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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_026817
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 3377951-3380279 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1968 bp · LXL04_026817|LXL04_026817|OH1004|cDNA

ATGTGGCGATCGAAGGCAGTAGCAGCACGAACTGTTCGATCAGCTCACACGCAAGCTATCAGAGGACTCTCACATTCCAAATCATGTTCTCCACTATTGCATTCTAAGGTACATAAACCTCAAACCCTACCATCTTATCGACACCAAGAGAATTTCAGATCGAACACTATCAGATTCTTCAGTTCCAGCTCGACGGATTCAATTACTGATGTTGAAGCGAGTACCGGTAACAACACTGATGTGATTGACAAAAATGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1968 bp · LXL04_026817|LXL04_026817|OH1004|CDS

ATGTGGCGATCGAAGGCAGTAGCAGCACGAACTGTTCGATCAGCTCACACGCAAGCTATCAGAGGACTCTCACATTCCAAATCATGTTCTCCACTATTGCATTCTAAGGTACATAAACCTCAAACCCTACCATCTTATCGACACCAAGAGAATTTCAGATCGAACACTATCAGATTCTTCAGTTCCAGCTCGACGGATTCAATTACTGATGTTGAAGCGAGTACCGGTAACAACACTGATGTGATTGACAAAAATGAAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

655 aa · LXL04_026817|LXL04_026817|OH1004|PROTEIN

MWRSKAVAARTVRSAHTQAIRGLSHSKSCSPLLHSKVHKPQTLPSYRHQENFRSNTIRFFSSSSTDSITDVEASTGNNTDVIDKNENNDSFSIDEMWKDGIEEANSVLEMDASDSETKESVEVVNEETHEVDIDELNRVISLLKIRDGDSDATTVSLESKLNDMNLNLSEEFVVSVLEAPYLPTENLIAFFKWATASNNEEAFHVTTRSLEALVRGVCTELKKKVAYSLWDLIKEFGVKENSVVTTQMLNSLISLFSRLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_026817
TK1151 IDTkA07G009730
OH-1004 IDLXL04_026817
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)86.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.618 / OH-1004 32.672
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_026817
位置Chr06:3377951-3380279 (-)
描述Similar to At3g02650: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02650, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g02650 小核糖体亚基蛋白 mS80 (rPPR6)。 暂无已核实直接文献
At4g11690 含五聚肽重复的蛋白 At4g11690。 暂无已核实直接文献
At3g53700 可能参与雌配子体发育。 暂无已核实直接文献
At5g39710 含五重复肽序列蛋白 At5g39710。 暂无已核实直接文献
At5g46100 含重复的五肽核苷酸序列蛋白 At5g46100。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026817 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005840 ribosome 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G02650
ath:AT4G11690
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.800
排名 1 · LXL04_026817 · OH-1004
质体0.143
排名 2 · LXL04_026817 · OH-1004
细胞核0.072
排名 3 · LXL04_026817 · OH-1004
细胞质0.041
排名 4 · LXL04_026817 · OH-1004
细胞膜0.016
排名 5 · LXL04_026817 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N224-338 aa
PF13041.13PPR_2249-293 aa
PF17177.11PPR_long392-551 aa
PF12854.14PPR_1427-457 aa
PF13041.13PPR_2430-477 aa
PF01535.27PPR432-460 aa
PF13812.13PPR_3452-509 aa
PF12854.14PPR_1459-490 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_026817PF29070.1MSC6_N2243383.6e-1556.7
LXL04_026817PF13041.13PPR_22492933.8e-50168.5
LXL04_026817PF17177.11PPR_long3925514.9e-1556.2
LXL04_026817PF12854.14PPR_14274577.4e-31106.3
LXL04_026817PF13041.13PPR_24304773.8e-50168.5
LXL04_026817PF01535.27PPR4324607.4e-34114.3
LXL04_026817PF13812.13PPR_34525091.7e-2073.6
LXL04_026817PF12854.14PPR_14594907.4e-31106.3
LXL04_026817PF01535.27PPR4664967.4e-34114.3
LXL04_026817PF13041.13PPR_24715123.8e-50168.5
LXL04_026817PF23276.3TPR_244845661.1e-1455.1
LXL04_026817PF12854.14PPR_14955277.4e-31106.3
LXL04_026817PF13041.13PPR_25015463.8e-50168.5
LXL04_026817PF01535.27PPR5015317.4e-34114.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0C896拟南芥Small ribosomal subunit protein mS80 (rPPR6)47.348%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9T0D6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1169024.779%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LFF1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic28.066%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FIX3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g3971024.648%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FNL2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4610026.698%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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