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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_028457
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 42369835-42370943 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1014 bp · LXL04_028457|LXL04_028457|OH1004|cDNA

ATGCCTCCGCCGCGCTTATGCTCCCTACTCCTCCTCTCCCTCATTTCCACCGCCACCCTTCAGATCTGCTCCGCGGCCGGAGACGACAGCGATGTAGACACACTTGTTTTCGAGAACCCAAGGCTCCGGCAAGCCTATATTGCTCTCCAAGCATGGAAACAAGCCATATTTTCTGACCCCTTCAACTTCACTGCCAACTGGAATGGCTCTAACGTCTGCTCCTACGGCGGTGTCTATTGTGCTCCTTCCCCAGCAAACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1014 bp · LXL04_028457|LXL04_028457|OH1004|CDS

ATGCCTCCGCCGCGCTTATGCTCCCTACTCCTCCTCTCCCTCATTTCCACCGCCACCCTTCAGATCTGCTCCGCGGCCGGAGACGACAGCGATGTAGACACACTTGTTTTCGAGAACCCAAGGCTCCGGCAAGCCTATATTGCTCTCCAAGCATGGAAACAAGCCATATTTTCTGACCCCTTCAACTTCACTGCCAACTGGAATGGCTCTAACGTCTGCTCCTACGGCGGTGTCTATTGTGCTCCTTCCCCAGCAAACCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

337 aa · LXL04_028457|LXL04_028457|OH1004|PROTEIN

MPPPRLCSLLLLSLISTATLQICSAAGDDSDVDTLVFENPRLRQAYIALQAWKQAIFSDPFNFTANWNGSNVCSYGGVYCAPSPANPSIRVVAGIDLNHADIAGFLPPELGLLTDLALFHINSNRFCGTVPTSFKNLTLLHELDLSNNRFVGVFPTVVLSLPALKYLDLRFNEFEGSVPMTLFDKDLDAVFLNDNRFQFGIPPNLGNSPVSVLVLANNNLGGCIPASIGQMGRTLNEIILMNDNLTGCLPVQIGMLKEVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_028457
TK1151 IDTkA07G157530
OH-1004 IDLXL04_028457
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 49.040 / OH-1004 98.516
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_028457
位置Chr06:42369835-42370943 (-)
描述Similar to LRX2: Leucine-rich repeat extensin-like protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g62440 通过调节细胞壁的形成与组装和/或生长极性来调节细胞形态发生。
Synergistic interaction of the two paralogous Arabidopsis genes LRX1 and LRX2 in cell wall formation during root hair development.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01784.x
At1g12040 通过调节细胞壁的形成与组装和/或生长极性来调节细胞形态发生。
The chimeric leucine-rich repeat/extensin cell wall protein LRX1 is required for root hair morphogenesis in Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1101/gad.200201
Synergistic interaction of the two paralogous Arabidopsis genes LRX1 and LRX2 in cell wall formation during root hair development.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01784.x
At4g18670 通过调节细胞壁的形成与组装和/或生长极性来调节细胞形态发生。 暂无已核实直接文献
At3g24480 通过调节细胞壁的形成与组装和/或生长极性来调节细胞形态发生。 暂无已核实直接文献
At4g13340 通过调节细胞壁的形成与组装和/或生长极性来调节细胞形态发生。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028457 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0010054 trichoblast differentiation 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分
GO:0005199 structural constituent of cell wall 分子功能
GO:0042277 peptide binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12040
ath:AT1G62440
ath:AT3G24480
ath:AT4G13340
ath:AT4G18670
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.648
排名 1 · LXL04_028457 · OH-1004
细胞外0.099
排名 2 · LXL04_028457 · OH-1004
内质网0.094
排名 3 · LXL04_028457 · OH-1004
细胞质0.071
排名 4 · LXL04_028457 · OH-1004
质体0.052
排名 5 · LXL04_028457 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855.13LRR_8116-173 aa
PF12799.14LRR_4140-172 aa
PF13855.13LRR_8233-293 aa
PF13855.13LRR_8259-315 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_028457PF13855.13LRR_81161734.5e-2175.1
LXL04_028457PF12799.14LRR_41401721.9e-0731.8
LXL04_028457PF13855.13LRR_82332934.5e-2175.1
LXL04_028457PF13855.13LRR_82593154.5e-2175.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O48809拟南芥Leucine-rich repeat extensin-like protein 276.351%Swiss-Prot强数据库同源证据
O65375拟南芥Leucine-rich repeat extensin-like protein 170.701%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SN46拟南芥Leucine-rich repeat extensin-like protein 570.724%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LHF1拟南芥Leucine-rich repeat extensin-like protein 469.900%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9T0K5拟南芥Leucine-rich repeat extensin-like protein 370.790%Swiss-Prot强数据库同源证据

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