LXL04_028376 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028376

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 39373679-39377142 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2232 bp · LXL04_028376|LXL04_028376|OH1004|cDNA

ATGAATGCTTGTTCATCTCTTCCTGTGTTTACAGATAAAGAAATCGAGAAAGGATCTCAATCTATGGAGCTGCAAATCGATGCCGATGGCACACCACCGCTGTCGGTGCTTGCTACTGCAAAGCTTGCAGCTGTTTCTCTGACCGTCAATCGTACATTCTCCTCCCCCTCTCCGCCCGTTCTTGTCCTAACCAACGGGCTGAAGTTACGTGGAACAAATGTACTTCTCAAGTATCTTGGTCGTACATCAACAGCCATTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2232 bp · LXL04_028376|LXL04_028376|OH1004|CDS

ATGAATGCTTGTTCATCTCTTCCTGTGTTTACAGATAAAGAAATCGAGAAAGGATCTCAATCTATGGAGCTGCAAATCGATGCCGATGGCACACCACCGCTGTCGGTGCTTGCTACTGCAAAGCTTGCAGCTGTTTCTCTGACCGTCAATCGTACATTCTCCTCCCCCTCTCCGCCCGTTCTTGTCCTAACCAACGGGCTGAAGTTACGTGGAACAAATGTACTTCTCAAGTATCTTGGTCGTACATCAACAGCCATTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

743 aa · LXL04_028376|LXL04_028376|OH1004|PROTEIN

MNACSSLPVFTDKEIEKGSQSMELQIDADGTPPLSVLATAKLAAVSLTVNRTFSSPSPPVLVLTNGLKLRGTNVLLKYLGRTSTAIPNLYQRDAYETGQIDEWLEYAPIFSSGSEYEGACKYVDGYLLHRTFLVGHSLSVADITIWSYLAGAGKRWESLMKSKKYQNLTRWYTTISTEHAAVLNELTSTLSKKKDSSNPISSTKQKDDSNQKHIPNGSVSSNRPEVDLPHAEMGKVCLRFAPEPSGYLHIGHSKAALMNQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028376`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028376

位置 Chr06:39373679-39377142 (-)

描述 Similar to At5g26710: Glutamate--tRNA ligase, cytoplasmic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g26710`	催化谷氨酸与 tRNA(Glu) 的连接反应，分两步进行：首先 ATP 激活谷氨酸形成 Glu-AMP，然后转移到 tRNA(Glu) 的受体末端。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028376 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0006418 tRNA aminoacylation for protein translation 生物过程

GO:0006424 glutamyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0006431 methionyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0006433 prolyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

GO:0032869 cellular response to insulin stimulus 生物过程

GO:0048608 reproductive structure development 生物过程

GO:0071346 cellular response to type II interferon 生物过程

GO:0140212 regulation of long-chain fatty acid import into cell 生物过程

GO:1901194 negative regulation of formation of translation preinitiation complex 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G26710

hsa:2058

mmu:107508

sce:YGL245W

spo:2542408

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.543

排名 1 · LXL04_028376 · OH-1004

细胞核0.386

排名 2 · LXL04_028376 · OH-1004

线粒体0.195

排名 3 · LXL04_028376 · OH-1004

过氧化物酶体0.033

排名 4 · LXL04_028376 · OH-1004

质体0.026

排名 5 · LXL04_028376 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00749.28tRNA-synt_1c235-539 aa

PF03950.24tRNA-synt_1c_C542-631 aa

PF20974.3tRNA-synt_1c_C2646-719 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028376	`PF00749.28`	tRNA-synt_1c	235	539	5e-102	341.7
LXL04_028376	`PF03950.24`	tRNA-synt_1c_C	542	631	1.8e-17	64.0
LXL04_028376	`PF20974.3`	tRNA-synt_1c_C2	646	719	4.4e-14	53.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82462`	拟南芥	Glutamate--tRNA ligase, cytoplasmic	69.209%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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