LXL04_027906 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027906

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 26285909-26289766 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1395 bp · LXL04_027906|LXL04_027906|OH1004|cDNA

ATGTTAGGGTACTTGGTTTTAGCCAACTTGGAAACTCGAAATCCTACAAATCGCCCAGAAAGCTACGATCTTCTTTTCACCGCCGTCTCAGCTGTGACTGTGTCTAGCATGACCACAGTTGAGATGGAGGTTTTCTCGAATACCCAACTCTTTTGTTTGGCTATTTTGATGCTTTTGGGCGGAGAAGTTTTCACCTCGATGCTTGAACTTCAAGTCCAGAAATTTAAGTTGTTCGAAAAGATCAAAAGACATGCCACCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1395 bp · LXL04_027906|LXL04_027906|OH1004|CDS

ATGTTAGGGTACTTGGTTTTAGCCAACTTGGAAACTCGAAATCCTACAAATCGCCCAGAAAGCTACGATCTTCTTTTCACCGCCGTCTCAGCTGTGACTGTGTCTAGCATGACCACAGTTGAGATGGAGGTTTTCTCGAATACCCAACTCTTTTGTTTGGCTATTTTGATGCTTTTGGGCGGAGAAGTTTTCACCTCGATGCTTGAACTTCAAGTCCAGAAATTTAAGTTGTTCGAAAAGATCAAAAGACATGCCACCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

464 aa · LXL04_027906|LXL04_027906|OH1004|PROTEIN

MLGYLVLANLETRNPTNRPESYDLLFTAVSAVTVSSMTTVEMEVFSNTQLFCLAILMLLGGEVFTSMLELQVQKFKLFEKIKRHATSNAKIENGSVPSNTNVDLKYNSIKFLGVIAFGYFLIVQVSGFLLVSLYVGIVSSAKEVLTHKKLNVQVFSIVTTISTFTNCGFLPTNENMMVFRKNLGLLVILIPLSLLGNTLYPVFLRLVLLFFGKMSSKEELKYVLDNETELGYHHLLSGVHCWYLALTSVGFLVIQFVVFV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027906`
TK1151 ID	TkA07G103490
OH-1004 ID	LXL04_027906
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 45.905 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027906

位置 Chr06:26285909-26289766 (-)

描述 Similar to HKT1: Sodium transporter HKT1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10310`	钠转运蛋白，在植物耐盐性中发挥核心作用。	The Arabidopsis HKT1 gene homolog mediates inward Na(+) currents in xenopus laevis oocytes and Na(+) uptake in Saccharomyces cerevisiae.2000 · DOI: 10.1104/pp.122.4.1249 AtHKT1 is a salt tolerance determinant that controls Na(+) entry into plant roots.2001 · DOI: 10.1073/pnas.241501798 Glycine residues in potassium channel-like selectivity filters determine potassium selectivity in four-loop-per-subunit HKT transporters from plants.2002 · DOI: 10.1073/pnas.082123799 Altered shoot/root Na+ distribution and bifurcating salt sensitivity in Arabidopsis by genetic disruption of the Na+ transporter AtHKT1.2002 · DOI: 10.1016/s0014-5793(02)03488-9 Functional analysis of AtHKT1 in Arabidopsis shows that Na(+) recirculation by the phloem is crucial for salt tolerance.2003 · DOI: 10.1093/emboj/cdg207 AtHKT1 facilitates Na+ homeostasis and K+ nutrition in planta.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.042234 Microarray-based rapid cloning of an ion accumulation deletion mutant in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0404780101

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0701700`	似乎参与钾-钠稳态的调节。	Two types of HKT transporters with different properties of Na+ and K+ transport in Oryza sativa.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01077.x Glycine residues in potassium channel-like selectivity filters determine potassium selectivity in four-loop-per-subunit HKT transporters from plants.2002 · DOI: 10.1073/pnas.082123799 Sodium transport and HKT transporters: the rice model.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01764.x Rice OsHKT2;1 transporter mediates large Na+ influx component into K+-starved roots for growth.2007 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601732 Diversity in expression patterns and functional properties in the rice HKT transporter family.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.138008 A role for the OsHKT 2;1 sodium transporter in potassium use efficiency in rice.2020 · DOI: 10.1093/jxb/erz113
`UniProt: A2YGP9`	似乎参与钾-钠稳态的调节。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q93XI5`	似乎参与钾-钠稳态的调节。	暂无已核实直接文献
`Os02g0175000`	具有高选择性钠转运蛋白的功能。	Diversity in expression patterns and functional properties in the rice HKT transporter family.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.138008 Identification of rice cornichon as a possible cargo receptor for the Golgi-localized sodium transporter OsHKT1;3.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv069

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027906 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006813 potassium ion transport 生物过程

GO:0006814 sodium ion transport 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0035725 sodium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0055075 potassium ion homeostasis 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0008324 monoatomic cation transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0015079 potassium ion transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G10310

dosa:Os02g0175000

dosa:Os06g0701700

osa:4328468

osa:4341971

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.716

排名 1 · LXL04_027906 · OH-1004

内质网0.141

排名 2 · LXL04_027906 · OH-1004

细胞质0.100

排名 3 · LXL04_027906 · OH-1004

溶酶体／液泡0.072

排名 4 · LXL04_027906 · OH-1004

线粒体0.051

排名 5 · LXL04_027906 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02386.23TrkH19-312 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027906	`PF02386.23`	TrkH	19	312	3.1e-28	99.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84TI7`	拟南芥	Sodium transporter HKT1	40.758%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0D9S3`	水稻	Cation transporter HKT2;1	35.650%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2YGP9`	水稻	Cation transporter HKT2;1	35.650%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q93XI5`	水稻	Cation transporter HKT2;2	34.978%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6H501`	水稻	Cation transporter HKT1;3	38.673%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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