LXL04_026755 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026755

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 2517104-2518756 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1653 bp · LXL04_026755|LXL04_026755|OH1004|cDNA

ATGGGTGACCTCCGATTAGCAGAAGAGTGGCTTTCACGTGCTAAAGATCTTGTTCCGGTGGCTTTACAAAAGGCGCGAGAAGTTAAAGAATTTCCAGGAAGATGGAAAATGATTATATCTCGATTAGAGCAAATCCCATCTCGTTTATCAGATTTATCAAGCCACCCCTGTTTCTCGAAGAACACGTTATGCAACGAGCAATTAGAATCAATTTCCAAGACTTTAAACGAATCAATCGAGTTAGCAGAAACATGTTCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1653 bp · LXL04_026755|LXL04_026755|OH1004|CDS

ATGGGTGACCTCCGATTAGCAGAAGAGTGGCTTTCACGTGCTAAAGATCTTGTTCCGGTGGCTTTACAAAAGGCGCGAGAAGTTAAAGAATTTCCAGGAAGATGGAAAATGATTATATCTCGATTAGAGCAAATCCCATCTCGTTTATCAGATTTATCAAGCCACCCCTGTTTCTCGAAGAACACGTTATGCAACGAGCAATTAGAATCAATTTCCAAGACTTTAAACGAATCAATCGAGTTAGCAGAAACATGTTCGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

550 aa · LXL04_026755|LXL04_026755|OH1004|PROTEIN

MGDLRLAEEWLSRAKDLVPVALQKAREVKEFPGRWKMIISRLEQIPSRLSDLSSHPCFSKNTLCNEQLESISKTLNESIELAETCSKGKFDGKLQMQSDLDSLSGKLDLNLRDCGLLIKTGVLGEVTMGSDLEGTSHRSTENNIRELLARLQIGHLEAKHKALDTLVDVMKEDEKTVLSFVGRTNIGALVQLLTATSPRIREKTVTLICSLAESGGCESWLVSEGVLPPLIRLLESGSSIGREKSVIALQRLSMSEETAR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026755`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026755

位置 Chr06:2517104-2518756 (-)

描述 Similar to PUB3: U-box domain-containing protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54790`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At2g23140`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At5g67340`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At5g42340`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At1g23030`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026755 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程

GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G23140

ath:AT3G54790

ath:AT5G42340

ath:AT5G67340

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.508

排名 1 · LXL04_026755 · OH-1004

细胞核0.364

排名 2 · LXL04_026755 · OH-1004

细胞膜0.223

排名 3 · LXL04_026755 · OH-1004

内质网0.051

排名 4 · LXL04_026755 · OH-1004

高尔基体0.041

排名 5 · LXL04_026755 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23005.2DUF703213-122 aa

PF25598.2ARM_PUB241-517 aa

PF24768.2ARM_ARMC5252-470 aa

PF00514.30Arm422-458 aa

PF13646.13HEAT_2426-495 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026755	`PF23005.2`	DUF7032	13	122	1.8e-38	131.6
LXL04_026755	`PF25598.2`	ARM_PUB	241	517	2e-13	51.1
LXL04_026755	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	252	470	2.1e-23	83.9
LXL04_026755	`PF00514.30`	Arm	422	458	3e-29	100.8
LXL04_026755	`PF13646.13`	HEAT_2	426	495	5.4e-10	40.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GWV5`	拟南芥	U-box domain-containing protein 3	30.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O22193`	拟南芥	U-box domain-containing protein 4	27.077%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5XEZ8`	拟南芥	U-box domain-containing protein 2	30.603%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q681N2`	拟南芥	U-box domain-containing protein 15	27.972%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GUG9`	拟南芥	U-box domain-containing protein 11	23.636%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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