LXL04_027139 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027139

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 9506386-9509232 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2013 bp · LXL04_027139|LXL04_027139|OH1004|cDNA

ATGAAATCCATAGCATCGTTGCTGTTTTTTCTCCAGATAGTCATCAATGGTGTTCTTCTCAGGACAGCTCAATCTGCAGAATATGGCATCTACAAGTGCAGAAACACTGGCAATTTCACAAGCACCACATACCTAAAAGCCCTCGAAACCGCACTCGATTCGCTTCCCGGAAACGTCACAAACAACCGCGAATTCGTAAATTCGACTGCCGGCGAAAACACAGGTACTCAGGTAAATGCCGTCGCGTTGTGCCGCGGCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2013 bp · LXL04_027139|LXL04_027139|OH1004|CDS

ATGAAATCCATAGCATCGTTGCTGTTTTTTCTCCAGATAGTCATCAATGGTGTTCTTCTCAGGACAGCTCAATCTGCAGAATATGGCATCTACAAGTGCAGAAACACTGGCAATTTCACAAGCACCACATACCTAAAAGCCCTCGAAACCGCACTCGATTCGCTTCCCGGAAACGTCACAAACAACCGCGAATTCGTAAATTCGACTGCCGGCGAAAACACAGGTACTCAGGTAAATGCCGTCGCGTTGTGCCGCGGCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

670 aa · LXL04_027139|LXL04_027139|OH1004|PROTEIN

MKSIASLLFFLQIVINGVLLRTAQSAEYGIYKCRNTGNFTSTTYLKALETALDSLPGNVTNNREFVNSTAGENTGTQVNAVALCRGYIGWEACRTCVKNSIPLLRRECPNQKEAAAWYSDCMVRYSDRKILGVLDSWTSDNESTTARVANFDEFDTAFRNLTTRLQAEAAGGNSFLKLAVGDVTYGTDSLMIYAMMQCTPDLSKEQCSKCLNSTIVGIHDCCSGKVAGRVFFPNCFLRYANDKFYNDAISTPSPSPSGKN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027139`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027139

位置 Chr06:9506386-9509232 (-)

描述 Similar to CRK10: Cysteine-rich receptor-like protein kinase 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g23180`	富含半胱氨酸的受体样蛋白激酶 10。	暂无已核实直接文献
`At4g05200`	富含半胱氨酸的受体样蛋白激酶25。	暂无已核实直接文献
`At4g23190`	富半胱氨酸受体样蛋白激酶11。	暂无已核实直接文献
`At4g23270`	富含半胱氨酸的受体样蛋白激酶19。	暂无已核实直接文献
`At4g23280`	推测的富含半胱氨酸的受体样蛋白激酶20。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027139 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0012501 programmed cell death 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G05200

ath:AT4G23180

ath:AT4G23190

ath:AT4G23270

ath:AT4G23280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.895

排名 1 · LXL04_027139 · OH-1004

内质网0.071

排名 2 · LXL04_027139 · OH-1004

细胞质0.068

排名 3 · LXL04_027139 · OH-1004

细胞核0.037

排名 4 · LXL04_027139 · OH-1004

溶酶体／液泡0.022

排名 5 · LXL04_027139 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01657.23Stress-antifung32-127 aa

PF01657.23Stress-antifung149-241 aa

PF00069.32Pkinase351-618 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr352-619 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027139	`PF01657.23`	Stress-antifung	32	127	4.8e-34	117.7
LXL04_027139	`PF01657.23`	Stress-antifung	149	241	4.8e-34	117.7
LXL04_027139	`PF00069.32`	Pkinase	351	618	8.4e-47	160.5
LXL04_027139	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	352	619	2.3e-48	165.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GYA4`	拟南芥	Cysteine-rich receptor-like protein kinase 10	46.165%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M0X5`	拟南芥	Cysteine-rich receptor-like protein kinase 25	44.752%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZP16`	拟南芥	Cysteine-rich receptor-like protein kinase 11	45.075%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GWJ7`	拟南芥	Cysteine-rich receptor-like protein kinase 19	44.118%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O65479`	拟南芥	Putative cysteine-rich receptor-like protein kinase 20	46.117%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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