LXL04_029143 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029143

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 81841159-81843285 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2127 bp · LXL04_029143|LXL04_029143|OH1004|cDNA

ATGGAGGCGTTCCTGGAAGAGTTTCAACATCTTAAAATCCAACTAGAAGAGATAAAGTCAGCCACAGGCGATTTTAATAGCAGCAAAATCATCGGAAAAGGTGGGTTTGGGGTGGTGCACGAAGGAGTGCTCTCACACTCCAAGAAGCAAAACATGGTTGCTTTCAAACGGCTAGATCGAAGGCATGGGCAAGGCGATCCTGAGTTCTGGAAAGAGATCTTGATGCTTTCCCGTTACACACACAAAAATCTCATATCACT...

CDS

下载 CDS FASTA

2127 bp · LXL04_029143|LXL04_029143|OH1004|CDS

ATGGAGGCGTTCCTGGAAGAGTTTCAACATCTTAAAATCCAACTAGAAGAGATAAAGTCAGCCACAGGCGATTTTAATAGCAGCAAAATCATCGGAAAAGGTGGGTTTGGGGTGGTGCACGAAGGAGTGCTCTCACACTCCAAGAAGCAAAACATGGTTGCTTTCAAACGGCTAGATCGAAGGCATGGGCAAGGCGATCCTGAGTTCTGGAAAGAGATCTTGATGCTTTCCCGTTACACACACAAAAATCTCATATCACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

708 aa · LXL04_029143|LXL04_029143|OH1004|PROTEIN

MEAFLEEFQHLKIQLEEIKSATGDFNSSKIIGKGGFGVVHEGVLSHSKKQNMVAFKRLDRRHGQGDPEFWKEILMLSRYTHKNLISLLGFCDQDGEKIIVYEYASNGSLDRHLSSTSLTWKQRLKICLGAAMGLCYLHDPKETQQRVIHRDIKSSNILLDENWNAKISDMGLSKIGPANQQHTFVVSNVVGTFGYVDPMYVETSILTKESDVYSFGVVLFEVLCGRLCFENKNNHFQNLVPMWKKSFKQKKLDEIVFQDL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029143`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029143

位置 Chr06:81841159-81843285 (-)

描述 Similar to ITN1: Ankyrin repeat-containing protein ITN1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12360`	参与耐盐胁迫。	ITN1, a novel gene encoding an ankyrin-repeat protein that affects the ABA-mediated production of reactive oxygen species and is involved in salt-stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03614.x
`At5g38990`	可能的受体样蛋白激酶At5g38990。	暂无已核实直接文献
`At5g39000`	推测的受体样蛋白激酶At5g39000。	暂无已核实直接文献
`At3g46290`	营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇独立的方式进行。	Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0837000`	参与耐盐胁迫。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029143 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010038 response to metal ion 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12360

ath:AT3G46290

ath:AT5G38990

ath:AT5G39000

dosa:Os01g0837000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.592

排名 1 · LXL04_029143 · OH-1004

细胞质0.293

排名 2 · LXL04_029143 · OH-1004

细胞核0.243

排名 3 · LXL04_029143 · OH-1004

内质网0.046

排名 4 · LXL04_029143 · OH-1004

高尔基体0.033

排名 5 · LXL04_029143 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase26-294 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr28-297 aa

PF12796.14Ank_2378-452 aa

PF24521.3Ank_KRIT1380-496 aa

PF12796.14Ank_2383-492 aa

PF24521.3Ank_KRIT1429-522 aa

PF12796.14Ank_2466-520 aa

PF00023.37Ank468-491 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029143	`PF00069.32`	Pkinase	26	294	6.4e-44	151.0
LXL04_029143	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	28	297	6.8e-43	147.5
LXL04_029143	`PF12796.14`	Ank_2	378	452	4.2e-66	220.3
LXL04_029143	`PF24521.3`	Ank_KRIT1	380	496	2.1e-15	57.4
LXL04_029143	`PF12796.14`	Ank_2	383	492	4.2e-66	220.3
LXL04_029143	`PF24521.3`	Ank_KRIT1	429	522	2.1e-15	57.4
LXL04_029143	`PF12796.14`	Ank_2	466	520	4.2e-66	220.3
LXL04_029143	`PF00023.37`	Ank	468	491	3.5e-38	128.2
LXL04_029143	`PF12796.14`	Ank_2	469	557	4.2e-66	220.3
LXL04_029143	`PF13637.13`	Ank_4	469	516	1.7e-27	95.5
LXL04_029143	`PF13637.13`	Ank_4	504	553	1.7e-27	95.5
LXL04_029143	`PF12796.14`	Ank_2	528	590	4.2e-66	220.3
LXL04_029143	`PF13857.13`	Ank_5	530	561	3.8e-26	91.6
LXL04_029143	`PF00023.37`	Ank	532	555	3.5e-38	128.2
LXL04_029143	`PF13606.13`	Ank_3	532	556	4.1e-31	103.9
LXL04_029143	`PF13637.13`	Ank_4	537	587	1.7e-27	95.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7A2`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein ITN1	61.254%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FID9`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g38990	46.179%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FID8`	拟南芥	Putative receptor-like protein kinase At5g39000	45.515%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LX66`	拟南芥	Receptor-like protein kinase HERK 1	47.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2CIR5`	水稻	Ankyrin repeat-containing protein NPR4	52.525%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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