LXL04_028648 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028648

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 52073656-52081012 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3519 bp · LXL04_028648|LXL04_028648|OH1004|cDNA

ATGAGTACTCAAGTCTTGGAGAGGCAACAGAGCTCTTCATCGTTGCCAGAAGACCATATCGATAACACCAAGACTCTGATTTGTGCTCTTAGTTTCCTCTCTCGCAATCTCCCTCTCCCTCCTGACGTTTTCGATGCTGTCTCTTCCATCTACACCGCCGCCTCCGAAGATGTTGACGCCAACGTCCCCGAAGATGCCCACGCTGGTGTTGACGCTACCGCCCCCGGTGGATCTGACTGCGACAAACAAGTCGATGATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3519 bp · LXL04_028648|LXL04_028648|OH1004|CDS

ATGAGTACTCAAGTCTTGGAGAGGCAACAGAGCTCTTCATCGTTGCCAGAAGACCATATCGATAACACCAAGACTCTGATTTGTGCTCTTAGTTTCCTCTCTCGCAATCTCCCTCTCCCTCCTGACGTTTTCGATGCTGTCTCTTCCATCTACACCGCCGCCTCCGAAGATGTTGACGCCAACGTCCCCGAAGATGCCCACGCTGGTGTTGACGCTACCGCCCCCGGTGGATCTGACTGCGACAAACAAGTCGATGATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1172 aa · LXL04_028648|LXL04_028648|OH1004|PROTEIN

MSTQVLERQQSSSSLPEDHIDNTKTLICALSFLSRNLPLPPDVFDAVSSIYTAASEDVDANVPEDAHAGVDATAPGGSDCDKQVDDVSSPKNFQLQNGGDLMADLEEALLTHRSNHITGTEIAETRKKRIESHIQNRLTQLEELPTSRGEDLQSKCLLELYGLKLAELQRKVRSNVSSEYTLCLNCVYPEKQLFDWGMMRLSRPSYGVGDAFAVDSDNHLKKKRDAERLTKLEEEEKNRVETRKRKFFAEILNSIRELQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028648`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028648

位置 Chr06:52073656-52081012 (+)

描述 Similar to CHR12: Probable ATP-dependent DNA helicase CHR12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g06010`	可能的染色质重塑因子，在根和茎干细胞起始、根尖分生组织和茎尖分生组织维持中与 CHR23 功能冗余。	The SWI/SNF chromatin-remodeling gene AtCHR12 mediates temporary growth arrest in Arabidopsis thaliana upon perceiving environmental stress.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03185.x Mutations in two non-canonical Arabidopsis SWI2/SNF2 chromatin remodeling ATPases cause embryogenesis and stem cell maintenance defects.2012 · DOI: 10.1111/tpj.12009 Reduced seed germination in Arabidopsis over-expressing SWI/SNF2 ATPase genes.2015 · DOI: 10.1111/ppl.12231
`At5g19310`	可能的染色质重塑因子，在根和芽干细胞起始以及根顶端分生组织和芽顶端分生组织维持方面与 CHR12 功能冗余。	Mutations in two non-canonical Arabidopsis SWI2/SNF2 chromatin remodeling ATPases cause embryogenesis and stem cell maintenance defects.2012 · DOI: 10.1111/tpj.12009 Over-expression of Arabidopsis AtCHR23 chromatin remodeling ATPase results in increased variability of growth and gene expression.2014 · DOI: 10.1186/1471-2229-14-76 Reduced seed germination in Arabidopsis over-expressing SWI/SNF2 ATPase genes.2015 · DOI: 10.1111/ppl.12231

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0144300`	可能的染色质重塑因子，参与根及茎端干细胞的建立，以及根尖分生组织（RAM）和茎尖分生组织（SAM）的维持。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028648 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010231 maintenance of seed dormancy 生物过程

GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06010

ath:AT5G19310

dosa:Os05g0144300

osa:4337784

sce:YOR290C

spo:2542638

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.853

排名 1 · LXL04_028648 · OH-1004

细胞质0.185

排名 2 · LXL04_028648 · OH-1004

线粒体0.037

排名 3 · LXL04_028648 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 4 · LXL04_028648 · OH-1004

内质网0.018

排名 5 · LXL04_028648 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851.22ResIII409-570 aa

PF00176.30SNF2-rel_dom413-700 aa

PF11496.15HDA2-3681-858 aa

PF00271.38Helicase_C719-832 aa

PF14619.12SnAC925-989 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028648	`PF04851.22`	ResIII	409	570	2.8e-11	44.3
LXL04_028648	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	413	700	1.9e-95	320.0
LXL04_028648	`PF11496.15`	HDA2-3	681	858	2.8e-10	40.5
LXL04_028648	`PF00271.38`	Helicase_C	719	832	8.6e-27	94.3
LXL04_028648	`PF14619.12`	SnAC	925	989	5.5e-10	40.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J9M5`	拟南芥	Probable ATP-dependent DNA helicase CHR12	69.781%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4K128`	拟南芥	Probable ATP-dependent DNA helicase CHR23	67.409%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q60EX7`	水稻	Probable ATP-dependent DNA helicase CHR719	63.163%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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