LXL04_026821 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026821

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 3405677-3407030 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1194 bp · LXL04_026821|LXL04_026821|OH1004|cDNA

ATGCTAGCTTTCTCCAACCATAACTTCACTCAAATATGCAAAATTCAAGCCTTCCTTTCTTCCCATTCATTGAAACAACATTCATTTACAAAATCAAACCTTCTAAAACCCCAAAATTTCCGGGTGGTATGTGCCGTCGGCGACCTAGGGCAAATGCAGAAAGTCGAAGACGAGAGACCGAAGATTAGGTGGGTTGAAATCAACCTTGCTGAAATCAACGAGGCGCAAAGGAATCATATATCTCGATTGCCGAAAGACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1194 bp · LXL04_026821|LXL04_026821|OH1004|CDS

ATGCTAGCTTTCTCCAACCATAACTTCACTCAAATATGCAAAATTCAAGCCTTCCTTTCTTCCCATTCATTGAAACAACATTCATTTACAAAATCAAACCTTCTAAAACCCCAAAATTTCCGGGTGGTATGTGCCGTCGGCGACCTAGGGCAAATGCAGAAAGTCGAAGACGAGAGACCGAAGATTAGGTGGGTTGAAATCAACCTTGCTGAAATCAACGAGGCGCAAAGGAATCATATATCTCGATTGCCGAAAGACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

397 aa · LXL04_026821|LXL04_026821|OH1004|PROTEIN

MLAFSNHNFTQICKIQAFLSSHSLKQHSFTKSNLLKPQNFRVVCAVGDLGQMQKVEDERPKIRWVEINLAEINEAQRNHISRLPKDMTNRCRALMKQLICFSPEKTSLSVLLAAWVRSMKPVRADWLVVLKELENMNHPLRLEVAELALLEESFEPNIRDYTKIIHGYAKQSRIQEAENTLQAMKNQGLECDQVTLTSLIHMYSKSGNFNLAKDTFEKMKLLPLPLDNRAYGSMVMAYIRAGMLQEGEALLQEMESQQVY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026821`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026821

位置 Chr06:3405677-3407030 (+)

描述 Similar to At1g01970: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g01970

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g01970`	含五聚重复序列蛋白 At1g01970。	暂无已核实直接文献
`At1g19525`	含五肽重复的蛋白 At1g19525。	暂无已核实直接文献
`At5g04810`	可能在质体核糖体生物发生中起作用。	暂无已核实直接文献
`At1g09820`	含五重复肽序列的蛋白At1g09820。	暂无已核实直接文献
`At5g39980`	含五聚肽重复的蛋白At5g39980，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026821 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009880 embryonic pattern specification 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01970

ath:AT5G04810

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.811

排名 1 · LXL04_026821 · OH-1004

线粒体0.143

排名 2 · LXL04_026821 · OH-1004

细胞核0.045

排名 3 · LXL04_026821 · OH-1004

细胞质0.018

排名 4 · LXL04_026821 · OH-1004

细胞膜0.008

排名 5 · LXL04_026821 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N149-277 aa

PF13812.13PPR_3153-189 aa

PF13041.13PPR_2156-201 aa

PF17177.11PPR_long172-279 aa

PF13812.13PPR_3181-220 aa

PF12854.14PPR_1188-220 aa

PF13041.13PPR_2192-234 aa

PF01535.27PPR194-220 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026821	`PF29070.1`	MSC6_N	149	277	9.6e-08	32.2
LXL04_026821	`PF13812.13`	PPR_3	153	189	2.2e-16	60.4
LXL04_026821	`PF13041.13`	PPR_2	156	201	9.5e-24	84.0
LXL04_026821	`PF17177.11`	PPR_long	172	279	8.6e-11	42.3
LXL04_026821	`PF13812.13`	PPR_3	181	220	2.2e-16	60.4
LXL04_026821	`PF12854.14`	PPR_1	188	220	1.3e-14	54.4
LXL04_026821	`PF13041.13`	PPR_2	192	234	9.5e-24	84.0
LXL04_026821	`PF01535.27`	PPR	194	220	4.7e-27	93.0
LXL04_026821	`PF01535.27`	PPR	230	257	4.7e-27	93.0
LXL04_026821	`PF13041.13`	PPR_2	296	341	9.5e-24	84.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LPC4`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g01970	53.213%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q940Z1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g19525	40.191%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0WMY5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g04810, chloroplastic	25.194%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O04504`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09820	21.607%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FLD8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39980, chloroplastic	23.577%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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