LXL04_028234 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028234

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 35366469-35370758 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1395 bp · LXL04_028234|LXL04_028234|OH1004|cDNA

atgacagctaatctattgcaggttcgcaagatgctgtctcgcaagttAAAAGGGTTGCCGGAGAATCTTAAAATCCCGATGACTATCGGAGCTGGTTCGGAGAAAATGAATCTATCTGTGAAGGAATCAGTGATGGTCAAACCATCCAAACCAACGCCGACTCAGCGACTATGGAACTCGAATCTCGATTTAATCGTGGGTCGGATCCATTTATTGACCATTTACTTTTACAGGTCAAATGGGTCCTCGAACTTCTTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1395 bp · LXL04_028234|LXL04_028234|OH1004|CDS

ATGACAGCTAATCTATTGCAGGTTCGCAAGATGCTGTCTCGCAAGTTAAAAGGGTTGCCGGAGAATCTTAAAATCCCGATGACTATCGGAGCTGGTTCGGAGAAAATGAATCTATCTGTGAAGGAATCAGTGATGGTCAAACCATCCAAACCAACGCCGACTCAGCGACTATGGAACTCGAATCTCGATTTAATCGTGGGTCGGATCCATTTATTGACCATTTACTTTTACAGGTCAAATGGGTCCTCGAACTTCTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

464 aa · LXL04_028234|LXL04_028234|OH1004|PROTEIN

MTANLLQVRKMLSRKLKGLPENLKIPMTIGAGSEKMNLSVKESVMVKPSKPTPTQRLWNSNLDLIVGRIHLLTIYFYRSNGSSNFFDSVVLKQALSDVLCSFYPMAGRLGSDGDGRVEIDCNGKGVLFVEAEADFTIDDFGEITPSPELRRLAPTVDYSGDISSYPLFITQVTRFKCGGVSLGCGVHHTLSDGFSSLHFINTWSDIARGLSIKIPPFNDRTLLRARDPPTPMFDHIEYHPPPLLITRAENHKPTPSTTIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028234`
TK1151 ID	TkA07G132540
OH-1004 ID	LXL04_028234
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 94.397 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028234

位置 Chr06:35366469-35370758 (-)

描述 Similar to HST: Shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48930`	参与木质素生物合成的酰基转移酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0500700`	羟基肉桂酰基转移酶，催化从对羟基肉桂酰辅酶A向各种酰基受体的酰基转移。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028234 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0009820 alkaloid metabolic process 生物过程

GO:0009963 positive regulation of flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016747 acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups 分子功能

GO:0047172 shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase activity 分子功能

GO:0047205 quinate O-hydroxycinnamoyltransferase activity 分子功能

GO:0050266 rosmarinate synthase activity 分子功能

GO:0050734 hydroxycinnamoyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:QDC27803

ath:AT5G48930

dosa:Os04g0500700

nta:107796658

osa:4336306

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.563

排名 1 · LXL04_028234 · OH-1004

细胞核0.215

排名 2 · LXL04_028234 · OH-1004

质体0.156

排名 3 · LXL04_028234 · OH-1004

内质网0.122

排名 4 · LXL04_028234 · OH-1004

过氧化物酶体0.079

排名 5 · LXL04_028234 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02458.21Transferase37-461 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028234	`PF02458.21`	Transferase	37	461	6.2e-111	371.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FI78`	拟南芥	Shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase	56.481%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JBZ8`	水稻	Hydroxycinnamoyltransferase 1	54.299%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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