LXL04_027476 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027476

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 16780471-16783711 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1050 bp · LXL04_027476|LXL04_027476|OH1004|cDNA

ATGGACGCTCTAAGGAAGCAAGCAAGTAAGCTTAGAGATCAAGTTGCCAAACAACAACAGGCTGTGATTAAGCAATTCAGTGCAAGTGGCTATGAACATTCAGATGTGGTGGTTATTGATGAGATGGAGATGCAAAGACACCAGCAGTTAGAGAAGCTCTACAGATCAACTCGTTCAGGAAAGGAATTTCAAAGAGAACTGGTTAAAGCAGCAGAAGCTTTTACATCCATAGGATACAAGCATATAGAAGCAGGAACCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1050 bp · LXL04_027476|LXL04_027476|OH1004|CDS

ATGGACGCTCTAAGGAAGCAAGCAAGTAAGCTTAGAGATCAAGTTGCCAAACAACAACAGGCTGTGATTAAGCAATTCAGTGCAAGTGGCTATGAACATTCAGATGTGGTGGTTATTGATGAGATGGAGATGCAAAGACACCAGCAGTTAGAGAAGCTCTACAGATCAACTCGTTCAGGAAAGGAATTTCAAAGAGAACTGGTTAAAGCAGCAGAAGCTTTTACATCCATAGGATACAAGCATATAGAAGCAGGAACCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

349 aa · LXL04_027476|LXL04_027476|OH1004|PROTEIN

MDALRKQASKLRDQVAKQQQAVIKQFSASGYEHSDVVVIDEMEMQRHQQLEKLYRSTRSGKEFQRELVKAAEAFTSIGYKHIEAGTKLSEDCYKYGLENANDEILAKATSIYGDARKHVEKEQEDFTRLLFTQILEPLRAMISGAPLEDARHLAQRYSKMRQEAETQATEVSRRQARVREAPIPENVTKLHAAEARMQELKANMAVLGKEATAALAAVESQQQRLTFQRLVSMVEGERTYHERVAAILHQIEAEMVSDKQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027476`
TK1151 ID	TkA07G060750
OH-1004 ID	LXL04_027476
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027476

位置 Chr06:16780471-16783711 (-)

描述 Similar to SH3P3: SH3 domain-containing protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g18060`	可能参与将 DRP2A 招募到辅助蛋白复合体中，并负向调节其 GTP 酶活性。	暂无已核实直接文献
`At4g34660`	可能调节自噬体的形成或成熟。	A BAR-domain protein SH3P2, which binds to phosphatidylinositol 3-phosphate and ATG8, regulates autophagosome formation in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.118307 SH3 Domain-Containing Protein 2 Plays a Crucial Role at the Step of Membrane Tubulation during Cell Plate Formation.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00108
`At1g31440`	脂质结合蛋白与磷脂酸、磷脂酰肌醇-4-磷酸和磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸强烈结合。	Role of SH3 domain-containing proteins in clathrin-mediated vesicle trafficking in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010279

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027476 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009920 cell plate formation involved in plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0072583 clathrin-dependent endocytosis 生物过程

GO:1903527 positive regulation of membrane tubulation 生物过程

GO:0000421 autophagosome membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005770 late endosome 细胞组分

GO:0005776 autophagosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31440

ath:AT4G18060

ath:AT4G34660

hsa:115677

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.670

排名 1 · LXL04_027476 · OH-1004

细胞膜0.292

排名 2 · LXL04_027476 · OH-1004

细胞核0.172

排名 3 · LXL04_027476 · OH-1004

高尔基体0.101

排名 4 · LXL04_027476 · OH-1004

溶酶体／液泡0.052

排名 5 · LXL04_027476 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00018.35SH3_1284-329 aa

PF07653.24SH3_2284-333 aa

PF14604.13SH3_9285-333 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027476	`PF00018.35`	SH3_1	284	329	4.6e-08	33.3
LXL04_027476	`PF07653.24`	SH3_2	284	333	4.3e-06	27.0
LXL04_027476	`PF14604.13`	SH3_9	285	333	6.6e-09	36.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7W0`	拟南芥	SH3 domain-containing protein 3	75.072%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VWF1`	拟南芥	SH3 domain-containing protein 2	52.893%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C865`	拟南芥	SH3 domain-containing protein 1	45.221%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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