LXL04_028968 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028968

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 76206241-76209983 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1959 bp · LXL04_028968|LXL04_028968|OH1004|cDNA

ATGGAAGGGAATCACACGATGTCGCTGACGACGCACGACAACACTCCTATCGCCGATCAGACGCCGTCGACCCTCACTCTTCGGTCTTCACTTCAGTCTTCGACGATTCTCGCCTCCGACGCTTCTCGCCCTTCTTCTCCGACGATTCTCTCCTGCACGGCTGCGCCGGCAGGTCTCGCAACTCAGGCATCTGCCTCCGGCTCCGGTATCTGCGTTAGTGAGCATCCTCTTCTCCGGCTCCTGCATCTTCTAAGAATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1959 bp · LXL04_028968|LXL04_028968|OH1004|CDS

ATGGAAGGGAATCACACGATGTCGCTGACGACGCACGACAACACTCCTATCGCCGATCAGACGCCGTCGACCCTCACTCTTCGGTCTTCACTTCAGTCTTCGACGATTCTCGCCTCCGACGCTTCTCGCCCTTCTTCTCCGACGATTCTCTCCTGCACGGCTGCGCCGGCAGGTCTCGCAACTCAGGCATCTGCCTCCGGCTCCGGTATCTGCGTTAGTGAGCATCCTCTTCTCCGGCTCCTGCATCTTCTAAGAATTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

652 aa · LXL04_028968|LXL04_028968|OH1004|PROTEIN

MEGNHTMSLTTHDNTPIADQTPSTLTLRSSLQSSTILASDASRPSSPTILSCTAAPAGLATQASASGSGICVSEHPLLRLLHLLRISVYDYIGLMDGTSVEPLAQSVVGSTTNQMEEIEGEEQSAPKPAPPNQNPSEDATDKDHMEEEVILKRKRKKTSKIWDHFTIVTGNGTQKEQALCMYCKSKIYYDGTTSTCLRHLQSCKPHNDQIQKQQLLNFPPSMSSIDSGQKKLPTLIRPDKYDSNKMREAIATWVMGTEQP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028968`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028968

位置 Chr06:76206241-76209983 (+)

描述 Similar to Os03g0733400: Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0733400`	类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。	暂无已核实直接文献
`Os05g0239150`	类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。	暂无已核实直接文献
`Os05g0583200`	类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。	暂无已核实直接文献
`Os01g0518400`	类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028968 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0032196 transposition 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0046983 protein dimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os01g0518400

dosa:Os03g0733400

dosa:Os05g0239150

dosa:Os05g0583200

osa:4339741

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.860

排名 1 · LXL04_028968 · OH-1004

细胞质0.192

排名 2 · LXL04_028968 · OH-1004

线粒体0.037

排名 3 · LXL04_028968 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 4 · LXL04_028968 · OH-1004

内质网0.019

排名 5 · LXL04_028968 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02892.22zf-BED159-203 aa

PF27041.1ZBED1_RNase-like316-413 aa

PF27039.1ZBED1_RNase-like_helical417-525 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028968	`PF02892.22`	zf-BED	159	203	8.4e-08	32.8
LXL04_028968	`PF27041.1`	ZBED1_RNase-like	316	413	7.7e-30	103.6
LXL04_028968	`PF27039.1`	ZBED1_RNase-like_helical	417	525	1.5e-32	112.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6AVI0`	水稻	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2	32.624%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B9FJG3`	水稻	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 1	31.663%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q75HY5`	水稻	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3	29.426%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0JMB2`	水稻	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 4	28.814%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情