LXL04_029217 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029217

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 83912193-83923806 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5699 bp · LXL04_029217|LXL04_029217|OH1004|cDNA

ATGACTTCTTCCTCGTTGTCATCATCATCTTCACAGTTCCATGCAGGAGTGGTTCCTCAAATTCTGGgctttcttttcttcttgttttctAATGGAGCTTCAGGGACTACCTTTACTTTCATAAATGACTGTGAGTTCACAATTTGGCCAGGAATCTCAGGCACGCCTGATCTCAACCTCACCGGATTCGAGCTAAGAAAGGGTAATTCACGCTCTTTTCAAGCCCCAGATGTCTGGAGAGGTACTTTCTGGGGTAGGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

5664 bp · LXL04_029217|LXL04_029217|OH1004|CDS

ATGACTTCTTCCTCGTTGTCATCATCATCTTCACAGTTCCATGCAGGAGTGGTTCCTCAAATTCTGGGCTTTCTTTTCTTCTTGTTTTCTAATGGAGCTTCAGGGACTACCTTTACTTTCATAAATGACTGTGAGTTCACAATTTGGCCAGGAATCTCAGGCACGCCTGATCTCAACCTCACCGGATTCGAGCTAAGAAAGGGTAATTCACGCTCTTTTCAAGCCCCAGATGTCTGGAGAGGTACTTTCTGGGGTAGGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1887 aa · LXL04_029217|LXL04_029217|OH1004|PROTEIN

MTSSSLSSSSSQFHAGVVPQILGFLFFLFSNGASGTTFTFINDCEFTIWPGISGTPDLNLTGFELRKGNSRSFQAPDVWRGTFWGRTGCNFNGSGNGSCTTGDCGTGKMDCNGNTYTKPVTIVEFAVNQFQGLDFYDVSLVNGFNLPILVKATGGSGSGLRSCAKTGCVDDLNQRCPPELTLTGGGACRSACQTFGSPEYCCNSSFSTPSACKPTAYAQLFKSACPRSYSTQFDDETSTFTCSDADYVVRFCPAADSFSA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029217`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029217

位置 Chr06:83912193-83923806 (-)

描述 Similar to CES101: G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase CES101

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g16030`	至少在去分化愈伤组织中促进参与光合作用的基因的表达。	Arabidopsis mutants by activation tagging in which photosynthesis genes are expressed in dedifferentiated calli.2006 · DOI: 10.1093/pcp/pci242
`At1g67520`	G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g67520。	暂无已核实直接文献
`At4g21390`	G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B120。	暂无已核实直接文献
`At4g21380`	参与细胞扩张和分化的调节。	暂无已核实直接文献
`At1g65790`	参与细胞扩张和分化的调节。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029217 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006955 immune response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G67520

ath:AT3G16030

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.798

排名 1 · LXL04_029217 · OH-1004

内质网0.084

排名 2 · LXL04_029217 · OH-1004

细胞质0.083

排名 3 · LXL04_029217 · OH-1004

细胞外0.053

排名 4 · LXL04_029217 · OH-1004

细胞核0.043

排名 5 · LXL04_029217 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00314.23Thaumatin42-253 aa

PF01453.31B_lectin305-408 aa

PF08276.18PAN_2546-594 aa

PF00069.32Pkinase713-916 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr715-914 aa

PF00314.23Thaumatin1062-1249 aa

PF01453.31B_lectin1274-1379 aa

PF08276.18PAN_21504-1566 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029217	`PF00314.23`	Thaumatin	42	253	2.6e-110	367.7
LXL04_029217	`PF01453.31`	B_lectin	305	408	1.5e-49	167.5
LXL04_029217	`PF08276.18`	PAN_2	546	594	3.8e-12	46.8
LXL04_029217	`PF00069.32`	Pkinase	713	916	1.5e-70	238.4
LXL04_029217	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	715	914	6.4e-75	252.5
LXL04_029217	`PF00314.23`	Thaumatin	1062	1249	2.6e-110	367.7
LXL04_029217	`PF01453.31`	B_lectin	1274	1379	1.5e-49	167.5
LXL04_029217	`PF08276.18`	PAN_2	1504	1566	3.8e-12	46.8
LXL04_029217	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	1670	1848	6.4e-75	252.5
LXL04_029217	`PF00069.32`	Pkinase	1681	1783	1.5e-70	238.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LW83`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase CES101	40.771%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O64793`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g67520	40.378%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O81906`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase B120	39.538%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O81905`	拟南芥	Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-8	40.120%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q39086`	拟南芥	Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-7	39.346%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情