LXL04_027617 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027617

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 20387743-20393642 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3666 bp · LXL04_027617|LXL04_027617|OH1004|cDNA

ATGAAGTCCGAAGCAGCAGCAAAGGTTTCAGGGAGGCATAGAATGACGCCGCACCTACCCAACAATCCCGACTATGAGCCGTTAAGGGAGCTTTTCAGCCACCATATTCATTCATTCGACCACTTCATCGAGTATGGTTTAGAGAAGGCGCTTATGAACATCAAGCCCATCGAGGTCGTGGATTCTAACACCGAGTTGAAGCTAAGAAATATCCTTTTACTTGTCTTCTTAAACTTTTGTTGGCTTCTTATTGACTGCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3666 bp · LXL04_027617|LXL04_027617|OH1004|CDS

ATGAAGTCCGAAGCAGCAGCAAAGGTTTCAGGGAGGCATAGAATGACGCCGCACCTACCCAACAATCCCGACTATGAGCCGTTAAGGGAGCTTTTCAGCCACCATATTCATTCATTCGACCACTTCATCGAGTATGGTTTAGAGAAGGCGCTTATGAACATCAAGCCCATCGAGGTCGTGGATTCTAACACCGAGTTGAAGCTAAGAAATATCCTTTTACTTGTCTTCTTAAACTTTTGTTGGCTTCTTATTGACTGCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1221 aa · LXL04_027617|LXL04_027617|OH1004|PROTEIN

MKSEAAAKVSGRHRMTPHLPNNPDYEPLRELFSHHIHSFDHFIEYGLEKALMNIKPIEVVDSNTELKLRNILLLVFLNFCWLLIDCILYNLNYYVKFCYILDHILLWFEKPELYPPQKDRLSRTLRESLYPYECRHAKISYTGKFLVDVCFKYGDGPGGAVIREKINFGQLPVMLKSKLCHLKGADHQKLVSCKEEPSEMGGYFILNGLERVVRLLVVPKRNYPTSMERSAFKNRREGFTDKAVVIRCVREDQSAVTVNL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027617`
TK1151 ID	TkA07G078970
OH-1004 ID	LXL04_027617
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 85.831 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027617

位置 Chr06:20387743-20393642 (+)

描述 Similar to NRPA2: DNA-directed RNA polymerase I subunit 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g29940`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027617 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006361 transcription initiation at RNA polymerase I promoter 生物过程

GO:0006362 transcription elongation by RNA polymerase I 生物过程

GO:0006363 termination of RNA polymerase I transcription 生物过程

GO:0009303 rRNA transcription 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0017126 nucleologenesis 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0042790 nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I 生物过程

GO:0001650 fibrillar center 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G29940

hsa:84172

mmu:20017

pon:100171727

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.919

排名 1 · LXL04_027617 · OH-1004

细胞质0.072

排名 2 · LXL04_027617 · OH-1004

线粒体0.038

排名 3 · LXL04_027617 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 4 · LXL04_027617 · OH-1004

内质网0.012

排名 5 · LXL04_027617 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04563.21RNA_pol_Rpb2_131-452 aa

PF04561.20RNA_pol_Rpb2_2241-418 aa

PF04565.22RNA_pol_Rpb2_3506-569 aa

PF06883.18RNA_pol_Rpa2_4623-680 aa

PF00562.34RNA_pol_Rpb2_6738-1104 aa

PF04560.26RNA_pol_Rpb2_71106-1214 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027617	`PF04563.21`	RNA_pol_Rpb2_1	31	452	2.9e-30	106.0
LXL04_027617	`PF04561.20`	RNA_pol_Rpb2_2	241	418	1.2e-11	45.3
LXL04_027617	`PF04565.22`	RNA_pol_Rpb2_3	506	569	6.7e-27	94.2
LXL04_027617	`PF06883.18`	RNA_pol_Rpa2_4	623	680	1.1e-18	67.6
LXL04_027617	`PF00562.34`	RNA_pol_Rpb2_6	738	1104	4.6e-121	405.2
LXL04_027617	`PF04560.26`	RNA_pol_Rpb2_7	1106	1214	2.4e-21	76.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I366`	拟南芥	DNA-directed RNA polymerase I subunit 2	64.959%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情