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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_027033
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 7474625-7477378 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1131 bp · LXL04_027033|LXL04_027033|OH1004|cDNA

atggAGGGAGATGGTGGAGGAGGGAGTTCATCATGTTTGATGAGTTTTGGAGACAACAACATCATTAGTAGCAGCAGCAATAGTAATAATACCAACGTTGGAGCACTGTGTCTTCCTCCGCCTCCTGTTGCATATaacaccaacaccaacaacaaTAACCTAGTTTTCACCTCTCAAGATCACCATCATCACCATAGTACCTGCGGCACTTCCAATTCTGCCATGATGCTTGAAAACAACACCATTAATGGCGGAGGGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1131 bp · LXL04_027033|LXL04_027033|OH1004|CDS

ATGGAGGGAGATGGTGGAGGAGGGAGTTCATCATGTTTGATGAGTTTTGGAGACAACAACATCATTAGTAGCAGCAGCAATAGTAATAATACCAACGTTGGAGCACTGTGTCTTCCTCCGCCTCCTGTTGCATATAACACCAACACCAACAACAATAACCTAGTTTTCACCTCTCAAGATCACCATCATCACCATAGTACCTGCGGCACTTCCAATTCTGCCATGATGCTTGAAAACAACACCATTAATGGCGGAGGGCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

376 aa · LXL04_027033|LXL04_027033|OH1004|PROTEIN

MEGDGGGGSSSCLMSFGDNNIISSSSNSNNTNVGALCLPPPPVAYNTNTNNNNLVFTSQDHHHHHSTCGTSNSAMMLENNTINGGGLTFMTSSSCSSSLKAKIMSHPHYPRLLSAYLNCQKIGAPPEVVERLEEACRASVVQAAMSSRSGSAGCETGTSDGGGGGGGGGMNMMIIGQDPALDQFMEAYCEMLIKYEQELSKPFKEAMLFLSRVESQFKAISISTSDSADGEGGMDKNGSSEEELDVNNNLVDPQAEDQEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_027033
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_027033
位置Chr06:7474625-7477378 (+)
描述Similar to STM: Homeobox protein SHOOT MERISTEMLESS
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g62360 胚胎发育期间，形成芽顶分生组织（SAM）所必需。 暂无已核实直接文献
At4g08150 可能在分生组织功能中发挥作用，并可能参与维持细胞处于未分化的分生组织状态，其表达在茎尖经历营养发育向生殖发育转变的同时消失。
ASYMMETRIC LEAVES1 reveals knox gene redundancy in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1242/dev.129.8.1957
Developmental regulation and significance of KNOX protein trafficking in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1242/dev.00618
A knotted1-like homeobox gene in Arabidopsis is expressed in the vegetative meristem and dramatically alters leaf morphology when overexpressed in transgenic plants.1994 · DOI: 10.1105/tpc.6.12.1859

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0129700 可能的转录因子，可能参与胚胎发育期间的芽形成。
Isolation and characterization of a rice homebox gene, OSH15.1998 · DOI: 10.1023/a:1006065622251
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027033 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001708 cell fate specification 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0009691 cytokinin biosynthetic process 生物过程
GO:0009888 tissue development 生物过程
GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程
GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程
GO:0010089 xylem development 生物过程
GO:0010497 plasmodesmata-mediated intercellular transport 生物过程
GO:0010582 floral meristem determinacy 生物过程
GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程
GO:0045165 cell fate commitment 生物过程
GO:0048440 carpel development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G62360
ath:AT4G08150
dosa:Os07g0129700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.979
排名 1 · LXL04_027033 · OH-1004
细胞质0.081
排名 2 · LXL04_027033 · OH-1004
细胞膜0.024
排名 3 · LXL04_027033 · OH-1004
内质网0.015
排名 4 · LXL04_027033 · OH-1004
质体0.010
排名 5 · LXL04_027033 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03790.19KNOX199-138 aa
PF03791.19KNOX2175-220 aa
PF03789.19ELK259-280 aa
PF05920.18Homeobox_KN299-338 aa
PF00046.36Homeodomain306-339 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_027033PF03790.19KNOX1991381.4e-2279.9
LXL04_027033PF03791.19KNOX21752201.9e-2176.0
LXL04_027033PF03789.19ELK2592802.6e-1143.8
LXL04_027033PF05920.18Homeobox_KN2993384.2e-1968.8
LXL04_027033PF00046.36Homeodomain3063396.3e-0729.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q38874拟南芥Homeobox protein SHOOT MERISTEMLESS70.724%Swiss-Prot强数据库同源证据
P46639拟南芥Homeobox protein knotted-1-like 155.957%Swiss-Prot强数据库同源证据
O80416水稻Homeobox protein knotted-1-like 1254.122%Swiss-Prot强数据库同源证据

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