LXL04_028433 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028433

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 41716074-41719247 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3174 bp · LXL04_028433|LXL04_028433|OH1004|cDNA

ATGATTTTCTCTAAGCTCCTCAAATCCAAAAGATTCTCTACTTCTCGATCATCTTCTTCCTCTCGTCGCAACCACCAATCATTTGTGTCACTCGCTACCTTCTTGAAATGTAGTTTCAATTTATCTCTCAAACATTACAACAACTTTCTTCTTCAACTCTTCAGAACCAAAAAATTTCGATTCATCACACACTTCATATCTCAACTAAACTCCAACCATATCGAAGGAGATCATATCACAAAATCAATCTTCACAAGGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3174 bp · LXL04_028433|LXL04_028433|OH1004|CDS

ATGATTTTCTCTAAGCTCCTCAAATCCAAAAGATTCTCTACTTCTCGATCATCTTCTTCCTCTCGTCGCAACCACCAATCATTTGTGTCACTCGCTACCTTCTTGAAATGTAGTTTCAATTTATCTCTCAAACATTACAACAACTTTCTTCTTCAACTCTTCAGAACCAAAAAATTTCGATTCATCACACACTTCATATCTCAACTAAACTCCAACCATATCGAAGGAGATCATATCACAAAATCAATCTTCACAAGGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1057 aa · LXL04_028433|LXL04_028433|OH1004|PROTEIN

MIFSKLLKSKRFSTSRSSSSSRRNHQSFVSLATFLKCSFNLSLKHYNNFLLQLFRTKKFRFITHFISQLNSNHIEGDHITKSIFTRALLKQHNYEKAVEFINTQIRKTPTILQNQILDSLVQGFCLNQKDPERGFSVLRDYLKIDGILPSSFTFCALISSFSRQGKMDRAIEVLEVMTDEKFKYPFDNFVFSTVISGFINAGNPELAVGFYQNAAKSTALQMNIVTYTCLLSAYCRLKIFKEVSELLNSIKKDGLSVDVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028433`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028433

位置 Chr06:41716074-41719247 (+)

描述 Similar to At5g57250: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g57250, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57250`	含五重复肽序列的蛋白 At5g57250，线粒体型。	暂无已核实直接文献
`At4g31850`	在稳定编码细胞色素 b6-f 复合物亚基的 petL 操纵子的初级多顺反子转录本中发挥作用。	PPR motifs of the nucleus-encoded factor, PGR3, function in the selective and distinct steps of chloroplast gene expression in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02035.x
`At1g19290`	推测含五肽重复的蛋白 At1g19290。	暂无已核实直接文献
`At3g06920`	含五重复肽序列的蛋白 At3g06920。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q76C99`	降低与细胞质雄性不育(CMS)相关的线粒体基因ORF79的表达，该基因编码一种细胞毒性肽。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028433 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0032544 plastid translation 生物过程

GO:0043489 RNA stabilization 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19290

ath:AT4G31850

ath:AT5G57250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.828

排名 1 · LXL04_028433 · OH-1004

质体0.078

排名 2 · LXL04_028433 · OH-1004

细胞核0.053

排名 3 · LXL04_028433 · OH-1004

细胞质0.034

排名 4 · LXL04_028433 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_028433 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N27-208 aa

PF10037.16MRP-S27119-186 aa

PF12854.14PPR_1145-178 aa

PF13041.13PPR_2149-199 aa

PF01535.27PPR152-180 aa

PF13812.13PPR_3218-263 aa

PF13041.13PPR_2223-260 aa

PF01535.27PPR225-255 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028433	`PF29070.1`	MSC6_N	27	208	7.7e-31	108.3
LXL04_028433	`PF10037.16`	MRP-S27	119	186	7.4e-14	52.2
LXL04_028433	`PF12854.14`	PPR_1	145	178	1.8e-120	393.0
LXL04_028433	`PF13041.13`	PPR_2	149	199	1.6e-128	419.4
LXL04_028433	`PF01535.27`	PPR	152	180	1.5e-104	335.9
LXL04_028433	`PF13812.13`	PPR_3	218	263	3.4e-57	191.1
LXL04_028433	`PF13041.13`	PPR_2	223	260	1.6e-128	419.4
LXL04_028433	`PF01535.27`	PPR	225	255	1.5e-104	335.9
LXL04_028433	`PF13041.13`	PPR_2	258	305	1.6e-128	419.4
LXL04_028433	`PF17177.11`	PPR_long	274	371	8.2e-32	111.0
LXL04_028433	`PF13812.13`	PPR_3	283	339	3.4e-57	191.1
LXL04_028433	`PF23276.3`	TPR_24	284	336	2.4e-40	138.2
LXL04_028433	`PF29070.1`	MSC6_N	287	442	7.7e-31	108.3
LXL04_028433	`PF12854.14`	PPR_1	290	317	1.8e-120	393.0
LXL04_028433	`PF13041.13`	PPR_2	293	341	1.6e-128	419.4
LXL04_028433	`PF01535.27`	PPR	295	325	1.5e-104	335.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVD3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g57250, mitochondrial	38.049%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SZ52`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g31850, chloroplastic	24.269%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LN69`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g19290	27.107%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M907`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06920	22.868%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q76C99`	水稻	Protein Rf1, mitochondrial	26.148%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情