEIIEHAGLDSAVFLRIYILGLKIFGPITIVALLFLVPVNVSGGTLFFLSKELVVSDIDKLSISNIQPKSLKFFAHISMMYAFTFWICYMLYKEYDMVASMRLKFLASKHRRAEQFTVLARNVPHVSGRAVSDSVDSFFKKNHPDHYLSHQVVYNANKFGRFVRRRHRLQNWLDYN...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_029218 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_029218 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr06:83953172-83957290 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to At1g32090: CSC1-like protein At1g32090 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006812 monoatomic cation transport 生物过程 GO:0010118 stomatal movement 生物过程 GO:0045087 innate immune response 生物过程 GO:0140426 pathogen-associated molecular pattern receptor signaling pathway 生物过程 GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0009506 plasmodesma 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0005227 calcium-activated cation channel activity 分子功能 GO:0005262 calcium channel activity 分子功能 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G11960 ath:AT1G32090 ath:AT3G21620 ath:AT4G02900 ath:AT4G22120 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞膜0.720
细胞质0.159
溶酶体／液泡0.088
内质网0.088
高尔基体0.060
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13967.12RSN1_TM7-178 aaPF14703.13PHM7_cyt199-361 aaPF02714.21RSN1_7TM372-644 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_029218 | PF13967.12 | RSN1_TM | 7 | 178 | 6.7e-39 | 133.8 |
| LXL04_029218 | PF14703.13 | PHM7_cyt | 199 | 361 | 3.3e-47 | 161.6 |
| LXL04_029218 | PF02714.21 | RSN1_7TM | 372 | 644 | 2.7e-84 | 283.5 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9FVQ5 | 拟南芥 | Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.8 | 70.516% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9LVE4 | 拟南芥 | Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.5 | 62.415% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q5XEZ5 | 拟南芥 | Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.2 | 60.209% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9SY14 | 拟南芥 | Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.7 | 59.399% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
B5TYT3 | 拟南芥 | Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.3 | 60.158% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |