LXL04_027023 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027023

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 7130519-7134369 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2076 bp · LXL04_027023|LXL04_027023|OH1004|cDNA

ATGGGAGGTGGAGGCGGCTCAATCGGAGGACCGATTGTACCGTCGGTGAAGTCTGGTCTGCCTGAGCCGTCAACGGAAATACCAGCTCCTGCTTCAATTCCGCCACATCCGTCGCATGCTCCGCCTTCGGATTTCGCGGCGGTAGAGGTGAAGCTCAAGGAGGAGGATCAAGAGTTGGCGGAGACGGATAAGGATATGTTATGTCCGATATGCATGCAGATAATCAAGGACGCCTTTTTGACATCATGTGGTCATAGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2076 bp · LXL04_027023|LXL04_027023|OH1004|CDS

ATGGGAGGTGGAGGCGGCTCAATCGGAGGACCGATTGTACCGTCGGTGAAGTCTGGTCTGCCTGAGCCGTCAACGGAAATACCAGCTCCTGCTTCAATTCCGCCACATCCGTCGCATGCTCCGCCTTCGGATTTCGCGGCGGTAGAGGTGAAGCTCAAGGAGGAGGATCAAGAGTTGGCGGAGACGGATAAGGATATGTTATGTCCGATATGCATGCAGATAATCAAGGACGCCTTTTTGACATCATGTGGTCATAGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

691 aa · LXL04_027023|LXL04_027023|OH1004|PROTEIN

MGGGGGSIGGPIVPSVKSGLPEPSTEIPAPASIPPHPSHAPPSDFAAVEVKLKEEDQELAETDKDMLCPICMQIIKDAFLTSCGHSFCYLCIVTHLQNKNDCPSCASYLTTNQIFPNFLLNKLLMKASARHIAQHSSPTEHLRQALQQGCDVSVKEVDILLVLLSEKKRKMEQEEAETNLQIMREFLHSLRKQKLEELNEIQNDLQYIKEDINAVERQRLELHRAREKYSVKLRMLSDDPHNVRSSWPSLMDKRNSSNMS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027023`
TK1151 ID	TkA07G025820
OH-1004 ID	LXL04_027023
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027023

位置 Chr06:7130519-7134369 (-)

描述 Similar to COP1: E3 ubiquitin-protein ligase COP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32950`	E3 泛素蛋白连接酶，作为光形态发生的阻遏物和黑暗中黄化的激活剂。	Two interacting bZIP proteins are direct targets of COP1-mediated control of light-dependent gene expression in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1101/gad.969702 Short Hypocotyl in White Light1 Interacts with Elongated Hypocotyl5 (HY5) and Constitutive Photomorphogenic1 (COP1) and Promotes COP1-Mediated Degradation of HY5 during Arabidopsis Seedling Development.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.01184 PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR8 Inhibits Phytochrome A-Mediated Far-Red Light Responses in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1105/tpc.19.00515 Role of a COP1 interactive protein in mediating light-regulated gene expression in arabidopsis.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.7.1083
`At3g15354`	光形态发生的阻遏物。	The SPA1-like proteins SPA3 and SPA4 repress photomorphogenesis in the light.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01813.x Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x Arabidopsis SPA proteins regulate photoperiodic flowering and interact with the floral inducer CONSTANS to regulate its stability.2006 · DOI: 10.1242/dev.02481

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027023 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009641 shade avoidance 生物过程

GO:0009647 skotomorphogenesis 生物过程

GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程

GO:0009963 positive regulation of flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G32950

ath:AT3G15354

hsa:64326

mmu:26374

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.593

排名 1 · LXL04_027023 · OH-1004

细胞质0.380

排名 2 · LXL04_027023 · OH-1004

溶酶体／液泡0.052

排名 3 · LXL04_027023 · OH-1004

细胞膜0.048

排名 4 · LXL04_027023 · OH-1004

高尔基体0.043

排名 5 · LXL04_027023 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13920.13zf-C3HC4_365-108 aa

PF13639.13zf-RING_267-105 aa

PF13923.13zf-C3HC4_268-105 aa

PF00097.32zf-C3HC468-105 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX68-103 aa

PF23389.2Beta-prop_WDR19_1st379-507 aa

PF24796.2WDR55385-628 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st386-512 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027023	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	65	108	8.5e-07	29.4
LXL04_027023	`PF13639.13`	zf-RING_2	67	105	2.9e-06	28.1
LXL04_027023	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	68	105	2.7e-11	43.8
LXL04_027023	`PF00097.32`	zf-C3HC4	68	105	6.8e-10	39.4
LXL04_027023	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	68	103	2.7e-06	28.0
LXL04_027023	`PF23389.2`	Beta-prop_WDR19_1st	379	507	6e-10	39.4
LXL04_027023	`PF24796.2`	WDR55	385	628	6.4e-17	62.2
LXL04_027023	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	386	512	8.2e-29	101.3
LXL04_027023	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	387	634	9.1e-34	117.8
LXL04_027023	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	388	499	7.4e-14	52.5
LXL04_027023	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	392	511	4.9e-14	53.0
LXL04_027023	`PF24805.2`	EIF3I	392	509	2.1e-11	44.3
LXL04_027023	`PF29037.1`	DSE1_N	398	512	2.7e-10	40.6
LXL04_027023	`PF24780.2`	WD40_MABP1-WDR62_1st	424	551	1.3e-09	38.5
LXL04_027023	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	435	507	1.9e-12	47.9
LXL04_027023	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	436	554	3.8e-33	115.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P43254`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase COP1	67.784%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LJR3`	拟南芥	Protein SPA1-RELATED 3	36.620%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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