LXL04_026901 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026901

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 4992609-4997537 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2250 bp · LXL04_026901|LXL04_026901|OH1004|cDNA

ATGGCTGGATCTCGATCGTCTACGACGCGCCTACTCTATACTCTACGTTCATCCATATATCCATCATCGAGATCACCATCACCAATCACTGCTCTCCTCCATCTCCACCGTCACTACGCCGCTGCACCAGCCGTGAGAGCGAAAGATGATAAGGAGCCATGGTGGAAGGAGTCGATGGAGAAAGTGAGAAATATCGGAATATCAGCTCATATTGATTCGGGAAAAACAACGCTTACGGAAAGGGTTTTGTTTTACACGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2250 bp · LXL04_026901|LXL04_026901|OH1004|CDS

ATGGCTGGATCTCGATCGTCTACGACGCGCCTACTCTATACTCTACGTTCATCCATATATCCATCATCGAGATCACCATCACCAATCACTGCTCTCCTCCATCTCCACCGTCACTACGCCGCTGCACCAGCCGTGAGAGCGAAAGATGATAAGGAGCCATGGTGGAAGGAGTCGATGGAGAAAGTGAGAAATATCGGAATATCAGCTCATATTGATTCGGGAAAAACAACGCTTACGGAAAGGGTTTTGTTTTACACGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

749 aa · LXL04_026901|LXL04_026901|OH1004|PROTEIN

MAGSRSSTTRLLYTLRSSIYPSSRSPSPITALLHLHRHYAAAPAVRAKDDKEPWWKESMEKVRNIGISAHIDSGKTTLTERVLFYTGRIHEIHEVRGKDGVGAKMDSMELEREKGITIQSAATYCTWKDYQVNIIDTPGHVDFTIEVERALRVLDGAILVLCSVGGVQSQSITVDRQMKRYEVPRVAFINKLDRMGADPWKVLNQARKKLRHHSAAVQMPIGLEEDFQGLVDLVQLKAYYFHGSSGEKVVTEEIPADLQA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026901`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026901

位置 Chr06:4992609-4997537 (-)

描述 Similar to MEFG2: Elongation factor G-2, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45030`	线粒体 GTP 酶，在翻译延伸过程中催化依赖 GTP 的核糖体转位步骤。	暂无已核实直接文献
`At1g45332`	线粒体 GTP 酶，在翻译延伸过程中催化依赖 GTP 的核糖体转位步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0565500`	线粒体 GTP 酶，在翻译延伸过程中催化依赖 GTP 的核糖体转位步骤。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026901 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0070125 mitochondrial translational elongation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003746 translation elongation factor activity 分子功能

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G45332

ath:AT2G45030

dosa:Os03g0565500

mxa:MXAN_2408

spo:2539776

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.900

排名 1 · LXL04_026901 · OH-1004

细胞质0.067

排名 2 · LXL04_026901 · OH-1004

质体0.047

排名 3 · LXL04_026901 · OH-1004

细胞核0.044

排名 4 · LXL04_026901 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 5 · LXL04_026901 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00009.34GTP_EFTU61-334 aa

PF22042.3EF-G_D2375-443 aa

PF03144.32GTP_EFTU_D2376-442 aa

PF14492.13EFG_III455-529 aa

PF16658.12RF3_C470-543 aa

PF03764.25EFG_IV530-650 aa

PF00679.31EFG_C654-739 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026901	`PF00009.34`	GTP_EFTU	61	334	1e-60	205.3
LXL04_026901	`PF22042.3`	EF-G_D2	375	443	3e-10	40.8
LXL04_026901	`PF03144.32`	GTP_EFTU_D2	376	442	2.1e-13	51.2
LXL04_026901	`PF14492.13`	EFG_III	455	529	1.6e-30	105.7
LXL04_026901	`PF16658.12`	RF3_C	470	543	4.9e-07	30.3
LXL04_026901	`PF03764.25`	EFG_IV	530	650	5.7e-39	133.4
LXL04_026901	`PF00679.31`	EFG_C	654	739	1.4e-26	93.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IW10`	拟南芥	Elongation factor G-2, mitochondrial	81.452%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C641`	拟南芥	Elongation factor G-1, mitochondrial	81.511%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FE64`	水稻	Elongation factor G, mitochondrial	79.073%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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