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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_027873
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 25340258-25341727 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

990 bp · LXL04_027873|LXL04_027873|OH1004|cDNA

ATGACTCCGATTTACTTAAACTCCATGTCTAATGATCAGTACAATGAACACCAATTCTTTAGCCCTGATCCACACATGGAGCACCAGTTCTTGAGCCCTAATTCTCAAGCTTCTTCGTCTTCCAACTCTCTCACCTGCCATCTTTTCTTCAACCCTAATGATCAAGATGCTCTTTTTGATAGAGAATCACATCCATCACAACTTGAGGGAGATAACTTCGGATCACAAGCATTCAATGATCTTCACATAGAGAATCGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

990 bp · LXL04_027873|LXL04_027873|OH1004|CDS

ATGACTCCGATTTACTTAAACTCCATGTCTAATGATCAGTACAATGAACACCAATTCTTTAGCCCTGATCCACACATGGAGCACCAGTTCTTGAGCCCTAATTCTCAAGCTTCTTCGTCTTCCAACTCTCTCACCTGCCATCTTTTCTTCAACCCTAATGATCAAGATGCTCTTTTTGATAGAGAATCACATCCATCACAACTTGAGGGAGATAACTTCGGATCACAAGCATTCAATGATCTTCACATAGAGAATCGAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

329 aa · LXL04_027873|LXL04_027873|OH1004|PROTEIN

MTPIYLNSMSNDQYNEHQFFSPDPHMEHQFLSPNSQASSSSNSLTCHLFFNPNDQDALFDRESHPSQLEGDNFGSQAFNDLHIENRDDGDKNIGGLKFSLWKSETYDHMNDDNQVKWMSSKMRVMLKMKKSDPTKLNTLRSPSSTELKLDQDHQDHKELASSPLMEENANSNSFNSTSSNNNMAIPVRVCSDCNTTKTPLWRSGPRGPKSLCNACGIRQRKARKAMAMAETGKIAFDDDKPTSLKATKVLNKDHKKPNNG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_027873
TK1151 IDTkA07G099330
OH-1004 IDLXL04_027873
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_027873
位置Chr06:25340258-25341727 (+)
描述Similar to GATA22: Putative GATA transcription factor 22
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g26150 转录调控蛋白，特异性结合基因启动子中的 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 基序。
The GATA-type transcription factors GNC and GNL/CGA1 repress gibberellin signaling downstream from DELLA proteins and PHYTOCHROME-INTERACTING FACTORS.2010 · DOI: 10.1101/gad.594910
Ectopic expression of different cytokinin-regulated transcription factor genes of Arabidopsis thaliana alters plant growth and development.2011 · DOI: 10.1016/j.jplph.2011.02.006
GNC and CGA1 modulate chlorophyll biosynthesis and glutamate synthase (GLU1/Fd-GOGAT) expression in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0026765
Functional characterization of the GATA transcription factors GNC and CGA1 reveals their key role in chloroplast development, growth, and division in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.198705
Cross-repressive interactions between SOC1 and the GATAs GNC and GNL/CGA1 in the control of greening, cold tolerance, and flowering time in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.219238
Convergence of auxin and gibberellin signaling on the regulation of the GATA transcription factors GNC and GNL in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1304250110
At5g56860 转录调控蛋白，特异性结合基因启动子中的 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 基序。 暂无已核实直接文献
At5g49300 转录调控蛋白，特异性结合基因启动子中的 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 基序。 暂无已核实直接文献
At5g26930 转录调控蛋白，特异性结合基因启动子中的 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 基序。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0220400 转录调控因子，能够特异性结合基因启动子中 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 序列（通过相似性推测）。
Rice cytokinin GATA transcription Factor1 regulates chloroplast development and plant architecture.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.217265
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027873 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0007623 circadian rhythm 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009646 response to absence of light 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009735 response to cytokinin 生物过程
GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009739 response to gibberellin 生物过程
GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G26150
ath:AT5G26930
ath:AT5G49300
ath:AT5G56860
dosa:Os02g0220400
osa:4328751
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.964
排名 1 · LXL04_027873 · OH-1004
细胞质0.102
排名 2 · LXL04_027873 · OH-1004
细胞膜0.028
排名 3 · LXL04_027873 · OH-1004
内质网0.019
排名 4 · LXL04_027873 · OH-1004
质体0.011
排名 5 · LXL04_027873 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00320.34GATA190-224 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_027873PF00320.34GATA1902245.4e-1761.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SZI6拟南芥Putative GATA transcription factor 2238.793%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q5HZ36拟南芥GATA transcription factor 2143.750%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FJ10拟南芥GATA transcription factor 1632.022%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8LC59拟南芥GATA transcription factor 2371.795%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q6YW48水稻Protein CYTOKININ-RESPONSIVE GATA TRANSCRIPTION FACTOR 143.810%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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