LXL04_027589 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027589

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 19542648-19544793 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1698 bp · LXL04_027589|LXL04_027589|OH1004|cDNA

ATGGCATCTTGTGGTGGTTGGAGCTTCCTTTCCGGCAGCCTGCTTCTatttctttttgggtttatATCGTTGCTTTCTATTCACGGGGAAGCTGCTACCAAGAAGTATCAGTTTGATGTACAAGTGAGCAACGTGAGCCGACTATGCCATGCAAAACCGATAGTGACAGTAAATGGAAGATTTCCAGGGCCTACCATTTACGCTCGAGAAGGGGATAGACTTATCATTAATGTCTCAAATCATGCACAATATAACATGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1698 bp · LXL04_027589|LXL04_027589|OH1004|CDS

ATGGCATCTTGTGGTGGTTGGAGCTTCCTTTCCGGCAGCCTGCTTCTATTTCTTTTTGGGTTTATATCGTTGCTTTCTATTCACGGGGAAGCTGCTACCAAGAAGTATCAGTTTGATGTACAAGTGAGCAACGTGAGCCGACTATGCCATGCAAAACCGATAGTGACAGTAAATGGAAGATTTCCAGGGCCTACCATTTACGCTCGAGAAGGGGATAGACTTATCATTAATGTCTCAAATCATGCACAATATAACATGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

565 aa · LXL04_027589|LXL04_027589|OH1004|PROTEIN

MASCGGWSFLSGSLLLFLFGFISLLSIHGEAATKKYQFDVQVSNVSRLCHAKPIVTVNGRFPGPTIYAREGDRLIINVSNHAQYNMSIHWHGLKQYANGWADGPAYITQCPIQTGNSYVYDFNVTGQRGTLWWHAHIFWLRATVYGAIVILPQQGTPYPFPKPDGEQVLVFGEWWHGDVEEIVKQGNAMGLPPNMSDAHTINGKPGPLFPCSEKHTFAMEVEQGKKYLLRIANAALNDELFFAVSGHNMTVVEIDAVYTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027589`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027589

位置 Chr06:19542648-19544793 (+)

描述 Similar to LAC11: Laccase-11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g03260`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`At2g38080`	木质素降解和木质素衍生产物的解毒（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At5g58910`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0634500`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`Os11g0708100`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027589 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0046274 lignin catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0005507 copper ion binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0052716 hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38080

ath:AT5G03260

ath:AT5G58910

osa:107276614

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.815

排名 1 · LXL04_027589 · OH-1004

细胞膜0.066

排名 2 · LXL04_027589 · OH-1004

细胞质0.055

排名 3 · LXL04_027589 · OH-1004

内质网0.044

排名 4 · LXL04_027589 · OH-1004

溶酶体／液泡0.030

排名 5 · LXL04_027589 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07732.22Cu-oxidase_340-154 aa

PF00394.29Cu-oxidase167-315 aa

PF07731.21Cu-oxidase_2414-547 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027589	`PF07732.22`	Cu-oxidase_3	40	154	8.5e-44	149.2
LXL04_027589	`PF00394.29`	Cu-oxidase	167	315	5.2e-44	150.8
LXL04_027589	`PF07731.21`	Cu-oxidase_2	414	547	5.8e-48	162.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZA1`	拟南芥	Laccase-11	76.311%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80434`	拟南芥	Laccase-4	59.928%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q1PDH6`	拟南芥	Laccase-16	57.371%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RYM9`	水稻	Laccase-2	72.659%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0IQU1`	水稻	Laccase-22	57.734%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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