LXL04_026691 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026691

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 1468321-1472354 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1644 bp · LXL04_026691|LXL04_026691|OH1004|cDNA

ATGTCAGAATTCTATGCGGCGGAGACGGCGACAACCGCCACCGTCAGATCACAGACGGAGTATATGAAGGGAAATGAGAAGAAGATTGTAGAAACGAACATAAACCAAGCTTGGGCATCTATTCAGACCGGAGTCTTCGATAATCCGTTGGTTTACACCCAAACCTGTACTACTTTAGGAAGCACTATCGATTCAGCTATCGCGACAAATGCAGTTCCATCATCATCTCATCTGCCTCAGCTACATTTGATTGTTAGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1644 bp · LXL04_026691|LXL04_026691|OH1004|CDS

ATGTCAGAATTCTATGCGGCGGAGACGGCGACAACCGCCACCGTCAGATCACAGACGGAGTATATGAAGGGAAATGAGAAGAAGATTGTAGAAACGAACATAAACCAAGCTTGGGCATCTATTCAGACCGGAGTCTTCGATAATCCGTTGGTTTACACCCAAACCTGTACTACTTTAGGAAGCACTATCGATTCAGCTATCGCGACAAATGCAGTTCCATCATCATCTCATCTGCCTCAGCTACATTTGATTGTTAGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

547 aa · LXL04_026691|LXL04_026691|OH1004|PROTEIN

MSEFYAAETATTATVRSQTEYMKGNEKKIVETNINQAWASIQTGVFDNPLVYTQTCTTLGSTIDSAIATNAVPSSSHLPQLHLIVREVYRLMAELQQPSLMLLMLPIKAACKVGWFPDGVKADLLMMADKVCSMFSDTDKMRIEPSYVHSCVPKIILRFYPTMKVETILTSFNVKAGYGTFVVDFHISQGTLPRQCRNLWLLVARMDNMETAACIASPSNVNFLINGSEVPRRTKSNMGKGPQLPSNVTKMIKYGVNLLQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026691`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026691

位置 Chr06:1468321-1472354 (+)

描述 Similar to PIAL2: E4 SUMO-protein ligase PIAL2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g41580`	与MOM1和PIAL1一起，独立于DNA甲基化变化调节转录基因沉默（TGS）。	Arabidopsis PIAL1 and 2 promote SUMO chain formation as E4-type SUMO ligases and are involved in stress responses and sulfur metabolism.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.131300 The SUMO E3 Ligase-Like Proteins PIAL1 and PIAL2 Interact with MOM1 and Form a Novel Complex Required for Transcriptional Silencing.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00997
`At1g08910`	与MOM1和PIAL2一起，在不改变DNA甲基化的情况下调控转录基因沉默（TGS）。	Arabidopsis PIAL1 and 2 promote SUMO chain formation as E4-type SUMO ligases and are involved in stress responses and sulfur metabolism.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.131300 The SUMO E3 Ligase-Like Proteins PIAL1 and PIAL2 Interact with MOM1 and Form a Novel Complex Required for Transcriptional Silencing.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00997

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026691 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007259 cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0032480 negative regulation of type I interferon production 生物过程

GO:0033235 positive regulation of protein sumoylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08910

ath:AT5G41580

dre:406712

hsa:8554

sce:YOR156C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.691

排名 1 · LXL04_026691 · OH-1004

细胞质0.335

排名 2 · LXL04_026691 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 3 · LXL04_026691 · OH-1004

线粒体0.035

排名 4 · LXL04_026691 · OH-1004

内质网0.032

排名 5 · LXL04_026691 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26716.1PIAL1_N30-177 aa

PF02891.27zf-MIZ296-336 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026691	`PF26716.1`	PIAL1_N	30	177	2.8e-40	138.4
LXL04_026691	`PF02891.27`	zf-MIZ	296	336	6.4e-16	58.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JYG0`	拟南芥	E4 SUMO-protein ligase PIAL2	35.537%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A0A0A7EPL0`	拟南芥	E4 SUMO-protein ligase PIAL1	34.959%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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