LXL04_027924 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027924

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 26673287-26676538 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2124 bp · LXL04_027924|LXL04_027924|OH1004|cDNA

ATGGGTGGCAAGATGGTAACCATCATAGCCATTACAACCTACCTatctttctactccatttcaCCCCCACCAAAATCCCACTACCACTCCCTCTTCCTATCCACGTCACTCTCCGACAACACCTCCATATCAAACCACCTCTTCACCCTCACCCGCCGCCCCCACCTCGCCGGAACTCAAGTCAACGAAGAAGCCGCCACCTACGTCCTATCAACTCTCTCATCTAACAACATCAAATCACACCTATCGGAATACGAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2124 bp · LXL04_027924|LXL04_027924|OH1004|CDS

ATGGGTGGCAAGATGGTAACCATCATAGCCATTACAACCTACCTATCTTTCTACTCCATTTCACCCCCACCAAAATCCCACTACCACTCCCTCTTCCTATCCACGTCACTCTCCGACAACACCTCCATATCAAACCACCTCTTCACCCTCACCCGCCGCCCCCACCTCGCCGGAACTCAAGTCAACGAAGAAGCCGCCACCTACGTCCTATCAACTCTCTCATCTAACAACATCAAATCACACCTATCGGAATACGAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

707 aa · LXL04_027924|LXL04_027924|OH1004|PROTEIN

MGGKMVTIIAITTYLSFYSISPPPKSHYHSLFLSTSLSDNTSISNHLFTLTRRPHLAGTQVNEEAATYVLSTLSSNNIKSHLSEYEVLLTYPDSRSLTLTRPAPDPLVTFTLSQETYDGDPYADVADQVEPTFHAYAKSGTVKGHVAYVNYGRVEDYKTIEDLGINLTGAIVVARYGEIYRGDIVENAYHAGAIGVLIYTDRKDYGGGGGGWFPEEKWMPPSGVQVGTVFNGAGDPSTPGWPSSVEGCERLSEDDVEKGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027924`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027924

位置 Chr06:26673287-26676538 (-)

描述 Similar to LAMP1: Probable glutamate carboxypeptidase LAMP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19740`	与AMP1关联作用，在不依赖细胞分裂素信号通路的情况下抑制芽顶分生组织（SAM）中异位干细胞利基的形成。	暂无已核实直接文献
`At3g54720`	可能调节一种或多种在调节分生组织功能中发挥作用的小信号分子的水平。	A comparative analysis of the Arabidopsis mutant amp1-1 and a novel weak amp1 allele reveals new functions of the AMP1 protein.2007 · DOI: 10.1007/s00425-006-0395-9 AMP1 and MP antagonistically regulate embryo and meristem development in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1242/dev.006759 ALTERED MERISTEM PROGRAM 1 is involved in development of seed dormancy in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0020408 Arabidopsis ALTERED MERISTEM PROGRAM 1 negatively modulates plant responses to abscisic acid and dehydration stress.2013 · DOI: 10.1016/j.plaphy.2013.03.016 The glutamate carboxypeptidase AMP1 mediates abscisic acid and abiotic stress responses in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/nph.12275 ALTERED MERISTEM PROGRAM1 has conflicting effects on the tolerance to heat shock and symptom development after Pseudomonas syringae infection.2016 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2016.10.025

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0790600`	参与侧器官形成的规律计时。	PLASTOCHRON3/GOLIATH encodes a glutamate carboxypeptidase required for proper development in rice.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03841.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027924 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0010074 maintenance of meristem identity 生物过程

GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程

GO:0010080 regulation of floral meristem growth 生物过程

GO:0010081 regulation of inflorescence meristem growth 生物过程

GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G54720

ath:AT5G19740

dosa:Os03g0790600

hsa:10003

zma:100147738

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.516

排名 1 · LXL04_027924 · OH-1004

细胞外0.185

排名 2 · LXL04_027924 · OH-1004

内质网0.149

排名 3 · LXL04_027924 · OH-1004

细胞质0.118

排名 4 · LXL04_027924 · OH-1004

细胞膜0.063

排名 5 · LXL04_027924 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02225.28PA146-225 aa

PF04389.23Peptidase_M28324-512 aa

PF04253.21TFR_dimer575-702 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027924	`PF02225.28`	PA	146	225	6.1e-08	33.4
LXL04_027924	`PF04389.23`	Peptidase_M28	324	512	1.1e-24	88.0
LXL04_027924	`PF04253.21`	TFR_dimer	575	702	1.8e-34	119.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7Y228`	拟南芥	Probable glutamate carboxypeptidase LAMP1	64.088%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M1S8`	拟南芥	Probable glutamate carboxypeptidase AMP1	41.365%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q852M4`	水稻	Probable glutamate carboxypeptidase PLA3	42.398%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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