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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_028255
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 35978299-35981073 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2775 bp · LXL04_028255|LXL04_028255|OH1004|cDNA

ATGGCTTCAATAAAATGCTGTGTTCATTTAGACAGTTATGATGCGAAGAAACTTAACTCCGTTTTGCAGTTCTCAGATCGAGCTTTGATCTTTTCCTTTAATGGTGTAAATAACAACCCCTTCGGTAAGTTAAAGCAAGTTAGGGTTTCTAAGTTAGATACTGAGTTTTCAGATGTTTTACAATCGAATAATGTTGACAGACCTTTGGATTTAAGTAATGAGAATGTAGTTTCACGAAGCCCTAAATTATACGGGGAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2775 bp · LXL04_028255|LXL04_028255|OH1004|CDS

ATGGCTTCAATAAAATGCTGTGTTCATTTAGACAGTTATGATGCGAAGAAACTTAACTCCGTTTTGCAGTTCTCAGATCGAGCTTTGATCTTTTCCTTTAATGGTGTAAATAACAACCCCTTCGGTAAGTTAAAGCAAGTTAGGGTTTCTAAGTTAGATACTGAGTTTTCAGATGTTTTACAATCGAATAATGTTGACAGACCTTTGGATTTAAGTAATGAGAATGTAGTTTCACGAAGCCCTAAATTATACGGGGAGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

924 aa · LXL04_028255|LXL04_028255|OH1004|PROTEIN

MASIKCCVHLDSYDAKKLNSVLQFSDRALIFSFNGVNNNPFGKLKQVRVSKLDTEFSDVLQSNNVDRPLDLSNENVVSRSPKLYGEFRKGKKRSIWKRLDGMRNVAKTSNVMHNSTNESEKQQEIMSDHEIGNVDVLFRNDNAFYENLSSNGLESSLHHCNLILEKLENSNRDDEVLKFFKWMRINGTLKHNTNAYKLALRVLGRRQDWEEAERLIQEMQTESSCQLTFQIFNTLIFACHKRGLVTAGRKWFQMMLNKQI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_028255
TK1151 IDTkA07G134350
OH-1004 IDLXL04_028255
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 85.482 / OH-1004 85.498
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_028255
位置Chr06:35978299-35981073 (-)
描述Similar to At4g30825: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30825, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g30825 含五重复肽的蛋白At4g30825，叶绿体。 暂无已核实直接文献
At4g31850 在稳定编码细胞色素 b6-f 复合物亚基的 petL 操纵子的初级多顺反子转录本中发挥作用。
PPR motifs of the nucleus-encoded factor, PGR3, function in the selective and distinct steps of chloroplast gene expression in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02035.x
At5g02860 含五肽重复的蛋白 At5g02860。 暂无已核实直接文献
At3g06920 含五重复肽序列的蛋白 At3g06920。 暂无已核实直接文献
At1g74850 参与质体基因表达。
pTAC2, -6, and -12 are components of the transcriptionally active plastid chromosome that are required for plastid gene expression.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.036392

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028255 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006412 translation 生物过程
GO:0032544 plastid translation 生物过程
GO:0043489 RNA stabilization 生物过程
GO:0005675 transcription factor TFIIH holo complex 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G30825
ath:AT4G31850
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.524
排名 1 · LXL04_028255 · OH-1004
质体0.314
排名 2 · LXL04_028255 · OH-1004
细胞核0.069
排名 3 · LXL04_028255 · OH-1004
细胞质0.029
排名 4 · LXL04_028255 · OH-1004
细胞膜0.009
排名 5 · LXL04_028255 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long193-350 aa
PF13041.13PPR_2231-272 aa
PF17177.11PPR_long285-414 aa
PF23276.3TPR_24300-393 aa
PF23276.3TPR_24305-428 aa
PF29070.1MSC6_N326-428 aa
PF01535.27PPR336-364 aa
PF13812.13PPR_3339-380 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_028255PF17177.11PPR_long1933504.5e-32111.9
LXL04_028255PF13041.13PPR_22312721.2e-81269.3
LXL04_028255PF17177.11PPR_long2854144.5e-32111.9
LXL04_028255PF23276.3TPR_243003933.1e-37128.2
LXL04_028255PF23276.3TPR_243054283.1e-37128.2
LXL04_028255PF29070.1MSC6_N3264283.3e-2176.6
LXL04_028255PF01535.27PPR3363643.4e-83269.0
LXL04_028255PF13812.13PPR_33393801.6e-50169.7
LXL04_028255PF13041.13PPR_23664121.2e-81269.3
LXL04_028255PF01535.27PPR3693983.4e-83269.0
LXL04_028255PF12854.14PPR_13984292.3e-52175.1
LXL04_028255PF01535.27PPR4044333.4e-83269.0
LXL04_028255PF29070.1MSC6_N5777413.3e-2176.6
LXL04_028255PF17177.11PPR_long6718174.5e-32111.9
LXL04_028255PF13812.13PPR_36797311.6e-50169.7
LXL04_028255PF13041.13PPR_26847291.2e-81269.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O65567拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30825, chloroplastic54.797%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SZ52拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g31850, chloroplastic23.231%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LYZ9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0286023.223%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9M907拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0692020.201%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9S7Q2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic27.778%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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