LXL04_027886 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027886

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 25666482-25683227 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4404 bp · LXL04_027886|LXL04_027886|OH1004|cDNA

ATGGCTCGTGTGTTCATTCTTCTGGCTCTCTTTTTCTCCGTGGCAATGGCAGCTGACCATAGCCCCCTTCAAGACTTCTGTGTTGCAGACATGAACAGTCAAGTTACGGTGAACGGATTCACTTGCAAAAACCCGAATATGGTTCAAGGCAACGACTTCTACTTTAGTGGACTACACATGATGGGAAATACCTCGAACTTCCTTGGGTCTAGGGTGACCCCGGTTTTTGTTACACAATTGGCAGGACTTAACACTTTGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

4404 bp · LXL04_027886|LXL04_027886|OH1004|CDS

ATGGCTCGTGTGTTCATTCTTCTGGCTCTCTTTTTCTCCGTGGCAATGGCAGCTGACCATAGCCCCCTTCAAGACTTCTGTGTTGCAGACATGAACAGTCAAGTTACGGTGAACGGATTCACTTGCAAAAACCCGAATATGGTTCAAGGCAACGACTTCTACTTTAGTGGACTACACATGATGGGAAATACCTCGAACTTCCTTGGGTCTAGGGTGACCCCGGTTTTTGTTACACAATTGGCAGGACTTAACACTTTGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1467 aa · LXL04_027886|LXL04_027886|OH1004|PROTEIN

MARVFILLALFFSVAMAADHSPLQDFCVADMNSQVTVNGFTCKNPNMVQGNDFYFSGLHMMGNTSNFLGSRVTPVFVTQLAGLNTLGISMARIDYAPWGINPPHTHPRATEILTVLEGSLEVGFVTSNPENRHITKVLNKGDVFVFPVNLVHYQRNVGKTNVVAIAALSSQNPGVIPIANVVFGSKPDISTDILAKAFQASDDVVRDMQIKFDVYPSSRTQSTNLPWDKTAVYIHNISIINSLLSHPFDLSMARILILLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027886`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027886

位置 Chr06:25666482-25683227 (+)

描述 Similar to Os02g0491600: Putative germin-like protein 2-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39110`	可能在植物防御中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0491600`	可能在植物防御中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os02g0491700`	可能在植物防御中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os02g0491800`	可能在植物防御中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os08g0189100`	在广谱抗病性中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027886 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0030145 manganese ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os02g0491600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.551

排名 1 · LXL04_027886 · OH-1004

溶酶体／液泡0.304

排名 2 · LXL04_027886 · OH-1004

细胞核0.173

排名 3 · LXL04_027886 · OH-1004

内质网0.118

排名 4 · LXL04_027886 · OH-1004

细胞外0.107

排名 5 · LXL04_027886 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00190.29Cupin_160-205 aa

PF07883.18Cupin_293-165 aa

PF00190.29Cupin_1311-455 aa

PF07883.18Cupin_2344-416 aa

PF00190.29Cupin_1562-706 aa

PF07883.18Cupin_2595-667 aa

PF00190.29Cupin_1813-957 aa

PF07883.18Cupin_2846-918 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027886	`PF00190.29`	Cupin_1	60	205	2.7e-285	933.4
LXL04_027886	`PF07883.18`	Cupin_2	93	165	1.4e-63	211.2
LXL04_027886	`PF00190.29`	Cupin_1	311	455	2.7e-285	933.4
LXL04_027886	`PF07883.18`	Cupin_2	344	416	1.4e-63	211.2
LXL04_027886	`PF00190.29`	Cupin_1	562	706	2.7e-285	933.4
LXL04_027886	`PF07883.18`	Cupin_2	595	667	1.4e-63	211.2
LXL04_027886	`PF00190.29`	Cupin_1	813	957	2.7e-285	933.4
LXL04_027886	`PF07883.18`	Cupin_2	846	918	1.4e-63	211.2
LXL04_027886	`PF00190.29`	Cupin_1	1064	1208	2.7e-285	933.4
LXL04_027886	`PF07883.18`	Cupin_2	1097	1169	1.4e-63	211.2
LXL04_027886	`PF00190.29`	Cupin_1	1315	1458	2.7e-285	933.4
LXL04_027886	`PF07883.18`	Cupin_2	1348	1420	1.4e-63	211.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FID0`	拟南芥	Germin-like protein subfamily 1 member 14	59.633%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6K5Q0`	水稻	Putative germin-like protein 2-1	67.943%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6K5P9`	水稻	Putative germin-like protein 2-2	65.116%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6K5P8`	水稻	Putative germin-like protein 2-3	69.036%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6YZA9`	水稻	Germin-like protein 8-2	65.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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