LXL04_026778 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026778

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 2777210-2780216 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1083 bp · LXL04_026778|LXL04_026778|OH1004|cDNA

ATGGAGGGTTATAAGAGATGGGTTCGGAGGAACAAGGAGTATGTTCATTCGTTAGAGTCTCTTGCCAACGGATTAACATGGCTTCTCCCGGAGAGATTCTCAGAGTCGGAAATCGTACCAGAAGCAGTAACATCGATATTGGGGATAGTGACAGCTGTCAATGAACATATAATCGAAACGACTCCAACAACTCCATCTCAAATGGCTCCAAGACCTTTGGAGCCGTCTTCTTTCCCATATACTTTATTCTTGACTTTGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1083 bp · LXL04_026778|LXL04_026778|OH1004|CDS

ATGGAGGGTTATAAGAGATGGGTTCGGAGGAACAAGGAGTATGTTCATTCGTTAGAGTCTCTTGCCAACGGATTAACATGGCTTCTCCCGGAGAGATTCTCAGAGTCGGAAATCGTACCAGAAGCAGTAACATCGATATTGGGGATAGTGACAGCTGTCAATGAACATATAATCGAAACGACTCCAACAACTCCATCTCAAATGGCTCCAAGACCTTTGGAGCCGTCTTCTTTCCCATATACTTTATTCTTGACTTTGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

360 aa · LXL04_026778|LXL04_026778|OH1004|PROTEIN

MEGYKRWVRRNKEYVHSLESLANGLTWLLPERFSESEIVPEAVTSILGIVTAVNEHIIETTPTTPSQMAPRPLEPSSFPYTLFLTLMKDVETLVEVVAQHFLGDDNKWNFIAVTEATKVLARLALLRNSGYKMILQGGETVNDGNPTNDSNHQEDVRGGRLLNQGQNGHFTPQGRALSAMSRFGENARMVSDPTWFRRVEHHQRAIMELPETEIKRPTLSSFLSEKGIPGSLFLIGEVMFITRPLIYVLLIRKYGVKSWL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026778`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026778

位置 Chr06:2777210-2780216 (+)

描述 Similar to PEX16: Peroxisome biogenesis protein 16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45690`	参与过氧化物酶体、脂质体和蛋白体的形成。	The Pex16p homolog SSE1 and storage organelle formation in Arabidopsis seeds.1999 · DOI: 10.1126/science.284.5412.328 The peroxisome deficient Arabidopsis mutant sse1 exhibits impaired fatty acid synthesis.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.036772 Genetic and transgenic perturbations of carbon reserve production in Arabidopsis seeds reveal metabolic interactions of biochemical pathways.2006 · DOI: 10.1007/s00425-006-0337-6 Arabidopsis peroxin 16 trafficks through the ER and an intermediate compartment to pre-existing peroxisomes via overlapping molecular targeting signals.2007 · DOI: 10.1093/jxb/erm018 Functional classification of Arabidopsis peroxisome biogenesis factors proposed from analyses of knockdown mutants.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm053

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026778 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006625 protein targeting to peroxisome 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0007031 peroxisome organization 生物过程

GO:0016557 peroxisome membrane biogenesis 生物过程

GO:0016558 protein import into peroxisome matrix 生物过程

GO:0022615 protein to membrane docking 生物过程

GO:0032581 ER-dependent peroxisome organization 生物过程

GO:0045046 protein import into peroxisome membrane 生物过程

GO:0106101 ER-dependent peroxisome localization 生物过程

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005778 peroxisomal membrane 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45690

bta:510447

mmu:18633

xla:432288

xtr:100145130

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.792

排名 1 · LXL04_026778 · OH-1004

线粒体0.185

排名 2 · LXL04_026778 · OH-1004

细胞质0.055

排名 3 · LXL04_026778 · OH-1004

细胞核0.051

排名 4 · LXL04_026778 · OH-1004

内质网0.044

排名 5 · LXL04_026778 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08610.16Pex163-351 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026778	`PF08610.16`	Pex16	3	351	5.3e-88	296.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S8S1`	拟南芥	Peroxisome biogenesis protein 16	54.839%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情