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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_028590
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 46891231-46895736 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

948 bp · LXL04_028590|LXL04_028590|OH1004|cDNA

ATGAGTGAATCTATGGAGATTGACCCTCCGCATGAAAGTGATGGAAGCACCACCGGGTCAAAGGAAAGTGAGAGCCCTGTGGTGTTTGATAGCTCAGGTCTTGGGTTGCCATATGCTCCTGAAGATTTCCCTAAACCCGGTGACAAGTGGGGTTGGAAAGTGGGAAAAAGAGTTGGTGTTTCAGGGCACTTTCTGGACAGATATCTTTATCCTCCTGATCGCCTTTATAAAGAAATTAGGTCAGGGGGTTTCACTGGTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

948 bp · LXL04_028590|LXL04_028590|OH1004|CDS

ATGAGTGAATCTATGGAGATTGACCCTCCGCATGAAAGTGATGGAAGCACCACCGGGTCAAAGGAAAGTGAGAGCCCTGTGGTGTTTGATAGCTCAGGTCTTGGGTTGCCATATGCTCCTGAAGATTTCCCTAAACCCGGTGACAAGTGGGGTTGGAAAGTGGGAAAAAGAGTTGGTGTTTCAGGGCACTTTCTGGACAGATATCTTTATCCTCCTGATCGCCTTTATAAAGAAATTAGGTCAGGGGGTTTCACTGGTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

315 aa · LXL04_028590|LXL04_028590|OH1004|PROTEIN

MSESMEIDPPHESDGSTTGSKESESPVVFDSSGLGLPYAPEDFPKPGDKWGWKVGKRVGVSGHFLDRYLYPPDRLYKEIRSGGFTGVIGGKCFASKASLERYVMETFPGTDINAFFASFTWKIQAANIRGSKEIIMEHPICNQQFNPAGCKAGNINCSSLQEPHNPTFHSNTMPCDICCSEPFFCHDCCCILCSRPVNSANGDHTFIRCEAIVNQNQKGLVCGHICHMECGLRSYMAGTVGGTIGLDAEYSCRRCDARTD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_028590
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_028590
位置Chr06:46891231-46895736 (-)
描述Similar to OBE1: Protein OBERON 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g07780 可能与OBE2共同维持和／或建立茎端及根分生组织的转录因子；可能通过控制WUS、PLT1、PLT2等分生组织相关基因和生长素应答所需基因的表达发挥作用。
The Arabidopsis OBERON1 and OBERON2 genes encode plant homeodomain finger proteins and are required for apical meristem maintenance.2008 · DOI: 10.1242/dev.014993
Arabidopsis plant homeodomain finger proteins operate downstream of auxin accumulation in specifying the vasculature and primary root meristem.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03874.x
At1g14740 可能的转录因子，在垂体的规范和胚根的建立中与 OBE4 冗余地发挥作用。
OBE3 and WUS Interaction in Shoot Meristem Stem Cell Regulation.2016 · DOI: 10.1371/journal.pone.0155657
At5g48160 可能与OBE1共同维持和／或建立茎端及根分生组织的转录因子；可能通过控制WUS、PLT1、PLT2等分生组织相关基因和生长素应答所需基因的表达发挥作用。
The Arabidopsis OBERON1 and OBERON2 genes encode plant homeodomain finger proteins and are required for apical meristem maintenance.2008 · DOI: 10.1242/dev.014993
Arabidopsis plant homeodomain finger proteins operate downstream of auxin accumulation in specifying the vasculature and primary root meristem.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03874.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028590 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001708 cell fate specification 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009880 embryonic pattern specification 生物过程
GO:0010071 root meristem specification 生物过程
GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程
GO:0031347 regulation of defense response 生物过程
GO:0046740 transport of virus in host, cell to cell 生物过程
GO:0080022 primary root development 生物过程
GO:0090421 embryonic meristem initiation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G14740
ath:AT3G07780
ath:AT5G48160
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.806
排名 1 · LXL04_028590 · OH-1004
细胞质0.242
排名 2 · LXL04_028590 · OH-1004
细胞膜0.047
排名 3 · LXL04_028590 · OH-1004
内质网0.030
排名 4 · LXL04_028590 · OH-1004
线粒体0.018
排名 5 · LXL04_028590 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23299.2DUF708126-124 aa
PF07227.18PHD_Oberon153-288 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_028590PF23299.2DUF7081261243.7e-35121.1
LXL04_028590PF07227.18PHD_Oberon1532887.8e-29100.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9S736拟南芥Protein OBERON 125.000%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q94B71拟南芥Protein OBERON 325.610%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LUB7拟南芥Protein OBERON 224.828%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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