LXL04_027868 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027868

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 25076337-25079206 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1530 bp · LXL04_027868|LXL04_027868|OH1004|cDNA

ATGGAAGAAGCTTCGTCGCCATTGTCGCAACCCAAAAAGAGAGGAAGGCCGAAGGGCTCCAAGAAGATCGCCACTGAAGACAGAGAATTTTCAAGTCCGAAGATGAGAGACAGAGGTACAGCTGCCGGGAACAAGAAGGCTGCCGTTGTTGACGATAAGTACAATAACTGGAAGTTTGTTGTTCCCATTCTTTACGACTGGCTTGCTAATCACAACCTCGTTTGGCCTTCTCTCTCCTGCCGGTATGTATATTTTCAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1530 bp · LXL04_027868|LXL04_027868|OH1004|CDS

ATGGAAGAAGCTTCGTCGCCATTGTCGCAACCCAAAAAGAGAGGAAGGCCGAAGGGCTCCAAGAAGATCGCCACTGAAGACAGAGAATTTTCAAGTCCGAAGATGAGAGACAGAGGTACAGCTGCCGGGAACAAGAAGGCTGCCGTTGTTGACGATAAGTACAATAACTGGAAGTTTGTTGTTCCCATTCTTTACGACTGGCTTGCTAATCACAACCTCGTTTGGCCTTCTCTCTCCTGCCGGTATGTATATTTTCAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

509 aa · LXL04_027868|LXL04_027868|OH1004|PROTEIN

MEEASSPLSQPKKRGRPKGSKKIATEDREFSSPKMRDRGTAAGNKKAAVVDDKYNNWKFVVPILYDWLANHNLVWPSLSCRYVYFQIYTRLDPNASGVRCWNNRRTKVDNACIFRNRQETDGSVPNTLVIATCDVVKPKVAAAEHISQFNEEARSPFVKKYKTIIHPGEVNRIRELPQNKNIVATHTDCPEVLIWDIEAQPNRYAVLGAAESHADLILTGHADNAEFALAMCPSEPYVLSGGKDKLVVLWSIHDHISSLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027868`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027868

位置 Chr06:25076337-25079206 (+)

描述 Similar to MSI4: WD-40 repeat-containing protein MSI4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19520`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	Regulation of flowering time by FVE, a retinoblastoma-associated protein.2004 · DOI: 10.1038/ng1295 A genetic link between cold responses and flowering time through FVE in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1038/ng1298
`At4g29730`	核心组蛋白结合亚基，可能以由核小体 DNA 调控的方式，将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白去乙酰化酶靶向其组蛋白底物（通过相似性）。	Arabidopsis PWWP domain proteins mediate H3K27 trimethylation on FLC and regulate flowering time.2018 · DOI: 10.1111/jipb.12630
`At2g16780`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027868 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程

GO:0006335 DNA replication-dependent chromatin assembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16780

ath:AT2G19520

ath:AT4G29730

ddi:DDB_G0282529

mmu:19646

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.548

排名 1 · LXL04_027868 · OH-1004

细胞质0.442

排名 2 · LXL04_027868 · OH-1004

细胞膜0.066

排名 3 · LXL04_027868 · OH-1004

溶酶体／液泡0.044

排名 4 · LXL04_027868 · OH-1004

高尔基体0.043

排名 5 · LXL04_027868 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12265.15CAF1C_H4-bd52-88 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz168-324 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1183-367 aa

PF23419.3WD40_RFWD3255-398 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd272-415 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5282-417 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz284-356 aa

PF00400.39WD40284-320 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027868	`PF12265.15`	CAF1C_H4-bd	52	88	1.5e-09	38.7
LXL04_027868	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	168	324	8.6e-28	98.2
LXL04_027868	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	183	367	2.2e-14	54.0
LXL04_027868	`PF23419.3`	WD40_RFWD3	255	398	7e-06	26.3
LXL04_027868	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	272	415	5.3e-10	39.6
LXL04_027868	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	282	417	7.4e-24	85.3
LXL04_027868	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	284	356	8.6e-28	98.2
LXL04_027868	`PF00400.39`	WD40	284	320	1.6e-25	89.1
LXL04_027868	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	286	367	2.5e-26	93.0
LXL04_027868	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	287	365	6e-17	62.7
LXL04_027868	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	287	367	1.8e-11	44.5
LXL04_027868	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	290	423	4.6e-07	30.3
LXL04_027868	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	291	365	5e-11	43.2
LXL04_027868	`PF29037.1`	DSE1_N	291	418	3.2e-07	30.5
LXL04_027868	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	303	439	1.1e-16	61.8
LXL04_027868	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	313	421	8.6e-28	98.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22607`	拟南芥	WD-40 repeat-containing protein MSI4	64.300%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SU78`	拟南芥	WD-40 repeat-containing protein MSI5	57.558%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22468`	拟南芥	WD-40 repeat-containing protein MSI2	30.023%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情