LXL04_027158 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027158

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 9807327-9808457 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1131 bp · LXL04_027158|LXL04_027158|OH1004|cDNA

ATGTCTACCATTTCTCGCATCTTCCGCTCCTTCTCCACTTCCGTCTCCACCCCACCGGCGAAATCGATCTACGAAGACCTCTACAAGGAACGGAATCTCAAAAGAGTAGTAGAGAAATTCAAAAAAGCATCGGAATCGCATTTGTTCCGTAAACAAGCGAATGTTTACGGCAGCACAGTCCGCCGCCTCGCTTCCGCCAAGAAATTCAAATGGGTGGAGGAGATTCTCGAGGACCAGAAACAGTATCATGAGATTTCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1131 bp · LXL04_027158|LXL04_027158|OH1004|CDS

ATGTCTACCATTTCTCGCATCTTCCGCTCCTTCTCCACTTCCGTCTCCACCCCACCGGCGAAATCGATCTACGAAGACCTCTACAAGGAACGGAATCTCAAAAGAGTAGTAGAGAAATTCAAAAAAGCATCGGAATCGCATTTGTTCCGTAAACAAGCGAATGTTTACGGCAGCACAGTCCGCCGCCTCGCTTCCGCCAAGAAATTCAAATGGGTGGAGGAGATTCTCGAGGACCAGAAACAGTATCATGAGATTTCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

376 aa · LXL04_027158|LXL04_027158|OH1004|PROTEIN

MSTISRIFRSFSTSVSTPPAKSIYEDLYKERNLKRVVEKFKKASESHLFRKQANVYGSTVRRLASAKKFKWVEEILEDQKQYHEISKEGFAVRLISLYGKSGMFDHASKVFDEMPERNCPQTIKSFNALLGACVNAKKFDKLEGFFRELPEKLSLKPDIVSYNTAIKAFCDMGSFDSAATLFDEIEKNGMEPDLITFNTLLIGCYGNGRFLDGEKFLAKMMNTNLSPDIRTYNAKLVGLVSEKKLDEAIDIFNKLASKNL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027158`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027158

位置 Chr06:9807327-9808457 (-)

描述 Similar to At1g55890: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g55890, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g55890`	小核糖体亚单位蛋白 mS78 (rPPR3a)。	暂无已核实直接文献
`At3g13160`	小核糖体亚基蛋白 mS79 (rPPR3b)。	暂无已核实直接文献
`At3g13150`	含五肽重复序列的蛋白 At3g13150。	暂无已核实直接文献
`At2g18520`	含有五三基重复的蛋白 At2g18520，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At4g36680`	小核糖体亚基蛋白mL103（rPPR7）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027158 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55890

ath:AT2G18520

ath:AT3G13150

ath:AT3G13160

ath:AT4G36680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.873

排名 1 · LXL04_027158 · OH-1004

质体0.066

排名 2 · LXL04_027158 · OH-1004

细胞核0.048

排名 3 · LXL04_027158 · OH-1004

细胞质0.037

排名 4 · LXL04_027158 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_027158 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N3-183 aa

PF13041.13PPR_294-135 aa

PF01535.27PPR94-119 aa

PF13812.13PPR_394-135 aa

PF13812.13PPR_3153-207 aa

PF12854.14PPR_1155-185 aa

PF13041.13PPR_2157-204 aa

PF01535.27PPR160-189 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027158	`PF29070.1`	MSC6_N	3	183	2.8e-15	57.0
LXL04_027158	`PF13041.13`	PPR_2	94	135	1.6e-46	156.9
LXL04_027158	`PF01535.27`	PPR	94	119	4.5e-37	124.4
LXL04_027158	`PF13812.13`	PPR_3	94	135	3.4e-25	88.6
LXL04_027158	`PF13812.13`	PPR_3	153	207	3.4e-25	88.6
LXL04_027158	`PF12854.14`	PPR_1	155	185	7.4e-35	119.1
LXL04_027158	`PF13041.13`	PPR_2	157	204	1.6e-46	156.9
LXL04_027158	`PF01535.27`	PPR	160	189	4.5e-37	124.4
LXL04_027158	`PF17177.11`	PPR_long	190	279	3.5e-15	56.7
LXL04_027158	`PF13041.13`	PPR_2	195	236	1.6e-46	156.9
LXL04_027158	`PF13812.13`	PPR_3	217	276	3.4e-25	88.6
LXL04_027158	`PF13041.13`	PPR_2	227	276	1.6e-46	156.9
LXL04_027158	`PF23276.3`	TPR_24	248	353	3.8e-10	40.5
LXL04_027158	`PF12854.14`	PPR_1	258	284	7.4e-35	119.1
LXL04_027158	`PF13041.13`	PPR_2	262	311	1.6e-46	156.9
LXL04_027158	`PF01535.27`	PPR	265	289	4.5e-37	124.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LG23`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mS78 (rPPR3a)	48.111%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LK57`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mS79 (rPPR3b)	47.297%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LK58`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13150	41.765%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZU67`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g18520, mitochondrial	34.437%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M065`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mL103 (rPPR7)	33.887%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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