LXL04_026442 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026442

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 126373179-126377176 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1359 bp · LXL04_026442|LXL04_026442|OH1004|cDNA

ATGAAGGTCAAGGTTATATCTCGCTCTGCAGATGAATTTACACGCGAGCGGAGTAACGATCTTCAGAGGGTTTCTCGGAACTACGACCCAAACCTGCGTCCTCAAGAGAAGGCGGTGGAGTATGTTAGAGCCCTTAATGCAGCTAAATTGGATAAGGTATTTGCAAGACCATTTATTGGAGCCATGGATGGGCATATAGACGCCATTTCATGTATGGCAAAAAACCCTAGTCACTTGAAAGGTTTATTTTCTGGTTCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1359 bp · LXL04_026442|LXL04_026442|OH1004|CDS

ATGAAGGTCAAGGTTATATCTCGCTCTGCAGATGAATTTACACGCGAGCGGAGTAACGATCTTCAGAGGGTTTCTCGGAACTACGACCCAAACCTGCGTCCTCAAGAGAAGGCGGTGGAGTATGTTAGAGCCCTTAATGCAGCTAAATTGGATAAGGTATTTGCAAGACCATTTATTGGAGCCATGGATGGGCATATAGACGCCATTTCATGTATGGCAAAAAACCCTAGTCACTTGAAAGGTTTATTTTCTGGTTCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

452 aa · LXL04_026442|LXL04_026442|OH1004|PROTEIN

MKVKVISRSADEFTRERSNDLQRVSRNYDPNLRPQEKAVEYVRALNAAKLDKVFARPFIGAMDGHIDAISCMAKNPSHLKGLFSGSMDGDIRLWDIASRKTICQYSGHQGAVRGLTVSTDGRILVSCGTDCTVRLWKVPLSSGIESSDSSDTSDKSIASYVWKNAFWGVDHQWEGNIFATAGAQVDIWDHNRSQPITSFEWGNDTVISVRFNPGEPNILATSGSDRSITIYDLRTSSPARKLIMRTKTNSIAWNPMEPMN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026442`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_026442`
位置	Chr05:126373179-126377176 (+)
描述	Similar to DCAF13: DDB1- and CUL4-associated factor 13
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_026442` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000462 maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0007056 spindle assembly involved in female meiosis 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程 GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0044725 epigenetic programming in the zygotic pronuclei 生物过程 GO:0045995 regulation of embryonic development 生物过程 GO:0051898 negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction 生物过程 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	gga:420263 hsa:25879 mmu:223499 xtr:407967 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.529

排名 1 · LXL04_026442 · OH-1004

细胞质0.378

排名 2 · LXL04_026442 · OH-1004

线粒体0.053

排名 3 · LXL04_026442 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 4 · LXL04_026442 · OH-1004

溶酶体／液泡0.035

排名 5 · LXL04_026442 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25175.2Beta-prop_WDR559-138 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz59-143 aa

PF23869.2Beta-prop_WDR75_1st59-97 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st60-139 aa

PF00400.39WD4060-95 aa

PF24814.2WD40_Prp1961-310 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR161-138 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC362-142 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026442	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	59	138	4e-38	132.1
LXL04_026442	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	59	143	4.5e-32	112.2
LXL04_026442	`PF23869.2`	Beta-prop_WDR75_1st	59	97	2.1e-10	41.1
LXL04_026442	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	60	139	1.6e-38	133.4
LXL04_026442	`PF00400.39`	WD40	60	95	6.7e-36	121.9
LXL04_026442	`PF24814.2`	WD40_Prp19	61	310	2.5e-31	109.5
LXL04_026442	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	61	138	1.5e-18	67.7
LXL04_026442	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	62	142	9.6e-43	146.9
LXL04_026442	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	62	141	4.3e-36	125.1
LXL04_026442	`PF24796.2`	WDR55	62	138	8.1e-24	84.9
LXL04_026442	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	63	149	8.2e-26	91.7
LXL04_026442	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	64	136	1.8e-13	51.3
LXL04_026442	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	65	137	4.4e-23	82.6
LXL04_026442	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	65	145	9.3e-17	61.7
LXL04_026442	`PF29630.1`	ASA1	65	139	2.4e-12	47.2
LXL04_026442	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	69	258	7.6e-24	85.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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