LXL04_027935 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027935

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 27111385-27117414 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3720 bp · LXL04_027935|LXL04_027935|OH1004|cDNA

ATGAGTTCTCCGACCCAGTCGCCGGAGAAATCCATGGATGAAGAGAgtaaaaagaagaagaaaaagtcGATAATGATAATTTTCCGGTATGCAGATTGGTATGACAAATTGTTGATAGTTTTGGGCACACTTGGAGCAATTGGAGATGGGATGTCTACAAATGTTTTATTGGTTTTTGTTAGTCGCCTTTTTAATCATTTGGGTTATGGAAAAGGtgttcaacaaaacccagaaAATTTTATGCACGAAATTGAAAAGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

3720 bp · LXL04_027935|LXL04_027935|OH1004|CDS

ATGAGTTCTCCGACCCAGTCGCCGGAGAAATCCATGGATGAAGAGAGTAAAAAGAAGAAGAAAAAGTCGATAATGATAATTTTCCGGTATGCAGATTGGTATGACAAATTGTTGATAGTTTTGGGCACACTTGGAGCAATTGGAGATGGGATGTCTACAAATGTTTTATTGGTTTTTGTTAGTCGCCTTTTTAATCATTTGGGTTATGGAAAAGGTGTTCAACAAAACCCAGAAAATTTTATGCACGAAATTGAAAAGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1239 aa · LXL04_027935|LXL04_027935|OH1004|PROTEIN

MSSPTQSPEKSMDEESKKKKKKSIMIIFRYADWYDKLLIVLGTLGAIGDGMSTNVLLVFVSRLFNHLGYGKGVQQNPENFMHEIEKCSLAFVYIGLGVMVMAFMEGYCWSKISERQVLKIRYKYLEAILRQEVGFFDSQEATTSEIINSISKDTSLLQEVLSEKVPKFLMYSSMFLSGLAFCTYFSWRMALVAFPTTIFLIIPGLIYGKYLLFLSKKSFQEYSKANSIVEQALASIKTVYSFTAEKMIVKKYSMILDRTT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027935`
TK1151 ID	TkA07G106960
OH-1004 ID	LXL04_027935
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 55.529 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027935

位置 Chr06:27111385-27117414 (+)

描述 Similar to ABCB8: Putative ABC transporter B family member 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g30875`	推测的 ABC 转运蛋白 B 家族成员 8。	暂无已核实直接文献
`At3g28345`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 15。	暂无已核实直接文献
`At3g28390`	ABC转运蛋白B家族成员18。	暂无已核实直接文献
`At3g28380`	ABC转运蛋白B家族成员17。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0190300`	推测的多药耐药蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027935 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0042626 ATPase-coupled transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G28345

ath:AT3G28390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.530

排名 1 · LXL04_027935 · OH-1004

溶酶体／液泡0.182

排名 2 · LXL04_027935 · OH-1004

内质网0.144

排名 3 · LXL04_027935 · OH-1004

细胞质0.131

排名 4 · LXL04_027935 · OH-1004

高尔基体0.063

排名 5 · LXL04_027935 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664.29ABC_membrane42-311 aa

PF00005.34ABC_tran384-533 aa

PF02463.26SMC_N417-575 aa

PF00664.29ABC_membrane675-943 aa

PF02463.26SMC_N776-1209 aa

PF00005.34ABC_tran1019-1167 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027935	`PF00664.29`	ABC_membrane	42	311	2.9e-93	313.2
LXL04_027935	`PF00005.34`	ABC_tran	384	533	8.9e-63	211.7
LXL04_027935	`PF02463.26`	SMC_N	417	575	1.3e-12	48.4
LXL04_027935	`PF00664.29`	ABC_membrane	675	943	2.9e-93	313.2
LXL04_027935	`PF02463.26`	SMC_N	776	1209	1.3e-12	48.4
LXL04_027935	`PF00005.34`	ABC_tran	1019	1167	8.9e-63	211.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHK4`	拟南芥	Putative ABC transporter B family member 8	63.205%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LHD1`	拟南芥	ABC transporter B family member 15	51.882%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LSJ5`	拟南芥	ABC transporter B family member 18	50.896%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LSJ6`	拟南芥	ABC transporter B family member 17	49.960%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6YUU5`	水稻	Putative multidrug resistance protein	54.967%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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