LXL04_028315 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028315

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 37416085-37427491 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3099 bp · LXL04_028315|LXL04_028315|OH1004|cDNA

ATGGCAATTGTGTTGGTCTATGTAGATGACTTGATCATCACGGGGGACGATGAACGAGAAATCTATCAAATAAGAGAAAATCTATCGGTGCGCTTCCAAATGAAAGAGCTTGGAGAGCTTAAACACTTCTTAGGACTAGAAGTTGATCACACAAAAGAAGGGTTGTTTCTTTGCCAACAAAAGTATATAAGAGATATATTTCAGAAGTTTGGTATGTTGGAGTGCAAGCCAGTCTCAACGCCGATAGAGCCAAATGCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3099 bp · LXL04_028315|LXL04_028315|OH1004|CDS

ATGGCAATTGTGTTGGTCTATGTAGATGACTTGATCATCACGGGGGACGATGAACGAGAAATCTATCAAATAAGAGAAAATCTATCGGTGCGCTTCCAAATGAAAGAGCTTGGAGAGCTTAAACACTTCTTAGGACTAGAAGTTGATCACACAAAAGAAGGGTTGTTTCTTTGCCAACAAAAGTATATAAGAGATATATTTCAGAAGTTTGGTATGTTGGAGTGCAAGCCAGTCTCAACGCCGATAGAGCCAAATGCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1032 aa · LXL04_028315|LXL04_028315|OH1004|PROTEIN

MAIVLVYVDDLIITGDDEREIYQIRENLSVRFQMKELGELKHFLGLEVDHTKEGLFLCQQKYIRDIFQKFGMLECKPVSTPIEPNAKICAYEGKELDDGTMYRQLVGSLIYLTLSRPDISYAVGVMSRYMQSPKKPHLDAARRILRYIKGIIDYGLLYKREEDCKLVGYCDADYAGDHDTRRSTTGYVFKLGSGPISWCSKRQPTVSLSTTEAEYRAAAVAAQESTWLVLLMKDLHQKIDYAVPLYCDNESAIRLAENPV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028315`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028315

位置 Chr06:37416085-37427491 (+)

描述 Similar to At3g15890: PTI1-like tyrosine-protein kinase At3g15890

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g15890`	PTI1样酪氨酸蛋白激酶 At3g15890。	暂无已核实直接文献
`At3g24550`	富脯氨酸受体样蛋白激酶 PERK1。	暂无已核实直接文献
`At3g24400`	富脯氨酸受体样蛋白激酶 PERK2。	暂无已核实直接文献
`At1g68690`	可能参与根生长的负调控。	暂无已核实直接文献
`At3g24540`	富脯氨酸受体样蛋白激酶 PERK3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028315 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004715 non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0019901 protein kinase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G68690

ath:AT3G15890

ath:AT3G24550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.534

排名 1 · LXL04_028315 · OH-1004

细胞质0.266

排名 2 · LXL04_028315 · OH-1004

细胞核0.207

排名 3 · LXL04_028315 · OH-1004

内质网0.063

排名 4 · LXL04_028315 · OH-1004

质体0.048

排名 5 · LXL04_028315 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07727.20RVT_23-83 aa

PF27655.2GDU_TM409-448 aa

PF00069.32Pkinase579-847 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr581-849 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028315	`PF07727.20`	RVT_2	3	83	9.3e-19	68.7
LXL04_028315	`PF27655.2`	GDU_TM	409	448	2.8e-21	75.8
LXL04_028315	`PF00069.32`	Pkinase	579	847	1.4e-40	140.1
LXL04_028315	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	581	849	1.5e-42	146.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSC2`	拟南芥	PTI1-like tyrosine-protein kinase At3g15890	53.667%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LV48`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK1	48.797%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LK03`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK2	45.210%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SX31`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK9	48.966%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q1PEM5`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK3	47.766%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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