LXL04_028514 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028514

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 44094934-44095776 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

402 bp · LXL04_028514|LXL04_028514|OH1004|cDNA

ATGGATCTTAGAGATCGTTTCCGTCTGTCCACCAGCTCCATTGCAGAGTCCGAAGCGAAACAAGATAATATGAAGATTTCACAATCTGTCATCGATTGCATCTCCGATTTAGCGTTCAAGTATGCAGAACTGTTAGCAGAGGATCTGGAGATGTTTGCCAATCACGCTGGTCGAAAGTCTGTGAATATGAACGACGTCATCATCTCTGCACATAGAAACAAGCATTTGACAGATGTATTGAGGAAGAAAAAGCCACAGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

402 bp · LXL04_028514|LXL04_028514|OH1004|CDS

ATGGATCTTAGAGATCGTTTCCGTCTGTCCACCAGCTCCATTGCAGAGTCCGAAGCGAAACAAGATAATATGAAGATTTCACAATCTGTCATCGATTGCATCTCCGATTTAGCGTTCAAGTATGCAGAACTGTTAGCAGAGGATCTGGAGATGTTTGCCAATCACGCTGGTCGAAAGTCTGTGAATATGAACGACGTCATCATCTCTGCACATAGAAACAAGCATTTGACAGATGTATTGAGGAAGAAAAAGCCACAGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

133 aa · LXL04_028514|LXL04_028514|OH1004|PROTEIN

MDLRDRFRLSTSSIAESEAKQDNMKISQSVIDCISDLAFKYAELLAEDLEMFANHAGRKSVNMNDVIISAHRNKHLTDVLRKKKPQSEKKSKKSSNKEGKSLPHMSLEPNLVNPEEQQARPKRIKKSPARYLD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028514`
TK1151 ID	TkA07G164800
OH-1004 ID	LXL04_028514
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028514

位置 Chr06:44094934-44095776 (+)

描述 Similar to MHF1: Protein MHF1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g50930`	参与促进自发体细胞同源重组（HR）事件，这与FANCM在有序HR中的功能相反。	MHF1 plays Fanconi anaemia complementation group M protein (FANCM)-dependent and FANCM-independent roles in DNA repair and homologous recombination in plants.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12507 FANCM-associated proteins MHF1 and MHF2, but not the other Fanconi anemia factors, limit meiotic crossovers.2014 · DOI: 10.1093/nar/gku614

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028514 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006312 mitotic recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0031297 replication fork processing 生物过程

GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程

GO:0045003 double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G50930

bta:613732

hsa:100526739

hsa:378708

spo:2540443

xla:431958

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.966

排名 1 · LXL04_028514 · OH-1004

细胞质0.151

排名 2 · LXL04_028514 · OH-1004

线粒体0.015

排名 3 · LXL04_028514 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 4 · LXL04_028514 · OH-1004

细胞外0.006

排名 5 · LXL04_028514 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15630.13CENP-S3-76 aa

PF15511.13CENP-T_C19-78 aa

PF07524.20Bromo_TP26-69 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028514	`PF15630.13`	CENP-S	3	76	5.6e-18	65.8
LXL04_028514	`PF15511.13`	CENP-T_C	19	78	1.1e-10	42.3
LXL04_028514	`PF07524.20`	Bromo_TP	26	69	4.4e-06	27.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FI55`	拟南芥	Protein MHF1 homolog	58.252%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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