LXL04_027604 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027604

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 19973708-19982325 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5817 bp · LXL04_027604|LXL04_027604|OH1004|cDNA

ATGATGGAAGAAAATCCAAATCCTGCTGTTTTAGAAGGGAAGATTACGGGGATTAGCTTTTCATTGGCCACGCAACAAGAAATTTGCTTGGCTTCAATTAGTGATTGCCCCATTAGCCATGCAAGCCAGCTTTCAAACCCCTTTCTTGGACTTCCTCTAGAAGTTGGGAAGTGTGAATCTTGTGGTACAGCTGAACCAGGCAAATGTGAAGGTCATTTCGGGTATATAGAGTTGCCAATTCCAATATATCATCCGTCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

5817 bp · LXL04_027604|LXL04_027604|OH1004|CDS

ATGATGGAAGAAAATCCAAATCCTGCTGTTTTAGAAGGGAAGATTACGGGGATTAGCTTTTCATTGGCCACGCAACAAGAAATTTGCTTGGCTTCAATTAGTGATTGCCCCATTAGCCATGCAAGCCAGCTTTCAAACCCCTTTCTTGGACTTCCTCTAGAAGTTGGGAAGTGTGAATCTTGTGGTACAGCTGAACCAGGCAAATGTGAAGGTCATTTCGGGTATATAGAGTTGCCAATTCCAATATATCATCCGTCTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1938 aa · LXL04_027604|LXL04_027604|OH1004|PROTEIN

MMEENPNPAVLEGKITGISFSLATQQEICLASISDCPISHASQLSNPFLGLPLEVGKCESCGTAEPGKCEGHFGYIELPIPIYHPSHLTELKRILSLICLKCLKFKNRRLQNKNSGMLERVLTVCCDEAACVTISEEKKEDGASYLQLKVPSKTCKDGLWDFLDRYGYRYGHGHKRPLLPSEVLVMLKKISESTKKKLAGRGCYFQEGYIMQHLPIPPNCLSTPDVSDGMNVMSSDISMTMLKKVLRQVEIIKSSRSGSP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027604`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027604

位置 Chr06:19973708-19982325 (+)

描述 Similar to NRPE1: DNA-directed RNA polymerase V subunit 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g40030`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	Atypical RNA polymerase subunits required for RNA-directed DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/ng1580 Reinforcement of silencing at transposons and highly repeated sequences requires the concerted action of two distinct RNA polymerases IV in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1101/gad.348405 The Arabidopsis chromatin-modifying nuclear siRNA pathway involves a nucleolar RNA processing center.2006 · DOI: 10.1016/j.cell.2006.05.031 PolIVb influences RNA-directed DNA methylation independently of its role in siRNA biogenesis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0709632105 NRPD1a and NRPD1b are required to maintain post-transcriptional RNA silencing and RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03525.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027604 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006369 termination of RNA polymerase II transcription 生物过程

GO:0006370 7-methylguanosine mRNA capping 生物过程

GO:0019985 translesion synthesis 生物过程

GO:0030422 siRNA processing 生物过程

GO:0030643 intracellular phosphate ion homeostasis 生物过程

GO:0033120 positive regulation of RNA splicing 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ago:AGOS_ADR086C

ath:AT2G40030

bta:282312

hsa:5430

spo:2540292

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.675

排名 1 · LXL04_027604 · OH-1004

细胞质0.278

排名 2 · LXL04_027604 · OH-1004

细胞膜0.073

排名 3 · LXL04_027604 · OH-1004

内质网0.055

排名 4 · LXL04_027604 · OH-1004

线粒体0.047

排名 5 · LXL04_027604 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04997.18RNA_pol_Rpb1_148-289 aa

PF00623.26RNA_pol_Rpb1_2324-477 aa

PF04983.24RNA_pol_Rpb1_3482-626 aa

PF04998.23RNA_pol_Rpb1_5754-1173 aa

PF11523.14DUF32231735-1809 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027604	`PF04997.18`	RNA_pol_Rpb1_1	48	289	5.5e-14	52.9
LXL04_027604	`PF00623.26`	RNA_pol_Rpb1_2	324	477	1e-35	124.1
LXL04_027604	`PF04983.24`	RNA_pol_Rpb1_3	482	626	3e-06	27.9
LXL04_027604	`PF04998.23`	RNA_pol_Rpb1_5	754	1173	3.7e-11	43.7
LXL04_027604	`PF11523.14`	DUF3223	1735	1809	6.4e-27	94.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5D869`	拟南芥	DNA-directed RNA polymerase V subunit 1	47.653%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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