LXL04_026481 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026481

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 127019195-127021509 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1371 bp · LXL04_026481|LXL04_026481|OH1004|cDNA

ATGGCCACACCTAATCAAGAATCAATCGAGACGTTCATGAGTATCACCGGTTCATCTGCAGTGGTTGCGCTTCAGAAACTGACGGAACATGGTGGTAATCTCAATGAAGCGGTTAATGTACATTTTACAGAAGGAGATACAAACATACATCAAACAGATGTTGCTCCTCCACAAGAGGACTTCATGGACATAGATGAGCCAAGTGAAACCACAAATCACATACCACCATTCTCACCTTTTCCTGAAAGTGCTCCCAGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1371 bp · LXL04_026481|LXL04_026481|OH1004|CDS

ATGGCCACACCTAATCAAGAATCAATCGAGACGTTCATGAGTATCACCGGTTCATCTGCAGTGGTTGCGCTTCAGAAACTGACGGAACATGGTGGTAATCTCAATGAAGCGGTTAATGTACATTTTACAGAAGGAGATACAAACATACATCAAACAGATGTTGCTCCTCCACAAGAGGACTTCATGGACATAGATGAGCCAAGTGAAACCACAAATCACATACCACCATTCTCACCTTTTCCTGAAAGTGCTCCCAGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

456 aa · LXL04_026481|LXL04_026481|OH1004|PROTEIN

MATPNQESIETFMSITGSSAVVALQKLTEHGGNLNEAVNVHFTEGDTNIHQTDVAPPQEDFMDIDEPSETTNHIPPFSPFPESAPRIENLTQTLPENHGTLSINDDNDFPSLPSGLSGHNEGLISHSSHETRLTPSAPDLPDHGIEEEMIRAAIEASKNDAILQQVQLDDPSISHAVSLSLESAEQDKARSSIVSVIEQVGTSASASANGRLRSEDTDEQPLVRHRSRSRHMGEEKDSSLTLGPTPTHHQTINNDFPSDT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026481`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026481

位置 Chr05:127019195-127021509 (+)

描述 Similar to PUX8: Plant UBX domain-containing protein 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g11740`	含有 UBX 域的植物蛋白 8。	暂无已核实直接文献
`At4g23040`	含UBX结构域的植物蛋白13。	暂无已核实直接文献
`At4g00752`	含UBX结构域的植物蛋白 9。	暂无已核实直接文献
`At4g10790`	含 UBX 域的植物蛋白 10。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026481 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0036337 Fas signaling pathway 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0042176 regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0043124 negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045732 positive regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0045740 positive regulation of DNA replication 生物过程

GO:1905691 lipid droplet disassembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G00752

ath:AT4G10790

ath:AT4G11740

ath:AT4G23040

hsa:11124

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.699

排名 1 · LXL04_026481 · OH-1004

细胞核0.360

排名 2 · LXL04_026481 · OH-1004

高尔基体0.085

排名 3 · LXL04_026481 · OH-1004

内质网0.076

排名 4 · LXL04_026481 · OH-1004

细胞膜0.066

排名 5 · LXL04_026481 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14555.13UBA_46-46 aa

PF00789.27UBX375-454 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026481	`PF14555.13`	UBA_4	6	46	1.5e-10	41.4
LXL04_026481	`PF00789.27`	UBX	375	454	1.6e-19	70.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JPR7`	拟南芥	Plant UBX domain-containing protein 8	44.118%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C5G7`	拟南芥	Plant UBX domain-containing protein 13	41.818%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q4V3D3`	拟南芥	Plant UBX domain-containing protein 9	31.191%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M0N1`	拟南芥	Plant UBX domain-containing protein 10	33.880%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情