LXL04_029100 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029100

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 80874675-80876595 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

855 bp · LXL04_029100|LXL04_029100|OH1004|cDNA

ATGTCTCGCTTAATTCATTCCAGAATATCGCTCTCCAGATTCTCCAATACATGGGGTTCAGTTGGAAGAGGGAGATACTTTTCAACAGAATCTAACAAGATTGACGAACCACTTAAAGTACAGGAAGCTGAAACAATAaatcctccaccacctccaGAAGAAAAGTTACTTGTACTTGGTGGAAATGGGTTTGTTGGCTCGCACATATGCAAAGAAGCTTTGGACCGTGGCTTGTCAGTTGCAAGTCTTAGCAGATCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

855 bp · LXL04_029100|LXL04_029100|OH1004|CDS

ATGTCTCGCTTAATTCATTCCAGAATATCGCTCTCCAGATTCTCCAATACATGGGGTTCAGTTGGAAGAGGGAGATACTTTTCAACAGAATCTAACAAGATTGACGAACCACTTAAAGTACAGGAAGCTGAAACAATAAATCCTCCACCACCTCCAGAAGAAAAGTTACTTGTACTTGGTGGAAATGGGTTTGTTGGCTCGCACATATGCAAAGAAGCTTTGGACCGTGGCTTGTCAGTTGCAAGTCTTAGCAGATCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

284 aa · LXL04_029100|LXL04_029100|OH1004|PROTEIN

MSRLIHSRISLSRFSNTWGSVGRGRYFSTESNKIDEPLKVQEAETINPPPPPEEKLLVLGGNGFVGSHICKEALDRGLSVASLSRSGKSSIQDPWATKVSWHKGDLLSGDSWKEALTGVTSVISCVGGFGSNTFMYKINGTANINAIRAAAEKGIKRFVYISASDFGVINYLLQGYYDGKRATETELLTRFPYGHVILRPGFIYGTRRVGSMKLPLGVIGSPLEMVMQYAKPLSQVPVIGPLLTPPVDVKAVAKVAVRGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029100`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029100

位置 Chr06:80874675-80876595 (-)

描述 Similar to At1g32220: Uncharacterized protein At1g32220, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g32220`	未表征蛋白 At1g32220，叶绿体型。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029100 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006695 cholesterol biosynthetic process 生物过程

GO:0006744 ubiquinone biosynthetic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0008203 cholesterol metabolic process 生物过程

GO:0015979 photosynthesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005811 lipid droplet 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32220

bta:616694

sce:YLR290C

spo:2538806

syn:slr0399

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.937

排名 1 · LXL04_029100 · OH-1004

细胞质0.074

排名 2 · LXL04_029100 · OH-1004

细胞核0.052

排名 3 · LXL04_029100 · OH-1004

质体0.039

排名 4 · LXL04_029100 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 5 · LXL04_029100 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368.20NmrA53-162 aa

PF01370.28Epimerase57-164 aa

PF01073.263Beta_HSD57-187 aa

PF13460.13NAD_binding_1060-204 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029100	`PF05368.20`	NmrA	53	162	3e-09	37.6
LXL04_029100	`PF01370.28`	Epimerase	57	164	3.4e-13	50.3
LXL04_029100	`PF01073.26`	3Beta_HSD	57	187	1.8e-10	41.0
LXL04_029100	`PF13460.13`	NAD_binding_10	60	204	3.1e-18	67.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FVR6`	拟南芥	Uncharacterized protein At1g32220, chloroplastic	41.935%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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